PDB-4y3a: Endothiapepsin in complex with fragment 181

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y3a

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment 181

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / aspartic protease / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.17 Å

データ登録者

Ehrmann, F.R. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic Fragment Sreening of an Entire Library
著者: Ehrmann, F.R. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2015年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y3a.cif.gz	202 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y3a.ent.gz	164.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y3a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y3a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y3a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y3hC 4y3lC 4y3tC 4y58C 4y5aC 4y5bC 4y5cC 4y5eC 4y5gC 4y5kC 3pcwS 3pb5 3pbd 3pbz 3pgi 3pi0 3pld 3pll 3pm4 3pmu 3pmy 4y35 4y36 4y37 4y38 4y39 4y3d 4y3f 4y3g 4y3j 4y3m 4y3n 4y3p 4y3q 4y3r 4y3s 4y3w 4y3x 4y3y 4y3z 4y41 4y43 4y44 4y45 4y47 4y48 4y4a 4y4b 4y4d 4y4e 4y4g 4y4j 4y4t 4y4u 4y4w 4y4x 4y4z 4y50 4y51 4y53 4y54 4y56 4y57 4y5l 4y5m 4y5n 4y5p 4yck 4yct 4ycy 4yd3 4yd4 4yd5 4yd6 4yd7 5j25 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5p50-d 5p42-d 1epl-d 5p5b-d 5r3y-d 5oz2-d 5ozy-d 5p4a-d 5p7g-d 4y3t-d 5oz7-d 5p06-d 5p89-d 5p75-d 5p72-d 5p15-d 5p1e-d 5p6d-d 5p3e-d 5p29-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.169, 72.992, 52.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.11, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 6種, 323分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-45O / 6-{[(3R,5S)-3,5-dimethylpiperidin-1-yl]methyl}-N,N-dimethyl-1,3,5-triazine-2,4-diamine 分子量: 264.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₄N₆
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.98 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate, 24-30% PEG 4000 crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.17→42.68 Å / Num. obs: 102974 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / R_sym value: 0.032 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 1.17→1.24 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.188 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 72.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1779	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PCW

3pcw

解像度: 1.17→42.68 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 10.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1294	5148	5 %	random selection
R_work	0.1109	-	-	-
obs	0.1119	102973	94.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.17→42.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2379	0	71	312	2762

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2656
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.255	3650
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.649	895
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	425
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	475

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1698-1.1831	0.167	109	0.1313	2067	X-RAY DIFFRACTION	60
1.1831-1.197	0.1495	119	0.1267	2273	X-RAY DIFFRACTION	66
1.197-1.2116	0.1374	133	0.1217	2512	X-RAY DIFFRACTION	74
1.2116-1.2269	0.1468	140	0.122	2671	X-RAY DIFFRACTION	79
1.2269-1.2431	0.1493	155	0.1159	2950	X-RAY DIFFRACTION	86
1.2431-1.2601	0.1455	163	0.1115	3100	X-RAY DIFFRACTION	91
1.2601-1.2781	0.1372	176	0.1121	3329	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2781-1.2972	0.1146	181	0.1017	3442	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2972-1.3174	0.1382	181	0.0983	3441	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3174-1.339	0.1192	178	0.0942	3387	X-RAY DIFFRACTION	100
1.339-1.3621	0.1076	182	0.0955	3448	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3621-1.3869	0.116	179	0.094	3407	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3869-1.4136	0.122	178	0.093	3382	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4136-1.4424	0.1169	179	0.0887	3396	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4424-1.4738	0.1141	182	0.087	3465	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4738-1.5081	0.113	181	0.0893	3444	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5081-1.5458	0.1125	179	0.0873	3402	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5458-1.5876	0.1033	181	0.0874	3426	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5876-1.6343	0.1117	180	0.0871	3420	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6343-1.6871	0.1043	180	0.0886	3431	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6871-1.7474	0.1087	181	0.0919	3435	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7474-1.8173	0.104	181	0.0903	3428	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8173-1.9001	0.1041	179	0.0936	3419	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9001-2.0002	0.1163	181	0.0933	3424	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0002-2.1255	0.1048	180	0.0906	3423	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1255-2.2896	0.1086	182	0.0957	3462	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2896-2.52	0.1276	181	0.1104	3447	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.8846	0.1392	181	0.1171	3423	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8846-3.634	0.1252	182	0.1296	3460	X-RAY DIFFRACTION	100
3.634-42.7085	0.1935	184	0.1624	3511	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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