PDB-4y4t: Endothiapepsin in complex with fragment 114

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y4t

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment 114

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.301 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
著者: Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2015年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y4t.cif.gz	190.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y4t.ent.gz	154.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y4t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/4y4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/4y4t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y35C 4y36C 4y37C 4y39C 4y3eC 4y3fC 4y3gC 4y3mC 4y3nC 4y3pC 4y3qC 4y3rC 4y3sC 4y3wC 4y3xC 4y3zC 4y41C 4y43C 4y44C 4y45C 4y47C 4y4aC 4y4bC 4y4eC 4y4uC 4y4wC 4y4xC 4y4zC 4y50C 4y51C 4y53C 4y54C 4y56C 4y57C 4y5lC 4y5mC 4y5nC 4y5pC 4yckC 4yctC 4ycyC 4yd3C 4yd4C 4yd5C 4yd6C 4yd7C 5dpzC 5dq1C 5dq2C 5dq4C 5dq5C 5dr0C 5dr1C 5dr3C 5dr4C 5dr7C 5dr8C 5hcoC 5is4C 5isjC 5iskC 5j25C 3pcwS 3pb5 3pgi 4y38 4y3a 4y3d 4y3h 4y3j 4y3l 4y3t 4y3y 4y48 4y4d 4y4g 4y4j 4y58 4y5a 4y5b 4y5c 4y5e 4y5g 4y5k C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5p5c-d 5p6k-d 5rd6-d 5p4h-d 5r3z-d 5p4b-d 3pi0-d 5p8f-d 5ozy-d 4y54-d 5r2w-d 5p37-d 5p28-d 5r3l-d 5dq2-d 5p8b-d 5oyv-d 5oyt-d 5p0x-d 5p30-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.251, 73.102, 52.809
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.27, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 7種, 324分子

#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-46X / 3-amino-5-(pyrrolidin-1-yl)-1H-pyrazole-4-carbonitrile 分子量: 177.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₁N₅
#7: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.44 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→42.72 Å / Num. obs: 78761 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.3→1.38 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1492	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PCW

3pcw

解像度: 1.301→29.477 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1559	3937	5 %	random selection
R_work	0.1328	-	-	-
obs	0.134	78753	99.16 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.301→29.477 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2373	0	67	314	2754

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2557
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.276	3511
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.917	861
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	413
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	457

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3012-1.3171	0.2959	127	0.2343	2417	X-RAY DIFFRACTION	90
1.3171-1.3338	0.2511	139	0.1893	2641	X-RAY DIFFRACTION	98
1.3338-1.3513	0.2055	140	0.1768	2672	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3513-1.3698	0.1963	140	0.1576	2650	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3698-1.3894	0.2084	142	0.1506	2702	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3894-1.4101	0.1931	140	0.1459	2654	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4101-1.4322	0.176	140	0.1401	2666	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4322-1.4556	0.1748	140	0.1344	2657	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4556-1.4807	0.1543	139	0.1299	2649	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4807-1.5077	0.1882	143	0.1229	2716	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5077-1.5367	0.1347	137	0.12	2604	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5367-1.568	0.1902	143	0.1194	2711	X-RAY DIFFRACTION	99
1.568-1.6021	0.1569	140	0.1161	2659	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6021-1.6394	0.1445	142	0.1134	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6394-1.6804	0.1651	141	0.114	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6804-1.7258	0.1382	140	0.1109	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7258-1.7766	0.1578	143	0.1183	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7766-1.8339	0.1594	140	0.1149	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8339-1.8995	0.1454	142	0.1147	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8995-1.9755	0.1416	142	0.1147	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9755-2.0654	0.1285	141	0.1144	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0654-2.1742	0.133	141	0.1098	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1742-2.3104	0.1322	142	0.1181	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3104-2.4887	0.1447	142	0.1269	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4887-2.739	0.1588	142	0.1313	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.739-3.135	0.1491	143	0.1332	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.135-3.9482	0.1443	142	0.148	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9482-29.4842	0.1632	144	0.1594	2748	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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