PDB-5zp7: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zp7

タイトル

Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by ethylamine at pH 6 at 277 K (3)

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / COPPER AMINE OXIDASE /

TOPAQUINONE (トパキノン) / TPQ

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / : /

一級アミンオキシダーゼ / amine metabolic process /

quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.631 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase.
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zp7.cif.gz	516.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zp7.ent.gz	420.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zp7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zp7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zp7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zouC 5zowC 5zoxC 5zoyC 5zozC 5zp0C 5zp1C 5zp2C 5zp3C 5zp4C 5zp5C 5zp6C 5zp8C 5zp9C 5zpaC 5zpbC 5zpcC 5zpdC 5zpeC 5zpfC 5zpgC 5zphC 5zpiC 5zpjC 5zpkC 5zplC 5zpmC 5zpnC 5zpoC 5zppC 5zpqC 5zprC 5zpsC 5zptC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zp1-1 5zps-2 5zpo-1 5zp0-2 2e2t-1 5zp8-d 5zpd-d 5zpf-d 5zpp-1 5zp4-2 2d1w-d 2yx9-d 5zp5-1 2cfl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.730, 64.374, 158.865
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.190, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1396- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 68913.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, 一級アミンオキシダーゼ
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 972 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.52 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 277 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.63→50 Å / Num. obs: 215558 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 20.94 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.09 / Χ²: 2.083 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 834876

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.63-1.66	4	0.775	10718	0.752	0.439	0.893	1.062	99.6
1.66-1.69	4	0.684	10785	0.801	0.385	0.786	1.118	99.6
1.69-1.72	4	0.617	10667	0.829	0.347	0.71	1.164	99.7
1.72-1.76	4	0.531	10759	0.866	0.299	0.611	1.249	99.7
1.76-1.79	4	0.445	10790	0.909	0.249	0.511	1.341	99.7
1.79-1.84	4	0.381	10740	0.923	0.214	0.438	1.458	99.7
1.84-1.88	4	0.313	10737	0.948	0.176	0.361	1.549	99.8
1.88-1.93	4	0.261	10733	0.964	0.147	0.3	1.682	99.6
1.93-1.99	4	0.218	10764	0.974	0.124	0.252	1.836	99.5
1.99-2.05	4	0.185	10724	0.981	0.105	0.213	1.957	99.6
2.05-2.13	4	0.168	10778	0.983	0.095	0.193	2.095	99.4
2.13-2.21	3.9	0.143	10769	0.986	0.082	0.166	2.224	99.4
2.21-2.31	3.9	0.128	10709	0.988	0.074	0.148	2.371	99.2
2.31-2.43	3.9	0.119	10729	0.989	0.069	0.138	2.585	99.3
2.43-2.59	3.8	0.114	10753	0.99	0.067	0.133	2.946	99.3
2.59-2.79	3.7	0.101	10812	0.991	0.061	0.118	3.391	99.4
2.79-3.07	3.6	0.082	10808	0.992	0.05	0.096	3.608	99.4
3.07-3.51	3.6	0.061	10854	0.995	0.037	0.071	3.481	99.5
3.51-4.42	3.5	0.042	10868	0.997	0.026	0.049	2.794	99.4
4.42-50	3.4	0.034	11061	0.998	0.021	0.04	2.52	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IU7

1iu7

解像度: 1.631→39.661 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.71

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1663	10707	4.97 %
R_work	0.1487	-	-
obs	0.1496	215374	99.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 159.35 Å² / B_iso mean: 27.5081 Å² / B_iso min: 10.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.631→39.661 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9736	0	16	972	10724
B_iso mean	-	-	39.75	39.79	-
残基数	-	-	-	-	1240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10195
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.869	13918
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1495
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1855
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.366	8235

