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- PDB-5zps: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zps
タイトルCopper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by phenylethylamine at pH 10 at 288 K (1)
要素Phenylethylamine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / COPPER AMINE OXIDASE / TOPAQUINONE (トパキノン) / TPQ
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / 一級アミンオキシダーゼ / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase, N-terminal / Copper amine oxidase, catalytic domain superfamily / Copper amine oxidase, enzyme domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 ...Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase, N-terminal / Copper amine oxidase, catalytic domain superfamily / Copper amine oxidase, enzyme domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Distorted Sandwich / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / フェニルアセトアルデヒド / Phenylethylamine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter globiformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.748 Å
データ登録者Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)0294 日本
JSPS KAKENHI17K07317, JP26440037, JP23770127, JP15K05573, JP16KT0055 日本
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase.
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.
履歴
登録2018年4月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylethylamine oxidase
B: Phenylethylamine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,38811
ポリマ－137,8282
非ポリマー5609
水18,4111022
1
A: Phenylethylamine oxidase
ヘテロ分子

A: Phenylethylamine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,41112
ポリマ－137,8282
非ポリマー58310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area14790 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area40720 Å2
手法PISA
2
B: Phenylethylamine oxidase
ヘテロ分子

B: Phenylethylamine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,36510
ポリマ－137,8282
非ポリマー5388
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area14440 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area41000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.257, 64.797, 159.095
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.090, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1074-

HOH

21A-1208-

HOH

31A-1284-

HOH

41B-1136-

HOH

51B-1213-

HOH

61B-1302-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase


分子量: 68913.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア)
プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, 一級アミンオキシダーゼ

-
非ポリマー , 5種, 1031分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-HY1 / PHENYLACETALDEHYDE / フェニルアセトアルデヒド / フェニルアセトアルデヒド


分子量: 120.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1022 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.77 %
結晶化温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 172818 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 18.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 1.389 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 660395
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.75-1.783.70.6983270.7410.4150.8071.05394.6
1.78-1.813.80.60484120.7980.3590.7031.07995.7
1.81-1.853.90.55785470.820.3280.6471.196.5
1.85-1.893.90.4685040.870.270.5341.14296.7
1.89-1.933.90.36985360.9150.2170.4291.16196.8
1.93-1.973.90.3185600.9390.1820.361.20496.9
1.97-2.023.90.25785120.9540.1510.2981.2497
2.02-2.073.90.22285860.9650.130.2581.28497.3
2.07-2.143.90.20185700.9670.1180.2331.29997.4
2.14-2.23.90.17486240.9760.1020.2021.34597.5
2.2-2.283.90.1586330.9810.0880.1741.3897.7
2.28-2.383.90.13186760.9850.0770.1521.39197.8
2.38-2.483.80.11986770.9880.070.1381.4298.1
2.48-2.613.80.10486850.990.0610.1211.45498.2
2.61-2.783.80.08687050.9930.0510.11.4898.4
2.78-2.993.80.07287620.9940.0430.0841.62798.5
2.99-3.293.80.05887710.9960.0340.0671.76898.8
3.29-3.773.80.04588340.9980.0270.0521.92498.9
3.77-4.753.70.03588480.9980.0210.0411.84798.9
4.75-503.60.02590490.9990.0160.031.56398.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IU7

