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- PDB-2ode: Crystal structure of the heterodimeric complex of human RGS8 and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ode
タイトルCrystal structure of the heterodimeric complex of human RGS8 and activated Gi alpha 3
要素
  • Guanine nucleotide-binding protein G(k) subunit alpha
  • Regulator of G-protein signaling 8
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein signalling / RGS / heterotrimeric G protein / signalling complex / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of dopamine receptor signaling pathway / negative regulation of adenylate cyclase activity / GTP metabolic process / neuronal cell body membrane / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of GTPase activity / negative regulation of signal transduction / Adenylate cyclase inhibitory pathway / GTPase activator activity / G protein-coupled receptor binding ...regulation of dopamine receptor signaling pathway / negative regulation of adenylate cyclase activity / GTP metabolic process / neuronal cell body membrane / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of GTPase activity / negative regulation of signal transduction / Adenylate cyclase inhibitory pathway / GTPase activator activity / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / centriolar satellite / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / cytoplasmic side of plasma membrane / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / GDP binding / G alpha (z) signalling events / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / GPER1 signaling / heterotrimeric G-protein complex / midbody / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / perikaryon / Extra-nuclear estrogen signaling / ciliary basal body / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / cell division / GTPase activity / synapse / dendrite / centrosome / GTP binding / nucleolus / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Regulator of G-protein signalling 8, RGS domain / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 - #10 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 / RGS, subdomain 1/3 / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain ...Regulator of G-protein signalling 8, RGS domain / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 - #10 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 / RGS, subdomain 1/3 / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAFLUOROALUMINATE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3 / Regulator of G-protein signaling 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gileadi, C. / Soundararajan, M. / Turnbull, A.P. / Elkins, J.M. / Papagrigoriou, E. / Pike, A.C.W. / Bunkoczi, G. / Gorrec, F. / Umeano, C. / von Delft, F. ...Gileadi, C. / Soundararajan, M. / Turnbull, A.P. / Elkins, J.M. / Papagrigoriou, E. / Pike, A.C.W. / Bunkoczi, G. / Gorrec, F. / Umeano, C. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Sundstrom, M. / Doyle, D.A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structural diversity in the RGS domain and its interaction with heterotrimeric G protein alpha-subunits.
著者: Soundararajan, M. / Willard, F.S. / Kimple, A.J. / Turnbull, A.P. / Ball, L.J. / Schoch, G.A. / Gileadi, C. / Fedorov, O.Y. / Dowler, E.F. / Higman, V.A. / Hutsell, S.Q. / Sundstrom, M. / ...著者: Soundararajan, M. / Willard, F.S. / Kimple, A.J. / Turnbull, A.P. / Ball, L.J. / Schoch, G.A. / Gileadi, C. / Fedorov, O.Y. / Dowler, E.F. / Higman, V.A. / Hutsell, S.Q. / Sundstrom, M. / Doyle, D.A. / Siderovski, D.P.
履歴
登録2006年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月10日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(k) subunit alpha
B: Regulator of G-protein signaling 8
C: Guanine nucleotide-binding protein G(k) subunit alpha
D: Regulator of G-protein signaling 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,70410
ポリマ－113,5634
非ポリマー1,1416
水11,800655
1
A: Guanine nucleotide-binding protein G(k) subunit alpha
B: Regulator of G-protein signaling 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3525
ポリマ－56,7812
非ポリマー5703
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Guanine nucleotide-binding protein G(k) subunit alpha
D: Regulator of G-protein signaling 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3525
ポリマ－56,7812
非ポリマー5703
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.837, 130.216, 68.519
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLULEULEUAA33 - 34832 - 347
21GLUGLUASNASNCC33 - 34732 - 346
12SERSERGLNGLNBB46 - 1767 - 137
22SERSERLEULEUDD56 - 17117 - 132

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(k) subunit alpha / Gi / alpha-3


分子量: 40162.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI3 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)R3 / 参照: UniProt: P08754
#2: タンパク質 Regulator of G-protein signaling 8 / RGS8


分子量: 16618.889 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 42-180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RGS8 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)R3 / 参照: UniProt: P57771

-
非ポリマー , 4種, 661分子

#3: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION


分子量: 102.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 655 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.20M NH4Cl, 20.0% PEG 6K, 10.0% EtGly, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97901 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97901 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 80222 / Num. obs: 80222 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IHB

2ihb


解像度: 1.9→29.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 5.958 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21105 4021 5 %RANDOM
Rwork0.17988 ---
all0.18148 76139 --
obs0.18148 76139 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.626 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.76 Å20 Å20 Å2
2---1.36 Å20 Å2
3---0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6980 0 68 655 7703
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0227238
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024842
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3691.9559807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.953311783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4435896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.16124.265347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.153151254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8831542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021545
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21505
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.25049
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.23554
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.23482
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2470.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3020.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7861.54556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2231.51788
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.15927098
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.90533100
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.824.52699
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1863medium positional0.130.5
2B688medium positional0.120.5
1A2214loose positional0.435
2B868loose positional0.565
1A1863medium thermal0.722
2B688medium thermal0.922
1A2214loose thermal1.2210
2B868loose thermal1.1510
LS精密化 シェル解像度: 1.899→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 295 -
Rwork0.261 5455 -
obs--97.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4930.09910.23411.99590.29051.8415-0.04330.0362-0.19820.01590.0344-0.13760.16760.01320.0089-0.1468-0.0063-0.0031-0.2156-0.0313-0.118919.61598.592530.4741
24.6891-1.16271.12012.1562-0.32482.3851-0.2213-0.31130.46490.22050.1004-0.3472-0.30040.06190.1208-0.0764-0.0367-0.0549-0.1884-0.0502-0.113224.989431.748338.6334
31.7320.0428-0.42472.4960.28311.98770.00360.2157-0.0295-0.1359-0.0331-0.162-0.2488-0.19010.0294-0.12180.00170.0124-0.1647-0.0035-0.165312.34950.14316.4319
42.42440.9522-0.39613.0537-0.40974.2115-0.02450.1762-0.2131-0.24460.151-0.12510.3109-0.2462-0.1265-0.1495-0.0574-0.0078-0.1175-0.0453-0.14063.002726.97462.8948
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA33 - 34832 - 347
2X-RAY DIFFRACTION2BB46 - 1767 - 137
3X-RAY DIFFRACTION3CC31 - 34730 - 346
4X-RAY DIFFRACTION4DD56 - 17117 - 132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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