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6307-1.6492	0.3119	342	0.2701	6703	7045	97
1.6492-1.6686	0.26	334	0.2496	6758	7092	99
1.6686-1.6889	0.2341	379	0.2352	6800	7179	100
1.6889-1.7103	0.2539	332	0.2311	6789	7121	100
1.7103-1.7328	0.2385	394	0.2224	6782	7176	100
1.7328-1.7566	0.2445	362	0.2079	6748	7110	100
1.7566-1.7817	0.2182	396	0.2018	6795	7191	100
1.7817-1.8083	0.2052	358	0.1913	6805	7163	100
1.8083-1.8365	0.2208	334	0.189	6859	7193	100
1.8365-1.8666	0.2079	316	0.1856	6815	7131	100
1.8666-1.8988	0.1961	362	0.1749	6883	7245	100
1.8988-1.9333	0.1934	346	0.163	6761	7107	100
1.9333-1.9705	0.1888	336	0.1551	6828	7164	99
1.9705-2.0107	0.1705	365	0.149	6854	7219	99
2.0107-2.0545	0.1864	357	0.1465	6749	7106	100
2.0545-2.1023	0.1734	382	0.1481	6822	7204	99
2.1023-2.1548	0.1592	363	0.1435	6801	7164	99
2.1548-2.2131	0.177	346	0.1489	6854	7200	99
2.2131-2.2782	0.172	324	0.1484	6815	7139	99
2.2782-2.3517	0.1792	360	0.1473	6753	7113	99
2.3517-2.4358	0.1573	372	0.1483	6818	7190	99
2.4358-2.5333	0.1789	356	0.1549	6833	7189	99
2.5333-2.6485	0.1694	363	0.1583	6791	7154	99
2.6485-2.7881	0.1821	359	0.159	6891	7250	99
2.7881-2.9628	0.173	343	0.1528	6835	7178	99
2.9628-3.1914	0.1618	358	0.1503	6911	7269	100
3.1914-3.5124	0.1572	384	0.1306	6847	7231	99
3.5124-4.0203	0.1302	340	0.1139	6905	7245	99
4.0203-5.0635	0.1226	368	0.1062	6915	7283	99
5.0635-39.6729	0.1368	376	0.1483	6947	7323	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0504	-0.0608	-1.4478	4.8146	-0.2469	3.285	-0.0071	0.0358	0.0183	-0.0508	-0.0191	0.2058	-0.0627	-0.3624	-0.0137	0.0974	0.0203	0.0287	0.1364	-0.0423	0.1478	11.3551	7.6001	69.4934
2	0.3461	0.0316	-0.0302	0.217	0.0429	0.9192	0.0079	-0.0182	0.0039	0.0284	0.0003	-0.0059	-0.0707	0.0107	-0.0037	0.1229	-0.0002	-0.0043	0.08	0.0054	0.1456	26.6708	-0.0541	51.0451
3	1.665	0.719	-1.1216	4.9484	0.4887	2.4946	0.0618	0.1687	0.0212	-0.3092	-0.1329	-0.2546	-0.1209	0.535	0.0138	0.2031	0.023	0.0736	0.3386	0.0807	0.1713	49.1995	5.1679	0.8735
4	2.5778	-0.1026	0.0963	0.3872	-0.1165	0.728	0.0263	0.5751	-0.0504	-0.1853	-0.034	-0.0206	0.0102	-0.0215	0.004	0.2382	0.042	-0.0082	0.3447	-0.0166	0.1642	24.2929	-3.9133	-2.1944
5	0.4017	-0.0796	0.0332	0.3042	0.0153	1.0339	0.0117	0.0856	0.0085	-0.035	-0.0118	-0.0086	-0.0775	0.1354	0.0022	0.1292	-0.0005	-0.0009	0.1414	0.0056	0.1507	36.2055	-0.2351	25.1499

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 9 through 72 )	B	9 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 73 through 628 )	B	73 - 628
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 9 through 72 )	A	9 - 72
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 73 through 191 )	A	73 - 191
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 192 through 628 )	A	192 - 628

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)