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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tqf | ||||||
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タイトル | Structure of the Hpr(Ser) kinase/phosphatase from Coxiella burnetii | ||||||
要素 | Hpr(Ser) kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-phosphoserine phosphatase activity => GO:0036424 / regulation of carbohydrate metabolic process / carbon catabolite repression of transcription / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / phosphorelay sensor kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Coxiella burnetii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2015 タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii. 著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3tqf.cif.gz | 135.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3tqf.ent.gz | 113.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3tqf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3tq8C 3tq9C 3tqaC 3tqbC 3tqcC 3tqdC 3tqeC 3tqgC 3tqhC 3tqiC 3tqjC 3tqlC 3tqmC 3tqnC 3tqoC 3tqpC 3tqqC 3tqrC 3tqsC 3tqtC 3tquC 3tqwC 3tqxC 3tqyC 3tqzC 3tr0C 3tr1C 3tr2C 3tr3C 3tr4C 3tr5C 3tr6C 3tr7C 3tr8C 3tr9C 3trbC 3trcC 3trdC 3treC 3trfC 3trgC 3trhC 3triC 3tthC 3ty2C 3uwcC 4f3qC 4f3rC 4nbqC 4ng4C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20504.211 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 15-192 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA 493 Nine Mile Phase I / 遺伝子: CBU_0744 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q820W5, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの), 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; ...参照: UniProt: Q820W5, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの), 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.73 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Na/K phosphate, pH 6.2, 20% PEG1000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月28日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→105.68 Å / Num. all: 14624 / Num. obs: 14561 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 23 % / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 47.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 17.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 713 / Rsym value: 0.744 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→41.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 28.922 / SU ML: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.58 / ESU R Free: 0.323 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.604 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→41.45 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1960 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.876 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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