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- PDB-5x6e: Crystal structure of PrfA-DNA binary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x6e
タイトルCrystal structure of PrfA-DNA binary complex
要素
  • DNA (28-MER)
  • DNA (29-MER)
  • Listeriolysin positive regulatory factor A
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA COMPLEX / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / DNA / DNA (> 10) / Listeriolysin regulatory protein / PrfA
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Wang, Y. / Feng, H. / Zhu, Y.L. / Gao, P.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2017
タイトル: Structural insights into glutathione-mediated activation of the master regulator PrfA in Listeria monocytogenes
著者: Wang, Y. / Feng, H. / Zhu, Y. / Gao, P.
履歴
登録2017年2月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: Listeriolysin positive regulatory factor A
N: Listeriolysin positive regulatory factor A
O: DNA (29-MER)
P: DNA (28-MER)
A: Listeriolysin positive regulatory factor A
B: Listeriolysin positive regulatory factor A
C: DNA (29-MER)
D: DNA (28-MER)
E: Listeriolysin positive regulatory factor A
F: Listeriolysin positive regulatory factor A
G: DNA (29-MER)
H: DNA (28-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,29718
ポリマ－217,45312
非ポリマー1,8446
水00
1
M: Listeriolysin positive regulatory factor A
N: Listeriolysin positive regulatory factor A
O: DNA (29-MER)
P: DNA (28-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0996
ポリマ－72,4844
非ポリマー6152
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11310 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area27510 Å2
手法PISA
2
A: Listeriolysin positive regulatory factor A
B: Listeriolysin positive regulatory factor A
C: DNA (29-MER)
D: DNA (28-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0996
ポリマ－72,4844
非ポリマー6152
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11230 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area28260 Å2
手法PISA
3
E: Listeriolysin positive regulatory factor A
F: Listeriolysin positive regulatory factor A
G: DNA (29-MER)
H: DNA (28-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0996
ポリマ－72,4844
非ポリマー6152
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11200 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area27940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.017, 96.590, 370.528
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Listeriolysin positive regulatory factor A / Listeriolysin positive regulatory protein / Listeriolysin regulatory protein / Pleitrophic ...Listeriolysin positive regulatory protein / Listeriolysin regulatory protein / Pleitrophic regulatory factor A / Positive regulatory factor A / PrfA / Transcriptional regulator


分子量: 27329.391 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: prfA, AJL40_05990, AJN46_04535, M643_11230 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4TVQ0, UniProt: P22262*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (29-MER)


分子量: 8852.735 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Listeria monocytogenes (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8972.807 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Listeria monocytogenes (バクテリア)
#4: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE


分子量: 307.323 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris, 27% PEG3350, 0.2M Li2SO4, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→96.62 Å / Num. obs: 46496 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 4.2 % / Net I/σ(I): 8.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.99→93.466 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2997 2352 5.06 %
Rwork0.2489 --
obs0.2515 46496 96.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→93.466 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11520 3514 120 0 15154
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00715836
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27822134
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.316126
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0552436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052176
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.99-3.05110.4385980.40052218X-RAY DIFFRACTION83
3.0511-3.11740.44171310.38652284X-RAY DIFFRACTION85
3.1174-3.18990.41161390.3612508X-RAY DIFFRACTION96
3.1899-3.26970.42011530.3492578X-RAY DIFFRACTION97
3.2697-3.35810.42061390.32562556X-RAY DIFFRACTION97
3.3581-3.45690.33231420.30842623X-RAY DIFFRACTION97
3.4569-3.56850.39091500.29562584X-RAY DIFFRACTION98
3.5685-3.69610.33831640.3012618X-RAY DIFFRACTION99
3.6961-3.84410.45821350.30722683X-RAY DIFFRACTION99
3.8441-4.0190.32841200.28172690X-RAY DIFFRACTION99
4.019-4.23090.33651200.26442654X-RAY DIFFRACTION99
4.2309-4.4960.28481490.24492606X-RAY DIFFRACTION96
4.496-4.84310.28481180.22962577X-RAY DIFFRACTION94
4.8431-5.33040.27971340.2312716X-RAY DIFFRACTION99
5.3304-6.10160.3021470.25592726X-RAY DIFFRACTION99
6.1016-7.68690.29951510.23952751X-RAY DIFFRACTION99
7.6869-93.51210.20861620.17672772X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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