PDB-4y5a: Endothiapepsin in complex with fragment 206

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y5a

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment 206

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / aspartic protease / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Ehrmann, F.R. / Huschmann, F.U. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic Fragment Sreening of an Entire Library
著者: Ehrmann, F.R. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2015年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y5a.cif.gz	198.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y5a.ent.gz	159 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y5a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/4y5a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/4y5a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y3aC 4y3hC 4y3lC 4y3tC 4y58C 4y5bC 4y5cC 4y5eC 4y5gC 4y5kC 3pgi 4y35 4y36 4y37 4y38 4y39 4y3d 4y3e 4y3f 4y3g 4y3j 4y3m 4y3n 4y3p 4y3q 4y3r 4y3s 4y3w 4y3x 4y3y 4y3z 4y41 4y43 4y44 4y45 4y47 4y48 4y4a 4y4b 4y4d 4y4e 4y4g 4y4j 4y4t 4y4u 4y4w 4y4x 4y4z 4y50 4y51 4y53 4y54 4y56 4y57 4y5l 4y5m 4y5n 4y5p 4yck 4yct 4ycy 4yd3 4yd4 4yd5 4yd6 4yd7 5j25 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5p27-d 5p8k-d 5p64-d 4y51-d 5oz7-d 5p8t-d 5ozk-d 5p8e-d 4y3n-d 5u46-2 3psy-d 5r3l-d 5rd2-d 5rcl-d 4y5g-d 5p2a-d 5p7u-d 5p5v-d 5p4b-d 5p3v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.388, 72.875, 52.827
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.60, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 6種, 302分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-47M / 1-[5-(trifluoromethyl)furan-2-yl]methanamine 分子量: 165.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆F₃NO
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.32 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.8944 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8944 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 57009 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.5 % / R_sym value: 0.078 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1779	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→26.835 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1567	2896	5.08 %	random selection
R_work	0.119	-	-	-
obs	0.1209	56984	98.95 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→26.835 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2379	0	87	286	2752

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2578
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.196	3525
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.925	855
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	412
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	453

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4482-1.472	0.2403	136	0.1627	2465	X-RAY DIFFRACTION	95
1.472-1.4974	0.1839	125	0.1534	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4974-1.5246	0.1959	123	0.1325	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5246-1.5539	0.2022	138	0.1254	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5539-1.5856	0.1633	129	0.1192	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5856-1.6201	0.1683	145	0.1139	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6201-1.6578	0.1785	128	0.1116	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6578-1.6992	0.1686	138	0.1097	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6992-1.7452	0.1484	153	0.1061	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7452-1.7965	0.1525	140	0.0996	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7965-1.8545	0.1439	153	0.1037	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8545-1.9208	0.1492	124	0.0962	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9208-1.9976	0.1392	134	0.0931	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9976-2.0885	0.1368	150	0.0983	2576	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0885-2.1986	0.1279	131	0.1036	2588	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1986-2.3363	0.1468	143	0.1083	2561	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3363-2.5165	0.1551	156	0.1136	2575	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5165-2.7695	0.1343	155	0.1159	2552	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7695-3.1697	0.1611	134	0.1224	2570	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1697-3.9914	0.162	134	0.134	2556	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9914-26.8398	0.1645	127	0.1481	2552	X-RAY DIFFRACTION	95

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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