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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6y32 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of the GTPase heterodimer of human SRP54 and SRalpha | ||||||
Components | (Signal recognition particle ...) x 2 | ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / SRP54 NG domain / SR alpha NG domain / Targeting complex Protein translocation | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationsignal recognition particle receptor complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal recognition particle binding / cotranslational protein targeting to membrane / protein targeting to ER / granulocyte differentiation / signal-recognition-particle GTPase / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation ...signal recognition particle receptor complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal recognition particle binding / cotranslational protein targeting to membrane / protein targeting to ER / granulocyte differentiation / signal-recognition-particle GTPase / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / XBP1(S) activates chaperone genes / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / exocrine pancreas development / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / ribonucleoprotein complex binding / neutrophil chemotaxis / intracellular protein transport / GDP binding / nuclear speck / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Juaire, K.D. / Becker, M.M.M. / Wild, K. / Sinning, I. | ||||||
| Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2021Title: Structural and Functional Impact of SRP54 Mutations Causing Severe Congenital Neutropenia. Authors: Juaire, K.D. / Lapouge, K. / Becker, M.M.M. / Kotova, I. / Michelhans, M. / Carapito, R. / Wild, K. / Bahram, S. / Sinning, I. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6y32.cif.gz | 892.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6y32.ent.gz | 746.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6y32.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6y32_validation.pdf.gz | 2.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6y32_full_validation.pdf.gz | 3 MB | Display | |
| Data in XML | 6y32_validation.xml.gz | 89.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 6y32_validation.cif.gz | 120.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/6y32 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/6y32 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6y2zC ![]() 6y30C ![]() 6y31C ![]() 5l3qS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Signal recognition particle ... , 2 types, 8 molecules ACEGBDFH
| #1: Protein | Mass: 33511.711 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SRP54 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 34484.855 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SRPRA, SRPR / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 4 types, 496 molecules 






| #3: Chemical | ChemComp-GNP / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.12 Å3/Da / Density % sol: 60.53 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.4 M lithium sulfate, 13% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Tris (pH 8.0) |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 1.072 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 9, 2013 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.072 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection twin | Operator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.26 |
| Reflection | Resolution: 2.4→49.553 Å / Num. obs: 130686 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 3.8 % / Rpim(I) all: 0.06233 / Net I/σ(I): 11.34 |
| Reflection shell | Resolution: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 12547 / Rpim(I) all: 0.6239 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5L3Q Resolution: 2.6→49.553 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 97.23 / Phase error: 28.98
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 178.99 Å2 / Biso mean: 59.3332 Å2 / Biso min: 13.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.6→49.553 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Germany, 1items
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