PDB-5zp1: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zp1

タイトル

Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by ethylamine at pH 9 at 288 K (1)

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / COPPER AMINE OXIDASE /

TOPAQUINONE (トパキノン) / TPQ

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / : /

一級アミンオキシダーゼ / amine metabolic process /

quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.669 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase.
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zp1.cif.gz	518 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zp1.ent.gz	421 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zp1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zp1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zp1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zouC 5zowC 5zoxC 5zoyC 5zozC 5zp0C 5zp2C 5zp3C 5zp4C 5zp5C 5zp6C 5zp7C 5zp8C 5zp9C 5zpaC 5zpbC 5zpcC 5zpdC 5zpeC 5zpfC 5zpgC 5zphC 5zpiC 5zpjC 5zpkC 5zplC 5zpmC 5zpnC 5zpoC 5zppC 5zpqC 5zprC 5zpsC 5zptC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zpf-d 2yx9-d 1rjo-1 5zp8-d 1sih-1 5zps-1 5zp7-d 5zp5-1 5zpp-1 5zpo-1 2d1w-d 5zps-2 1avl-1 1ivv-d 2e2t-1 5zpg-d 2cfl-1 5zpk-1 5zpd-d 5zpr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	193.665, 64.739, 158.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.16, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1096- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 68913.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, 一級アミンオキシダーゼ
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1023 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.75 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 288 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.67→50 Å / Num. obs: 200673 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 18 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.081 / Χ²: 1.468 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 839213

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.67-1.7	4.1	0.653	9859	0.794	0.367	0.751	0.954	97.4
1.7-1.73	4.2	0.606	9846	0.837	0.334	0.693	0.981	97.7
1.73-1.76	4.2	0.523	9853	0.875	0.286	0.598	1.007	97.9
1.76-1.8	4.2	0.426	9917	0.907	0.233	0.487	1.044	98
1.8-1.84	4.2	0.356	9886	0.93	0.195	0.406	1.094	98.1
1.84-1.88	4.2	0.301	9963	0.946	0.165	0.344	1.132	98.2
1.88-1.93	4.2	0.24	9956	0.964	0.132	0.274	1.175	98.4
1.93-1.98	4.2	0.202	9917	0.973	0.111	0.231	1.252	98.4
1.98-2.04	4.2	0.171	10038	0.981	0.094	0.195	1.336	98.5
2.04-2.1	4.2	0.151	9972	0.984	0.083	0.172	1.361	98.8
2.1-2.18	4.2	0.134	9998	0.985	0.074	0.153	1.404	98.7
2.18-2.27	4.2	0.116	10034	0.989	0.064	0.132	1.461	99
2.27-2.37	4.2	0.105	10070	0.99	0.058	0.121	1.527	99.1
2.37-2.49	4.2	0.101	10131	0.99	0.056	0.116	1.672	99.2
2.49-2.65	4.2	0.097	10016	0.99	0.054	0.111	1.998	99.3
2.65-2.86	4.1	0.085	10171	0.992	0.048	0.098	2.279	99.4
2.86-3.14	4.1	0.07	10130	0.994	0.039	0.08	2.445	99.6
3.14-3.6	4.1	0.048	10224	0.997	0.027	0.055	2.067	99.7
3.6-4.53	4.1	0.035	10221	0.998	0.02	0.04	1.712	99.8
4.53-50	3.9	0.027	10471	0.999	0.016	0.031	1.431	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IU7

1iu7

解像度: 1.669→40.489 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1656	9765	4.87 %
R_work	0.1457	-	-
obs	0.1467	200580	98.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.669→40.489 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9738	0	17	1023	10778

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10214
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.867	13967
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.269	8263
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1514
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1862

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.669-1.6879	0.2655	320	0.2587	5915	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6879-1.7078	0.2702	309	0.2463	6318	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7078-1.7286	0.2766	316	0.2408	6275	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7286-1.7505	0.2519	329	0.2272	6270	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7505-1.7735	0.232	348	0.2097	6207	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7735-1.7978	0.2254	303	0.1987	6357	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7978-1.8235	0.215	314	0.1942	6270	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8235-1.8507	0.2296	338	0.1867	6323	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8507-1.8797	0.192	291	0.1827	6309	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8797-1.9105	0.1896	316	0.1753	6336	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9105-1.9434	0.1811	325	0.1626	6281	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9434-1.9788	0.1772	303	0.1541	6342	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9788-2.0168	0.1919	326	0.1508	6394	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0168-2.058	0.2106	309	0.1539	6295	X-RAY DIFFRACTION	99
2.058-2.1027	0.1838	354	0.1504	6354	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1027-2.1516	0.1849	325	0.1453	6312	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1516-2.2054	0.1736	341	0.1458	6373	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2054-2.2651	0.1698	314	0.1451	6393	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2651-2.3317	0.1624	351	0.1449	6401	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3317-2.407	0.1795	334	0.1507	6371	X-RAY DIFFRACTION	99
2.407-2.493	0.1749	317	0.151	6450	X-RAY DIFFRACTION	99
2.493-2.5928	0.1671	318	0.1551	6411	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5928-2.7108	0.1804	298	0.1527	6418	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7108-2.8536	0.1743	356	0.155	6412	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8536-3.0324	0.159	336	0.1484	6406	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0324-3.2664	0.1728	304	0.1393	6532	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2664-3.5949	0.1311	343	0.1186	6474	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5949-4.1147	0.1263	352	0.1059	6457	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1147-5.1824	0.1139	346	0.1004	6527	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1824-40.5004	0.1381	329	0.1404	6632	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1608	-0.1186	-1.1775	4.5665	-0.2844	1.9568	0.0398	-0.0178	0.0355	0.1357	-0.098	0.2489	-0.2209	-0.4127	0.0112	0.1529	0.0452	0.0364	0.2237	-0.0696	0.144	175.6157	24.1372	34.8435
2	0.3933	0.0524	-0.1005	0.256	-0.0132	1.3364	-0.0008	-0.0655	0.0153	0.0395	-0.0111	-0.0045	-0.1099	-0.0315	0.0135	0.1074	0.0025	-0.0092	0.084	-0.0045	0.133	190.4115	17.1836	15.8281
3	1.2349	-0.026	-1.4597	4.9221	0.0555	2.4654	-0.0179	-0.0335	0.0042	-0.0601	0.0076	-0.2297	-0.0751	0.3693	-0.0328	0.0811	-0.014	0.0489	0.1511	0.0328	0.1344	177.383	-7.6582	36.8663
4	5.4205	2.5678	0.7365	1.3586	0.7169	1.2853	-0.0712	0.3587	0.3333	-0.0851	0.0309	-0.1078	-0.0566	0.0226	0.0519	0.1923	0.0139	0.0375	0.1438	0.0242	0.1226	167.4858	-14.4285	32.3694
5	0.3682	-0.043	-0.1034	0.2312	-0.0099	1.0117	0.0129	0.0471	-0.0065	-0.0307	-0.0017	0.0019	-0.0612	0.0189	-0.0057	0.1039	0.0018	-0.004	0.0769	-0.0013	0.1312	161.1094	-14.6136	56.8378

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 72 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 628 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 9 through 72 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 73 through 114 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 115 through 628 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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