PDB-5zpt: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zpt

タイトル

Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by phenylethylamine at pH 10 at 288 K (2)

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / COPPER AMINE OXIDASE /

TOPAQUINONE (トパキノン) / TPQ

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / : /

一級アミンオキシダーゼ / amine metabolic process /

quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.902 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase.
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zpt.cif.gz	515.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zpt.ent.gz	417.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zpt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zouC 5zowC 5zoxC 5zoyC 5zozC 5zp0C 5zp1C 5zp2C 5zp3C 5zp4C 5zp5C 5zp6C 5zp7C 5zp8C 5zp9C 5zpaC 5zpbC 5zpcC 5zpdC 5zpeC 5zpfC 5zpgC 5zphC 5zpiC 5zpjC 5zpkC 5zplC 5zpmC 5zpnC 5zpoC 5zppC 5zpqC 5zprC 5zpsC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zps-1 5zpg-d 5zp3-1 2cfg-d 5zph-d 5zpo-2 5zou-d 1ui8-d 1avl-1 3x41-d 5zpp-1 5zoy-2 2d1w-d 5zpm-1 5zp9-d 1iu7-d 5zp4-2 1ivv-d 2cwv-d 5zp1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
138 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	193.269, 64.850, 159.119
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.100, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1205- HOH
2	1	A-1283- HOH
3	1	B-1206- HOH
4	1	B-1302- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 68913.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, 一級アミンオキシダーゼ
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-HY1 / PHENYLACETALDEHYDE / フェニルアセトアルデヒド / フェニルアセトアルデヒド分子量: 120.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈O
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1029 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.8 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 288 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 138003 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 17.75 Å² / R_merge(I) obs: 0.146 / R_pim(I) all: 0.087 / R_rim(I) all: 0.17 / Χ²: 4.898 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 526703

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²
1.9-1.93	3.7	0.701	6831	0.737	0.424	0.821	0.809
1.93-1.97	3.8	0.621	6907	0.793	0.372	0.725	0.858
1.97-2.01	3.8	0.525	6829	0.834	0.312	0.612	0.898
2.01-2.05	3.8	0.461	6841	0.879	0.273	0.537	0.926
2.05-2.09	3.8	0.431	6873	0.872	0.255	0.502	0.998
2.09-2.14	3.8	0.385	6882	0.891	0.229	0.449	1.025
2.14-2.19	3.8	0.331	6821	0.921	0.196	0.386	1.072
2.19-2.25	3.8	0.296	6866	0.927	0.175	0.345	1.121
2.25-2.32	3.8	0.269	6912	0.938	0.159	0.313	1.2
2.32-2.39	3.8	0.243	6843	0.949	0.144	0.283	1.276
2.39-2.48	3.8	0.224	6912	0.955	0.133	0.261	1.302
2.48-2.58	3.8	0.203	6857	0.955	0.12	0.237	1.468
2.58-2.7	3.8	0.179	6901	0.968	0.107	0.209	1.575
2.7-2.84	3.8	0.161	6884	0.971	0.096	0.188	1.981
2.84-3.02	3.8	0.155	6896	0.96	0.092	0.181	3.34
3.02-3.25	3.8	0.139	6939	0.964	0.082	0.162	4.909
3.25-3.58	3.8	0.116	6929	0.977	0.069	0.135	7.04
3.58-4.09	3.8	0.085	6949	0.984	0.05	0.099	9.138
4.09-5.16	3.8	0.077	6968	0.979	0.046	0.089	19.395
5.16-50	3.7	0.098	7163	0.959	0.059	0.115	37.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IU7

1iu7

解像度: 1.902→47.63 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 19.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1943	6811	4.94 %
R_work	0.1623	131001	-
obs	0.1639	137812	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 145.08 Å² / B_iso mean: 21.559 Å² / B_iso min: 3.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.902→47.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9738	0	23	1029	10790
B_iso mean	-	-	23.86	35.19	-
残基数	-	-	-	-	1240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10124
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.876	13814
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1492
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1843
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.082	6005

