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- PDB-5ojy: Co-complex structure of regulator protein 2 (PamR2) with pamamyci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ojy
タイトルCo-complex structure of regulator protein 2 (PamR2) with pamamycin 607 from Streptomyces alboniger
要素TetR family transcription regulator
キーワードTRANSCRIPTION / transcription regulator / TetR family transcription regulator / Streptomyces alboniger / regulator protein 2 / pamamycin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pamamycin 607 / CITRIC ACID / TetR family transcription regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces alboniger (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.851 Å
データ登録者Schmelz, S. / Rebets, Y. / Luzhetskyy, A. / Scrima, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Helmholtz AssociationVH-NG-727 ドイツ
引用ジャーナル: Metab. Eng. / 年: 2018
タイトル: Design, development and application of whole-cell based antibiotic-specific biosensor.
著者: Rebets, Y. / Schmelz, S. / Gromyko, O. / Tistechok, S. / Petzke, L. / Scrima, A. / Luzhetskyy, A.
履歴
登録2017年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TetR family transcription regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2675
ポリマ－28,2831
非ポリマー9844
水2,594144
1
A: TetR family transcription regulator
ヘテロ分子

A: TetR family transcription regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,53410
ポリマ－56,5652
非ポリマー1,9688
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z1
Buried area6980 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area21890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.850, 107.850, 119.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-123-

GLU

21A-422-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 TetR family transcription regulator / Pamamycin regulator protein 2


分子量: 28282.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces alboniger (バクテリア)
遺伝子: pamR2, SALB_00464 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D3RJT7
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-9XB / Pamamycin 607 / パママイシン607


分子量: 607.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H61NO7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1M CHES pH 8.8, 0.7 M tri-sodium citrate, 0.14M tri-lithium citrate with 5mg/ml-1 protein (preincubated with 0.5 mM Pam607 (1:1 disolved in DMSO:MetOH), 10min on ice)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→46.7 Å / Num. obs: 35445 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 21.7 % / Biso Wilson estimate: 33.82 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 28.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.85-1.9522.1631.5882.2450010.761.62598.8
1.95-2.121.7240.8224.4759430.9320.842100
2.1-2.320.6320.3569.7757280.9850.364100
2.3-2.522.3830.19717.9640360.9960.201100
2.5-322.7820.10831.3260690.9990.111100
3-420.8220.04463.49488510.045100
4-520.4270.02890.98178110.029100
5-622.8170.03192.3581310.031100
6-1021.6190.02998.3190110.0399.8
10-46.717.2640.02998.3628810.0398.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.83 Å46.7 Å
Translation5.83 Å46.7 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OJX

5ojx


解像度: 1.851→46.7 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.196 1773 5 %
Rwork0.1825 --
obs0.1832 35443 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 141.22 Å2 / Biso mean: 45.5477 Å2 / Biso min: 21.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.851→46.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1700 0 150 144 1994
Biso mean--46.15 47.45 -
残基数----222
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111829
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0832487
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051273
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007318
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.521073
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8511-1.90110.35241320.295825072639
1.9011-1.95710.28381350.252725652700
1.9571-2.02030.2741330.233125312664
2.0203-2.09250.24361350.223125492684
2.0925-2.17620.24771340.196425522686
2.1762-2.27530.23331340.18725422676
2.2753-2.39520.20661360.182525822718
2.3952-2.54530.17311340.177825612695
2.5453-2.74180.20821360.187225742710
2.7418-3.01770.22341370.186526022739
3.0177-3.45420.21851380.188326222760
3.4542-4.35150.15791400.152826652805
4.3515-46.71530.16751490.175528182967

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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