PDB-4yck: Endothiapepsin in complex with fragment 211

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yck

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment 211

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.07 Å

データ登録者

Stieler, M. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
著者: Stieler, M. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2015年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2019年1月30日	Group: Advisory / Atomic model / Data collection カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yck.cif.gz	198.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yck.ent.gz	160.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yck.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/4yck ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/4yck	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y35C 4y36C 4y37C 4y39C 4y3eC 4y3fC 4y3gC 4y3mC 4y3nC 4y3pC 4y3qC 4y3rC 4y3sC 4y3wC 4y3xC 4y3zC 4y41C 4y43C 4y44C 4y45C 4y47C 4y4aC 4y4bC 4y4eC 4y4tC 4y4uC 4y4wC 4y4xC 4y4zC 4y50C 4y51C 4y53C 4y54C 4y56C 4y57C 4y5lC 4y5mC 4y5nC 4y5pC 4yctC 4ycyC 4yd3C 4yd4C 4yd5C 4yd6C 4yd7C 5dpzC 5dq1C 5dq2C 5dq4C 5dq5C 5dr0C 5dr1C 5dr3C 5dr4C 5dr7C 5dr8C 5hcoC 5is4C 5isjC 5iskC 5j25C 3pcwS 3pgi 4y38 4y3a 4y3d 4y3j 4y3l 4y3t 4y3y 4y48 4y4d 4y4g 4y4j 4y58 4y5a 4y5b 4y5c 4y5e 4y5g 4y5k C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5p2f-d 4y39-d 5p2k-d 5ozy-d 1e82-d 5p4w-d 5p53-d 4y5l-d 5p7h-d 5qbi-d 5r2x-d 5p10-d 5p1q-d 5p6e-d 5oyz-d 5p3q-d 3pm4-d 3pbz-d 5p4t-d 4yd5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.311, 72.976, 52.806
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.67, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 5種, 309分子

#2: 化合物	ChemComp-78B / ethyl 4-(aminomethyl)benzoate / 4-(アミノメチル)安息香酸エチル分子量: 179.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃NO₂
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.25 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000. crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.07→42.67 Å / Num. obs: 137772 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / R_sym value: 0.048 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.07→1.13 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.545 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1779	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PCW

3pcw

解像度: 1.07→36.488 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 11.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1358	6888	5 %	Random selection
R_work	0.1185	-	-	-
obs	0.1193	137767	96.83 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.07→36.488 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2373	0	44	302	2719

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2608
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.221	3585
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.414	873
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	416
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	480

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.0696-1.0817	0.2433	216	0.2273	4112	X-RAY DIFFRACTION	92
1.0817-1.0945	0.2212	224	0.2098	4241	X-RAY DIFFRACTION	94
1.0945-1.1078	0.2068	224	0.1905	4266	X-RAY DIFFRACTION	94
1.1078-1.1218	0.167	223	0.171	4226	X-RAY DIFFRACTION	95
1.1218-1.1366	0.1846	225	0.1646	4282	X-RAY DIFFRACTION	95
1.1366-1.1522	0.1556	224	0.151	4249	X-RAY DIFFRACTION	95
1.1522-1.1686	0.1659	226	0.1394	4301	X-RAY DIFFRACTION	95
1.1686-1.1861	0.164	226	0.1358	4296	X-RAY DIFFRACTION	95
1.1861-1.2046	0.1396	225	0.126	4270	X-RAY DIFFRACTION	96
1.2046-1.2244	0.1344	227	0.1234	4318	X-RAY DIFFRACTION	96
1.2244-1.2455	0.1615	226	0.1251	4292	X-RAY DIFFRACTION	96
1.2455-1.2681	0.133	227	0.1218	4323	X-RAY DIFFRACTION	96
1.2681-1.2925	0.1597	229	0.125	4340	X-RAY DIFFRACTION	96
1.2925-1.3189	0.1501	229	0.1165	4344	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3189-1.3476	0.1385	227	0.1074	4328	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3476-1.3789	0.1435	231	0.0987	4378	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3789-1.4134	0.1249	228	0.0939	4337	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4134-1.4516	0.1175	231	0.0922	4386	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4516-1.4944	0.1106	231	0.0897	4387	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4944-1.5426	0.1135	231	0.0888	4393	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5426-1.5977	0.1144	232	0.0871	4415	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5977-1.6617	0.1077	234	0.0872	4437	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6617-1.7373	0.1077	234	0.0884	4458	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7373-1.8289	0.1155	234	0.0933	4437	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8289-1.9435	0.1199	235	0.0942	4470	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9435-2.0935	0.1015	236	0.0939	4477	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0935-2.3042	0.1222	236	0.0989	4492	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3042-2.6375	0.1131	237	0.1151	4504	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6375-3.3227	0.1351	239	0.1234	4538	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3227-36.5092	0.1657	241	0.1518	4582	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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