PDB-4y3n: Endothiapepsin in complex with fragment 273

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y3n

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment 273

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / Fragment screening / aspartic protease / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.34 Å

データ登録者

Krimmer, S.G. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
著者: Krimmer, S.G. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2015年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y3n.cif.gz	190.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y3n.ent.gz	154.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y3n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y3n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y35C 4y36C 4y37C 4y39C 4y3eC 4y3fC 4y3gC 4y3mC 4y3pC 4y3qC 4y3rC 4y3sC 4y3wC 4y3xC 4y3zC 4y41C 4y43C 4y44C 4y45C 4y47C 4y4aC 4y4bC 4y4eC 4y4tC 4y4uC 4y4wC 4y4xC 4y4zC 4y50C 4y51C 4y53C 4y54C 4y56C 4y57C 4y5lC 4y5mC 4y5nC 4y5pC 4yckC 4yctC 4ycyC 4yd3C 4yd4C 4yd5C 4yd6C 4yd7C 5dpzC 5dq1C 5dq2C 5dq4C 5dq5C 5dr0C 5dr1C 5dr3C 5dr4C 5dr7C 5dr8C 5hcoC 5is4C 5isjC 5iskC 5j25C 3pcwS 3pgi 4y38 4y3a 4y3d 4y3h 4y3j 4y3l 4y3t 4y3y 4y48 4y4d 4y4g 4y4j 4y58 4y5a 4y5b 4y5c 4y5e 4y5g 4y5k C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4y5e-d 4y5g-d 5p4b-d 5p27-d 5p8q-d 5p8k-d 5p38-d 5p64-d 5oz7-d 5p8t-d 5p3q-d 5p0s-d 4y5a-d 5p3v-d 5p10-d 5dq2-d 5p7u-d 3pm4-d 5p20-d 1ppk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.581, 72.959, 53.043
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.35, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-45V / 2-[(1S)-2-acetyl-1,2-dihydroisoquinolin-1-yl]-N,N-dimethylacetamide 分子量: 258.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₈N₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.03 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000. crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.34→43.01 Å / Num. obs: 72919 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / R_sym value: 0.049 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 1.34→1.42 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1779	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 3PCW

3pcw

解像度: 1.34→43.01 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 12.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1517	3646	5 %	random selection
R_work	0.124	-	-	-
obs	0.1254	72919	99.13 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.34→43.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2368	0	24	262	2654

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2491
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.191	3423
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.607	813
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	406
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	450

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3393-1.3569	0.2574	118	0.2054	2259	X-RAY DIFFRACTION	85
1.3569-1.3755	0.2455	141	0.1959	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3755-1.3951	0.2378	141	0.176	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3951-1.4159	0.2059	141	0.1604	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4159-1.4381	0.1765	141	0.1433	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4381-1.4617	0.1861	142	0.1376	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4617-1.4869	0.1871	139	0.1276	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4869-1.5139	0.1681	143	0.1241	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5139-1.543	0.1617	138	0.1103	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.543-1.5745	0.1532	143	0.1068	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5745-1.6088	0.1516	141	0.1009	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6088-1.6462	0.1429	140	0.099	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6462-1.6873	0.1229	142	0.0961	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6873-1.733	0.1432	139	0.0944	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.733-1.784	0.1224	142	0.095	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.784-1.8415	0.143	141	0.0983	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8415-1.9074	0.1486	142	0.1027	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9074-1.9837	0.1192	141	0.1005	2670	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9837-2.074	0.122	140	0.1005	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.074-2.1834	0.1194	141	0.0988	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1834-2.3201	0.1272	140	0.1108	2659	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3201-2.4993	0.1273	141	0.1195	2672	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4993-2.7507	0.1422	141	0.1266	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7507-3.1487	0.1598	142	0.135	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1487-3.9666	0.1824	141	0.1387	2673	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9666-43.0292	0.1588	145	0.1528	2756	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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