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- PDB-4kcv: Pyruvate kinase (PYK) from Trypanosoma brucei soaked with 2-oxogl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kcv
タイトルPyruvate kinase (PYK) from Trypanosoma brucei soaked with 2-oxoglutaric acid
要素Pyruvate kinase 1
キーワードTRANSFERASE / pyruvate kinase / decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily ...Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / 2,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / : / Pyruvate kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Zhong, W. / Morgan, H.P. / McNae, I.W. / Michels, P.A.M. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Walkinshaw, M.D.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014
タイトル: Pyruvate kinases have an intrinsic and conserved decarboxylase activity.
著者: Zhong, W. / Morgan, H.P. / Nowicki, M.W. / McNae, I.W. / Yuan, M. / Bella, J. / Michels, P.A. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Walkinshaw, M.D.
履歴
登録2013年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Pyruvate kinase 1
A: Pyruvate kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,45513
ポリマ－109,0792
非ポリマー1,37611
水13,529751
1
B: Pyruvate kinase 1
A: Pyruvate kinase 1
ヘテロ分子

B: Pyruvate kinase 1
A: Pyruvate kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,90926
ポリマ－218,1584
非ポリマー2,75122
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area21540 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area71800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.250, 108.010, 265.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 BA

#1: タンパク質 Pyruvate kinase 1 / PK 1


分子量: 54539.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: PYK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30615, pyruvate kinase
#5: 糖 ChemComp-FDP / 2,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / FRUCTOSE-2,6-DIPHOSPHATE / 2,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 2,6-di-O-phosphono-D-fructose / 2,6-di-O-phosphono-fructose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf2PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 5種, 760分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 751 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 15-20% PEG 8,000, 10-20% glycerol, 80 uM F26BP, 800 uM Ponceau S, 50 mM TEA, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.98
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→74.63 Å / Num. all: 77484 / Num. obs: 77484 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 3.9 / Observed criterion σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 2.18→2.3 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.18→74.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 6.704 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19341 3895 5 %RANDOM
Rwork0.15753 ---
obs0.15934 73586 99.96 %-
all-73586 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.625 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→74.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7596 0 82 751 8429
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.027809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0391.97310568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.22951004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.69124.356326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.289151398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5631555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.21234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0215763
LS精密化 シェル解像度: 2.18→2.239 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 287 -
Rwork0.19 5101 -
obs--99.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.634-2.7356-5.45751.87022.84695.3635-0.039-0.15530.2195-0.22530.18860.0477-0.05070.2036-0.14950.1123-0.0502-0.07430.07060.02920.0615.5817-14.223525.8841
20.45340.34620.15920.5723-0.27950.5788-0.03760.0411-0.1525-0.03250.0367-0.1525-0.01130.010.00090.03640.0360.01070.053-0.00820.109934.3356-27.364441.9857
30.07180.07660.2993.6689-2.08392.9940.0262-0.0538-0.0127-0.76410.0196-0.06840.603-0.2006-0.04590.2289-0.0523-0.02530.08510.00320.036616.0233-46.163463.6646
40.31050.15360.07150.3684-0.09670.12520.0311-0.0063-0.03970.0438-0.0437-0.05730.0018-0.03180.01260.06860.0086-0.02370.0654-0.00170.044221.5448-24.243348.9494
50.4135-0.054-0.04880.6153-0.05790.0133-0.00450.0183-0.0062-0.0019-0.004-0.05980.0055-0.00240.00840.03230.0077-0.00440.0883-0.01190.061729.573-2.145838.5886
62.97694.4068-2.46929.0625-6.44365.11350.1167-0.1010.3481-0.05770.02310.39750.1453-0.0648-0.13980.06560.01220.00280.1047-0.02590.05294.2732-14.793350.6512
70.57540.00810.36720.00670.00250.33450.0412-0.0375-0.10070.0034-0.00810.0210.03930.0156-0.03310.0817-0.01040.00610.0259-0.00450.1101-10.1262-42.682934.6089
81.9682-1.32190.39851.8413-1.31251.3125-0.0857-0.16530.1059-0.09610.0306-0.06430.09730.030.05510.06970.0147-0.02370.0825-0.04060.03216.5136-41.5258.6089
90.29890.08570.06230.28920.21390.1599-0.02710.0276-0.0507-0.03320.02140.0145-0.02870.02260.00570.0864-0.0005-0.01040.0622-0.01860.0357-2.1533-32.19427.5402
100.4386-0.402-0.14690.72110.11870.0518-0.03160.0147-0.08140.03430.01540.08980.00890.00230.01620.0459-0.0091-0.00690.0688-0.00650.0738-22.0585-19.978638.025
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2A15 - 87
3X-RAY DIFFRACTION3A88 - 189
4X-RAY DIFFRACTION4A190 - 357
5X-RAY DIFFRACTION5A358 - 499
6X-RAY DIFFRACTION6B2 - 14
7X-RAY DIFFRACTION7B15 - 87
8X-RAY DIFFRACTION8B88 - 189
9X-RAY DIFFRACTION9B190 - 357
10X-RAY DIFFRACTION10B358 - 499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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