PDB-4y3l: Endothiapepsin in complex with fragment 205

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y3l

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment 205

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.16 Å

データ登録者

Ehrmann, F.R. / Huschmann, F.U. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic Fragment Sreening of an Entire Library
著者: Ehrmann, F.R. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2015年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y3l.cif.gz	198.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y3l.ent.gz	161.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y3l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4y3l_validation.pdf.gz	458.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y3l_full_validation.pdf.gz	458.7 KB	表示
XML形式データ	4y3l_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	4y3l_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y3l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y3l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y3aC 4y3hC 4y3tC 4y58C 4y5aC 4y5bC 4y5cC 4y5eC 4y5gC 4y5kC 3pcwS 3pgi 4y35 4y36 4y37 4y38 4y39 4y3d 4y3f 4y3g 4y3j 4y3m 4y3n 4y3p 4y3q 4y3r 4y3s 4y3w 4y3x 4y3y 4y3z 4y41 4y43 4y44 4y45 4y47 4y48 4y4a 4y4b 4y4d 4y4e 4y4g 4y4j 4y4t 4y4u 4y4w 4y4x 4y4z 4y50 4y51 4y53 4y54 4y56 4y57 4y5l 4y5m 4y5n 4y5p 4yck 4yct 4ycy 4yd3 4yd4 4yd5 4yd6 4yd7 5j25 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5p3j-d 5p2o-d 3pi0-d 5r3l-d 5p8m-d 5r23-d 5rdq-d 5p81-d 5p88-d 5p8i-d 5p2c-d 5p12-d 5p78-d 5p6g-d 5p5c-d 5p36-d 5p7l-d 5p49-d 5p4h-d 5p01-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.200, 72.860, 52.576
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.47, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 5種, 311分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-TP5 / THIOPHENE-3-CARBOXIMIDAMIDE / チオフェン-3-カルボアミジン分子量: 126.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆N₂S
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.78 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000, crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.8944 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8944 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.16→42.615 Å / Num. obs: 108943 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 17.43
反射シェル	解像度: 1.16→1.23 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 3.23 / % possible all: 87.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1779	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PCW

3pcw

解像度: 1.16→29.355 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 11.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.132	5447	5 %	random selection
R_work	0.1163	-	-	-
obs	0.1171	108935	98.08 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.16→29.355 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2374	0	76	298	2748

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2605
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.229	3573
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.868	885
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	418
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	471

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1591-1.1722	0.222	141	0.2171	2665	X-RAY DIFFRACTION	77
1.1722-1.186	0.2092	155	0.1911	2950	X-RAY DIFFRACTION	84
1.186-1.2005	0.1911	165	0.1797	3142	X-RAY DIFFRACTION	90
1.2005-1.2157	0.1924	175	0.1711	3316	X-RAY DIFFRACTION	95
1.2157-1.2317	0.182	184	0.157	3495	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2317-1.2486	0.1689	184	0.1409	3491	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2486-1.2664	0.1564	183	0.1349	3476	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2664-1.2853	0.158	185	0.1267	3526	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2853-1.3054	0.1577	184	0.1266	3488	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3054-1.3268	0.1412	185	0.1164	3528	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3268-1.3497	0.1232	185	0.1142	3515	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3497-1.3742	0.1392	184	0.1105	3486	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3742-1.4006	0.1139	185	0.1047	3507	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4006-1.4292	0.1291	184	0.1063	3511	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4292-1.4603	0.1389	186	0.1027	3526	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4603-1.4943	0.1256	184	0.0978	3499	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4943-1.5316	0.1134	183	0.0925	3482	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5316-1.573	0.107	185	0.088	3518	X-RAY DIFFRACTION	100
1.573-1.6193	0.1079	187	0.0853	3537	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6193-1.6716	0.1031	184	0.0844	3505	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6716-1.7313	0.1094	186	0.0882	3530	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7313-1.8006	0.1091	184	0.0912	3492	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8006-1.8826	0.118	186	0.0935	3542	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8826-1.9818	0.1107	183	0.0947	3470	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9818-2.1059	0.1068	187	0.0924	3565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1059-2.2685	0.1214	185	0.0952	3517	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2685-2.4967	0.1178	187	0.1104	3538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4967-2.8577	0.1138	185	0.1168	3527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8577-3.5993	0.1478	187	0.1283	3545	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5993-29.3645	0.1531	189	0.1551	3599	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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