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- PDB-2wiz: Crystal structures of Holliday junction resolvases from Archaeogl... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2wiz | ||||||
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Title | Crystal structures of Holliday junction resolvases from Archaeoglobus fulgidus bound to DNA substrate | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE/DNA / HYDROLASE DNA COMPLEX / TYPE II RESTRICTION ENDONUCLEASE / HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE / HYDROLASE / DNA BINDING PROTEIN / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() crossover junction endodeoxyribonuclease / crossover junction DNA endonuclease activity / DNA recombination / DNA repair / magnesium ion binding / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Carolis, C. / Koehler, C. / Sauter, C. / Basquin, J. / Suck, D. / Toeroe, I. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structures of Holliday Junction Resolvases from Archaeoglobus Fulgidus Bound to DNA Substrate Authors: Carolis, C. / Koehler, C. / Sauter, C. / Basquin, J. / Suck, D. / Toeroe, I. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 126.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 448.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 461.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 17.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2wiwC ![]() 2wj0C ![]() 2wczS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.7397, -0.3324, 0.5851), Vector: |
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Components
#1: Protein | Mass: 15674.213 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: RESIDUES 2-136 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: N-TERMINUS CONTAINS EXTRA RESIDUES AS A RESULT OF CLONING PROCEDURE Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Description: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / Plasmid: PETM12 / Production host: ![]() ![]() #2: DNA chain | | Mass: 6078.943 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: SYNTHESIZED BY METABION GMBH, MARTINSRIED, GERMANY / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) #3: DNA chain | | Mass: 6190.002 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: SYNTHESIZED BY METABION GMBH, MARTINSRIED, GERMANY / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) Sequence details | INSERTED RESIDUES GTMG AT THE N-TERMINUS ARE A RESULT OF CLONING PROCEDURE | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.48 Å3/Da / Density % sol: 64.43 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7.5 / Details: 20% W/V PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Sep 20, 2007 / Details: PT COATED MIRRORS |
Radiation | Monochromator: SI (111) MONOCHROMATOR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8726 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.3→50 Å / Num. obs: 8420 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 9.34 % / Biso Wilson estimate: 99.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 16.18 |
Reflection shell | Resolution: 3.3→3.39 Å / Redundancy: 9.67 % / Rmerge(I) obs: 1.03 / Mean I/σ(I) obs: 2.69 / % possible all: 86.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2WCZ Resolution: 3.3→34.56 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 0.06 / Phase error: 25.33 / Stereochemistry target values: ML Details: WATSON-CRICK BASE PAIRING WAS RESTRAINED BY GEOMETRY_RESTRAINTS. EDITS WITH BOND PARAMETERS DERIVED FROM DNA-RNA_RESTRAINTS.DEF FILE OF CNS. AS THE HOLLIDAY JUNCTION SITS ON A TWO-FOLD ...Details: WATSON-CRICK BASE PAIRING WAS RESTRAINED BY GEOMETRY_RESTRAINTS. EDITS WITH BOND PARAMETERS DERIVED FROM DNA-RNA_RESTRAINTS.DEF FILE OF CNS. AS THE HOLLIDAY JUNCTION SITS ON A TWO-FOLD SYMMETRY AXIS THE HALF JUNCTION HAS BEEN MODELED USING ONE OF THE CONTINUOUS STRAND (STRAND 2) AND ITS COMPLEMENTARY STRAND AS THE CROSSOVER STRAND. THUS THE CROSSOVER STRAND IN THE HALF-JUNCTION IS A CHIMERA OF THE REAL SEQUENCES (STRANDS 1 AND 3).
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 92.12 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 119.35 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.3→34.56 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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