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- PDB-2v7a: Crystal structure of the T315I Abl mutant in complex with the inh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v7a
タイトルCrystal structure of the T315I Abl mutant in complex with the inhibitor PHA-739358
要素PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE ABL1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / KINASE (キナーゼ) / NUCLEUS (細胞核) / MYRISTATE (ミリスチン酸) / CYTOPLASM (細胞質) / MANGANESE (マンガン) / CELL ADHESION (細胞接着) / METAL-BINDING / PROTO-ONCOGENE (がん遺伝子) / TYROSINE-PROTEIN KINASE / CHROMOSOMAL REARRANGEMENT / LIPOPROTEIN (リポタンパク質) / POLYMORPHISM / CYTOSKELETON (細胞骨格) / MAGNESIUM (マグネシウム) / SH2 DOMAIN (SH2ドメイン) / SH3 DOMAIN / ATP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / ALTERNATIVE SPLICING (選択的スプライシング) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / KINASE INHIBITOR / T315I ABL MUTANT
機能・相同性
機能・相同性情報


Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Myogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Cyclin D associated events in G1 / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs ...Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Myogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Cyclin D associated events in G1 / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / mitochondrial depolarization / transitional one stage B cell differentiation / positive regulation of actin filament binding / DNA conformation change / activation of protein kinase C activity / negative regulation of phospholipase C activity / actin filament branching / positive regulation of interleukin-2 secretion / positive regulation blood vessel branching / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / B cell proliferation involved in immune response / positive regulation of microtubule binding / neuroepithelial cell differentiation / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / regulation of extracellular matrix organization / microspike assembly / regulation of modification of synaptic structure / cerebellum morphogenesis / collateral sprouting / B-1 B cell homeostasis / cardiovascular system development / alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of oxidoreductase activity / activated T cell proliferation / bubble DNA binding / neuropilin signaling pathway / neuropilin binding / regulation of T cell differentiation / regulation of Cdc42 protein signal transduction / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / regulation of microtubule polymerization / regulation of actin cytoskeleton reorganization / negative regulation of BMP signaling pathway / mitogen-activated protein kinase binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / proline-rich region binding / positive regulation of interferon-gamma secretion / negative regulation of cell-cell adhesion / cellular response to dopamine / syntaxin binding / regulation of response to DNA damage stimulus / DNA damage induced protein phosphorylation / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of osteoblast proliferation / cell leading edge / regulation of axon extension / actin monomer binding / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / negative regulation of long-term synaptic potentiation / neuromuscular process controlling balance / Bergmann glial cell differentiation / DNAミスマッチ修復 / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of muscle cell differentiation / positive regulation of actin cytoskeleton reorganization / regulation of endocytosis / regulation of cell adhesion / negative regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of cell motility / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / four-way junction DNA binding / endothelial cell migration / positive regulation of stress fiber assembly / regulation of actin cytoskeleton organization / signal transduction in response to DNA damage / substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of autophagy / positive regulation of endothelial cell migration / cellular protein modification process / spleen development / SH2 domain binding / post-embryonic development / neural tube closure / positive regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of I-kappaB kinase/NF-kappaB signaling / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / thymus development / protein kinase C binding / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / phosphotyrosine residue binding / ephrin receptor binding / integrin-mediated signaling pathway / actin cytoskeleton organization / オートファジー / non-specific protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine autophosphorylation
Tyrosine-protein kinase ABL1/transforming protein Abl / Protein tyrosine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Src homology 3 (SH3) domain profile. / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein kinases ATP-binding region signature. / F-actin binding / SH3 domain ...Tyrosine-protein kinase ABL1/transforming protein Abl / Protein tyrosine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Src homology 3 (SH3) domain profile. / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein kinases ATP-binding region signature. / F-actin binding / SH3 domain / SH2ドメイン / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / Protein kinase-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / SH2ドメイン / SH3 domain / F-actin binding
Tyrosine-protein kinase ABL1
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Modugno, M. / Casale, E. / Soncini, C. / Rosettani, P. / Colombo, R. / Lupi, R. / Rusconi, L. / Fancelli, D. / Carpinelli, P. / Cameron, A.D. / Isacchi, A. / Moll, J.
引用ジャーナル: Cancer Res. / : 2007
タイトル: Crystal Structure of the T315I Abl Mutant in Complex with the Aurora Kinases Inhibitor Pha-739358.
著者: Modugno, M. / Casale, E. / Soncini, C. / Rosettani, P. / Colombo, R. / Lupi, R. / Rusconi, L. / Fancelli, D. / Carpinelli, P. / Cameron, A.D. / Isacchi, A. / Moll, J.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2007年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / reflns_shell
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns_shell.Rmerge_I_obs

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE ABL1
B: PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2836
ポリマ-66,2862
非ポリマー9984
2,990166
1
A: PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6423
ポリマ-33,1431
非ポリマー4992
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6423
ポリマ-33,1431
非ポリマー4992
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
γ
α
β
Length a, b, c (Å)159.757, 159.757, 56.931
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE ABL1 / ABELSON MURINE LEUKEMIA VIRAL ONCOGENE HOMOLOG 1 / P150 / C-ABL


分子量: 33142.793 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 229-512 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: AUTOGRAPHA (蝶・蛾)
参照: UniProt: P00519, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-627 / N-[(3E)-5-[(2R)-2-METHOXY-2-PHENYLACETYL]PYRROLO[3,4-C]PYRAZOL-3(5H)-YLIDENE]-4-(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)BENZAMIDE / Danusertib / PHA-739358


分子量: 474.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C26H30N6O3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Mg / マグネシウム
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / : H2O /
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 315 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 315 TO ILE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー係数: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20% PEG 4000 ,1M HEPES PH 7.0, 0.1 M MGCL2,

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.93
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 29049 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FPU
解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 7.337 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.378 / ESU R Free: 0.257 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1476 5.1 %RANDOM
Rwork0.207 ---
Obs0.209 27517 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å20.29 Å20 Å2
2--0.59 Å20 Å2
3----0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4400 0 72 166 4638
拘束条件

精密化-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプDev idealDev ideal target
r_bond_refined_d0.0130.0224590
r_bond_other_d
r_angle_refined_deg1.581.9786219
r_angle_other_deg
r_dihedral_angle_1_deg6.5965537
r_dihedral_angle_2_deg39.78124.218211
r_dihedral_angle_3_deg16.24115803
r_dihedral_angle_4_deg14.9121522
r_chiral_restr0.0940.2653
r_gen_planes_refined0.0050.023480
r_gen_planes_other
r_nbd_refined0.2070.22113
r_nbd_other
r_nbtor_refined0.3130.23118
r_nbtor_other
r_xyhbond_nbd_refined0.1530.2228
r_xyhbond_nbd_other
r_metal_ion_refined
r_metal_ion_other
r_symmetry_vdw_refined0.1860.250
r_symmetry_vdw_other
r_symmetry_hbond_refined0.1160.217
r_symmetry_hbond_other
r_symmetry_metal_ion_refined
r_symmetry_metal_ion_other
r_mcbond_it
r_mcbond_other
r_mcangle_it
r_mcangle_other
r_scbond_it
r_scbond_other
r_scangle_it
r_scangle_other
r_long_range_B_refined
r_long_range_B_other
r_rigid_bond_restr
r_sphericity_free
r_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 101 -
Rwork0.28 2007 -
Obs--99.62 %

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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