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9018-1.9234	0.288	237	0.2561	4256	4493	98
1.9234-1.9461	0.2726	226	0.2483	4282	4508	100
1.9461-1.9698	0.2473	228	0.231	4430	4658	100
1.9698-1.9947	0.2554	218	0.2216	4314	4532	100
1.9947-2.021	0.2608	217	0.2182	4355	4572	100
2.021-2.0487	0.2487	237	0.207	4320	4557	100
2.0487-2.0779	0.2185	199	0.199	4417	4616	100
2.0779-2.109	0.2325	227	0.196	4290	4517	100
2.109-2.1419	0.2226	218	0.1868	4420	4638	100
2.1419-2.177	0.2258	226	0.1876	4304	4530	100
2.177-2.2146	0.2448	238	0.1793	4381	4619	100
2.2146-2.2548	0.2079	252	0.1666	4300	4552	100
2.2548-2.2982	0.1912	226	0.1662	4374	4600	100
2.2982-2.3451	0.2178	231	0.1648	4339	4570	100
2.3451-2.3961	0.2146	229	0.1728	4364	4593	100
2.3961-2.4518	0.2349	212	0.1688	4377	4589	100
2.4518-2.5131	0.2028	243	0.1623	4347	4590	100
2.5131-2.5811	0.2149	227	0.1598	4360	4587	100
2.5811-2.657	0.2031	242	0.1552	4348	4590	100
2.657-2.7428	0.1694	230	0.1503	4397	4627	100
2.7428-2.8408	0.1923	214	0.1554	4364	4578	100
2.8408-2.9545	0.1994	229	0.1512	4396	4625	100
2.9545-3.089	0.1805	221	0.1512	4397	4618	100
3.089-3.2518	0.1803	218	0.1499	4381	4599	100
3.2518-3.4555	0.165	251	0.1377	4357	4608	100
3.4555-3.7222	0.1685	219	0.1299	4417	4636	100
3.7222-4.0966	0.1366	223	0.125	4424	4647	100
4.0966-4.6889	0.1427	234	0.1229	4397	4631	100
4.6889-5.9058	0.1683	213	0.1419	4470	4683	100
5.9058-47.6445	0.1937	226	0.182	4423	4649	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0842	0.0101	0.011	0.1568	0.0375	0.0177	0.0293	-0.0309	0.0293	0.1466	-0.0557	0.0449	-0.0259	-0.0655	-0.04	0.2077	0.0856	0.0355	0.1231	-0.075	0.0872	-18.0914	22.8521	34.8881
2	0.2748	-0.2232	-0.1896	0.3296	0.1355	0.1547	-0.0584	-0.227	-0.0666	0.2232	0.0006	0.0042	0.0396	0.1738	-0.0513	0.1461	-0.0174	-0.0059	0.2176	0.0243	0.1063	3.199	12.9401	38.2131
3	0.1685	0.0007	-0.1415	0.1088	-0.0493	0.4587	0.0585	-0.1008	0.1125	0.1039	-0.0474	-0.0073	-0.3751	0.1147	0.266	0.1142	0.0073	-0.0203	0.0574	-0.0137	0.0851	1.0141	24.1606	18.289
4	0.1437	-0.004	-0.2389	0.2405	-0.0532	0.5114	-0.0029	-0.0126	-0.0101	0.018	0.0097	-0.002	-0.0789	-0.052	0.0089	0.0399	0.0088	-0.0073	0.0251	-0.0027	0.0558	-5.7339	15.7321	8.1301
5	0.055	-0.0244	-0.0925	0.0841	0.1557	0.3104	-0.0158	-0.0149	-0.0278	0.044	-0.0233	0.0115	0.0184	-0.0817	-0.0022	0.0567	-0.0135	-0.0018	0.0836	0.007	0.0862	-8.2494	9.782	12.8651
6	0.0371	-0.0661	0.0003	0.1467	-0.0183	0.0048	0.0589	0.0223	0.017	-0.1599	-0.0774	-0.0646	-0.0013	0.1078	0.0264	0.1777	-0.0046	0.0785	0.1165	0.0553	0.0868	-16.5226	-9.2255	36.8909
7	0.1763	0.1339	-0.109	0.3388	-0.1272	0.081	-0.0114	0.2913	-0.0955	-0.2243	-0.0338	-0.0477	0.0077	-0.2025	-0.2421	0.1474	0.0619	-0.0286	0.2674	-0.0595	0.0787	-41.2088	-18.802	33.1354
8	0.3236	-0.0625	-0.2102	0.3379	-0.017	0.6407	0.0333	0.0271	-0.0239	-0.0424	-0.0278	-0.0133	-0.0506	0.0437	0.0012	0.044	0.0029	-0.0051	0.0336	-0.004	0.0619	-29.8105	-15.4357	60.9835

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 72 )	A	9 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 159 )	A	73 - 159
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 160 through 277 )	A	160 - 277
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 278 through 516 )	A	278 - 516
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 517 through 628 )	A	517 - 628
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 9 through 72 )	B	9 - 72
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 73 through 191 )	B	73 - 191
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 192 through 628 )	B	192 - 628

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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