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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ojx
タイトルCrystal structure of regulator protein 2 (PamR2) from the pamamycin biosynthetic gene cluster of Streptomyces alboniger
要素TetR family transcription regulator
キーワードTRANSCRIPTION / transcription regulator / TetR family transcription regulator / Streptomyces alboniger / regulator protein 2 / pamamycin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily ...Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TetR family transcription regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces alboniger (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Schmelz, S. / Rebets, Y. / Luzhetskyy, A. / Scrima, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Helmholtz AssociationVH-NG-727 ドイツ
引用ジャーナル: Metab. Eng. / 年: 2018
タイトル: Design, development and application of whole-cell based antibiotic-specific biosensor.
著者: Rebets, Y. / Schmelz, S. / Gromyko, O. / Tistechok, S. / Petzke, L. / Scrima, A. / Luzhetskyy, A.
履歴
登録2017年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TetR family transcription regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2511
ポリマ－28,2511
非ポリマー00
水32418
1
A: TetR family transcription regulator

A: TetR family transcription regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5012
ポリマ－56,5012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area4840 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.270, 56.030, 39.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.990, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 TetR family transcription regulator / Pamamycin regulator protein 2


分子量: 28250.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces alboniger (バクテリア)
遺伝子: pamR2, SALB_00464 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D3RJT7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 5mg/mL PamR2 150 mM NaCl 722mM tri-Lithium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→38.889 Å / Num. obs: 12407 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.288 % / Biso Wilson estimate: 48.83 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rrim(I) all: 0.041 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 20.02
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.24.4730.7171.8616140.7080.816100
2.2-2.34.4660.4812.8713240.850.54799.9
2.3-2.44.4860.3214.1311370.9340.365100
2.4-2.54.390.2225.879670.9630.25399.9
2.5-34.1480.10311.8730760.9930.11899.5
3-44.2920.03135.6324680.9990.03599.7
4-54.080.01956.598820.9990.02299
5-63.7540.0254.263860.9990.02398.5
6-104.3010.01564.244350.9990.01798.9
10-38.8893.8810.01667.8911810.01993.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDS20170615データ削減
XSCALE20170615データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Y30

2y30


解像度: 2.1→38.889 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2766 621 5.01 %
Rwork0.2273 --
obs0.2298 12402 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 88.48 Å2 / Biso mean: 57.1754 Å2 / Biso min: 33.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→38.889 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1634 0 0 18 1652
Biso mean---49.8 -
残基数----215
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071672
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9122273
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046251
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006294
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.136997
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1001-2.31140.36961550.31129383093100
2.3114-2.64580.3341540.287329283082100
2.6458-3.33310.41711550.28372937309299
3.3331-38.89580.21671570.18862978313599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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