PDB-4y3r: Endothiapepsin in complex with fragment 306

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y3r

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment 306

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / aspartic protease / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.13 Å

データ登録者

Wang, X. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
著者: Wang, X. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2015年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y3r.cif.gz	196.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y3r.ent.gz	158.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y3r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y3r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y35C 4y36C 4y37C 4y39C 4y3eC 4y3fC 4y3gC 4y3mC 4y3nC 4y3pC 4y3qC 4y3sC 4y3wC 4y3xC 4y3zC 4y41C 4y43C 4y44C 4y45C 4y47C 4y4aC 4y4bC 4y4eC 4y4tC 4y4uC 4y4wC 4y4xC 4y4zC 4y50C 4y51C 4y53C 4y54C 4y56C 4y57C 4y5lC 4y5mC 4y5nC 4y5pC 4yckC 4yctC 4ycyC 4yd3C 4yd4C 4yd5C 4yd6C 4yd7C 5dpzC 5dq1C 5dq2C 5dq4C 5dq5C 5dr0C 5dr1C 5dr3C 5dr4C 5dr7C 5dr8C 5hcoC 5is4C 5isjC 5iskC 5j25C 3pb5 3pbd 3pbz 3pcw 3pgi 3pi0 3pld 3pll 3pm4 3pmu 3pmy 4y38 4y3a 4y3d 4y3h 4y3j 4y3l 4y3t 4y3y 4y48 4y4d 4y4g 4y4j 4y58 4y5a 4y5b 4y5c 4y5e 4y5g 4y5k C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ozo-d 5hct-d 4y3w-d 5r2q-d 5p83-d 5p1i-d 5r3o-d 5oyr-d 5r2t-d 5p61-d 1epp-d 5rd7-d 5p0u-d 5p7h-d 5p4s-d 4y4z-d 5rcy-d 5p1l-d 5rdd-d 5p4u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.218, 73.159, 52.735
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.61, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 5種, 295分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-F06 / 2-chlorobenzyl carbamimidothioate / 2-(2-クロロベンジル)イソチオ尿素分子量: 200.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₉ClN₂S
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.21 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000. Crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.13→42.6 Å / Num. obs: 120427 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.041 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 1.13→1.2 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.13→28.023 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 11.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1413	6022	5 %	random selection
R_work	0.1237	-	-	-
obs	0.1246	120424	99.66 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.13→28.023 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2373	0	32	290	2695

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2566
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.235	3528
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.905	845
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	412
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	466

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1293-1.1422	0.2114	196	0.2145	3710	X-RAY DIFFRACTION	98
1.1422-1.1556	0.2131	199	0.1925	3792	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1556-1.1697	0.1809	200	0.1823	3802	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1697-1.1845	0.2158	200	0.1751	3792	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1845-1.2001	0.1753	200	0.1658	3813	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2001-1.2165	0.1815	201	0.1604	3814	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2165-1.2339	0.1857	201	0.1564	3808	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2339-1.2523	0.1521	201	0.1446	3823	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2523-1.2719	0.1513	198	0.1437	3772	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2719-1.2927	0.1685	204	0.1448	3868	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2927-1.315	0.1728	198	0.1355	3758	X-RAY DIFFRACTION	100
1.315-1.3389	0.1639	200	0.1335	3810	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3389-1.3647	0.1712	203	0.1257	3859	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3647-1.3925	0.1322	199	0.1144	3774	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3925-1.4228	0.1178	202	0.1053	3834	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4228-1.4559	0.1241	202	0.0966	3837	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4559-1.4923	0.1213	199	0.0965	3790	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4923-1.5327	0.1177	201	0.0961	3806	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5327-1.5778	0.1148	200	0.0953	3806	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5778-1.6287	0.1077	202	0.0888	3839	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6287-1.6869	0.1105	201	0.0911	3821	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6869-1.7544	0.1173	201	0.0966	3811	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7544-1.8343	0.1188	201	0.1002	3836	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8343-1.9309	0.1184	201	0.1019	3806	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9309-2.0519	0.1276	202	0.1017	3851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0519-2.2103	0.1131	200	0.1021	3799	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2103-2.4326	0.1275	201	0.1141	3813	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4326-2.7843	0.1388	202	0.1245	3835	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7843-3.5068	0.1516	202	0.1356	3833	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5068-28.0312	0.1644	205	0.1506	3890	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 295分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 5種, 295分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 295分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)