1iu7


解像度: 1.748→40.54 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 18.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1766 8576 4.97 %
Rwork0.1515 164101 -
obs0.1527 172677 97.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 180.39 Å2 / Biso mean: 25.0723 Å2 / Biso min: 5.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.748→40.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9738 0 31 1022 10791
Biso mean--30.58 38.89 -
残基数----1240
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610170
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89213886
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611501
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051852
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7336057
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.748-1.76780.28582960.29675047534391
1.7678-1.78860.3362750.28275373564895
1.7886-1.81040.28162890.26195279556896
1.8104-1.83340.2563020.24865379568197
1.8334-1.85750.26782630.23545407567097
1.8575-1.88290.23752840.225401568597
1.8829-1.90980.23132860.20665427571397
1.9098-1.93830.21622890.19545408569797
1.9383-1.96860.21822790.1835460573997
1.9686-2.00090.19362660.17485381564797
2.0009-2.03540.21362730.17465457573097
2.0354-2.07240.19813050.17035427573297
2.0724-2.11230.19992970.1655439573697
2.1123-2.15540.1862900.15635441573197
2.1554-2.20220.17813010.15065455575698
2.2022-2.25350.19662770.15065480575798
2.2535-2.30980.17042620.14885518578098
2.3098-2.37230.16912670.14085511577898
2.3723-2.4420.17183000.14745469576998
2.442-2.52090.1762840.14425506579098
2.5209-2.61090.16232790.14485552583198
2.6109-2.71550.1712780.14695517579598
2.7155-2.8390.18452910.15285536582798
2.839-2.98870.15652900.14585561585199
2.9887-3.17580.18562670.14555587585499
3.1758-3.42090.16542670.13595627589499
3.4209-3.7650.12652950.11765567586299
3.765-4.30920.13752810.11245636591799
4.3092-5.42710.13563310.10895606593799
5.4271-40.55120.16513120.14815647595997
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.32690.254-0.26610.8403-0.21810.18550.072-0.03820.02410.3264-0.17190.1131-0.2055-0.1502-0.21330.22670.07290.040.2058-0.07550.1505-18.111522.738434.6592
20.8994-0.0729-0.20690.17330.16251.1103-0.0584-0.4132-0.08170.21950.01120.0141-0.01790.2575-0.04970.1773-0.0267-0.02370.22430.01360.14966.530713.22237.4437
30.43340.1161-0.0070.28590.01891.58760.0123-0.01450.02610.0222-0.01150.007-0.2244-0.09380.06210.08560.02070.00040.0201-0.00090.0986-5.492318.75779.0592
40.30830.0533-0.04990.26760.06241.1132-0.0045-0.0275-0.00760.0639-0.01390.02530.0052-0.1373-0.02120.0713-0.00610.00310.07050.00310.1032-8.27259.538713.0926
50.2225-0.1297-0.20560.6160.08160.10330.06050.0953-0.0148-0.3454-0.087-0.155-0.08470.1944-0.10350.1932-0.01220.05780.17540.04620.1411-16.5158-9.231936.8671
60.20650.0451-0.34560.05770.02620.65080.02240.33580.0359-0.1897-0.054-0.091-0.0614-0.0316-0.00020.23890.04390.02360.17290.00060.2142-26.6249-15.977232.397
71.13330.1395-0.08570.3122-0.48290.75560.00070.4978-0.0523-0.18160.0472-0.0589-0.0592-0.33380.27220.1180.0836-0.07360.2835-0.01130.1272-50.4032-15.085540.1315
80.44730.0540.25020.63940.15020.38210.04060.11620.0944-0.016-0.0061-0.1157-0.27440.44160.07890.1608-0.08670.01840.14090.01420.1394-17.0799-4.928761.5054
90.3828-0.2693-0.3260.3066-0.23640.8010.07380.08940.0413-0.0831-0.0484-0.0096-0.3177-0.01750.06660.1089-0.010.00670.0289-0.00530.0652-32.3275-7.48458.5464
100.4603-0.0361-0.01080.3475-0.03520.98610.01120.0213-0.0683-0.0281-0.0223-0.02610.09330.1102-0.02880.05810.0130.00170.063-0.00410.096-27.8042-24.211262.8168
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 72 )A9 - 72
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 73 through 191 )A73 - 191
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 192 through 516 )A192 - 516
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 517 through 628 )A517 - 628
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 9 through 72 )B9 - 72
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 73 through 114 )B73 - 114
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 115 through 225 )B115 - 225
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 226 through 277 )B226 - 277
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 278 through 402 )B278 - 402
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 403 through 628 )B403 - 628

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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