PDB-5isj: Endothiapepsin in complex with chiral chlorinated primary amine f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5isj

タイトル

Endothiapepsin in complex with chiral chlorinated primary amine fragment

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / aspartic protease / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.651 Å

データ登録者

Radeva, N. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
著者: Radeva, N. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5isj.cif.gz	185.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5isj.ent.gz	149 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5isj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5isj_validation.pdf.gz	461.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5isj_full_validation.pdf.gz	461.3 KB	表示
XML形式データ	5isj_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	5isj_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5isj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5isj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y35C 4y36C 4y37C 4y39C 4y3eC 4y3fC 4y3gC 4y3mC 4y3nC 4y3pC 4y3qC 4y3rC 4y3sC 4y3wC 4y3xC 4y3zC 4y41C 4y43C 4y44C 4y45C 4y47C 4y4aC 4y4bC 4y4eC 4y4tC 4y4uC 4y4wC 4y4xC 4y4zC 4y50C 4y51C 4y53C 4y54C 4y56C 4y57C 4y5lC 4y5mC 4y5nC 4y5pC 4yckC 4yctC 4ycyC 4yd3C 4yd4C 4yd5C 4yd6C 4yd7C 5dpzC 5dq1C 5dq2C 5dq4C 5dq5C 5dr0C 5dr1C 5dr3C 5dr4C 5dr7C 5dr8C 5hcoC 5is4C 5iskC 5j25C 3pcwS 3pll C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4yd6-d 4y4u-d 3pld-d 5rcq-d 4y43-d 5p2d-d 5p1p-d 5ozs-d 5p36-d 5rdv-d 5rd2-d 5p07-d 5r20-d 1gvt-d 5r24-d 3t7q-d 5p8d-d 3pb5-d 5qb9-d 5oyw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.145, 73.048, 52.674
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.12, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 6種, 258分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-6LE / (1S)-2-amino-1-(4-chlorophenyl)ethan-1-ol / (S)-1-(4-クロロフェニル)-2-アミノエタノ-ル分子量: 171.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀ClNO
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.13 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→42.7 Å / Num. obs: 37526 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.4 % / R_sym value: 0.039 / Net I/σ(I): 19.4
反射シェル	解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 4.6 / % possible all: 90.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1492	精密化
Coot		モデル構築
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PCW

3pcw

解像度: 1.651→41.13 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1671	1877	5 %
R_work	0.14	-	-
obs	0.1414	37525	96.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.651→41.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2364	0	42	252	2658

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2479
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.214	3393
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.679	805
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	403
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	439

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6506-1.6953	0.2316	134	0.1853	2537	X-RAY DIFFRACTION	89
1.6953-1.7451	0.2099	137	0.1685	2601	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7451-1.8015	0.2005	142	0.1534	2707	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8015-1.8659	0.1697	144	0.1417	2740	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8659-1.9406	0.1844	144	0.1423	2724	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9406-2.0289	0.1604	144	0.1292	2748	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0289-2.1358	0.169	146	0.1276	2765	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1358-2.2697	0.1845	145	0.1242	2761	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2697-2.4449	0.1474	147	0.1234	2783	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4449-2.6909	0.1482	147	0.1296	2794	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6909-3.0801	0.1615	148	0.1375	2814	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0801-3.8802	0.1542	148	0.1418	2812	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8802-41.1425	0.1712	151	0.1511	2862	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9517	0.1494	0.1285	1.3552	-0.0728	1.9356	-0.0182	-0.1309	0.0181	0.1559	-0.0096	0.1258	0.0611	-0.1527	0.0243	0.1745	-0.0076	0.0011	0.1657	-0.0061	0.1689	0.5105	-9.2435	14.8614
2	1.1475	-0.5227	-0.8085	5.849	0.2514	1.3228	0.0305	-0.0881	0.0429	-0.0336	0.0669	0.1746	0.0232	-0.1866	-0.105	0.1985	-0.0006	-0.006	0.2324	-0.0226	0.1399	3.4325	-2.5889	25.3972
3	1.3107	0.1614	0.2561	1.4934	0.4637	1.7817	-0.0753	-0.1767	0.0741	0.129	0.007	0.0174	-0.0571	-0.0468	0.0635	0.1983	0.0078	-0.0231	0.1616	-0.0037	0.1417	5.9743	-3.1925	19.1822
4	1.2468	-0.0782	0.0777	2.037	-0.416	1.7533	-0.0139	0.0639	0.0097	-0.1096	-0.0411	-0.186	0.0387	0.1301	0.0588	0.1364	-0.0044	-0.006	0.1418	0.0129	0.1895	14.606	-4.8291	-0.2053
5	0.7513	-0.6323	0.8774	1.1461	-2.437	6.6383	0.0497	0.0111	0.0158	0.1666	0.0295	-0.0738	-0.3651	-0.0469	-0.0744	0.1892	-0.0127	-0.0053	0.1491	0.0032	0.2446	10.0651	10.9014	-0.601
6	1.7605	-0.0698	1.2251	2.2466	-1.2467	2.7575	-0.0764	0.0469	0.0845	-0.0945	-0.0057	-0.1258	-0.059	-0.0092	0.0832	0.1417	0.0118	0.0203	0.1025	-0.0128	0.1297	0.7581	11.0074	-7.9002
7	7.0649	2.9055	2.8334	6.0937	-2.3147	4.9049	-0.0608	-0.1211	0.3411	0.2801	0.0589	0.2615	-0.1302	-0.1262	-0.0319	0.1157	-0.0214	0.0254	0.1777	-0.0046	0.1433	-13.5964	8.2698	-8.0969
8	3.3475	-0.6547	0.6102	0.7837	-0.2922	0.9202	-0.0216	0.0388	-0.1261	0.0158	-0.0056	-0.1028	-0.0346	-0.0175	0.0306	0.1489	-0.0033	0.0042	0.1115	0.0065	0.1396	2.8092	3.7592	-4.4971

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:62)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 63:81)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 82:151)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 152:190)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 191:204)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 205:242)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 243:258)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 259:330)

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