PDB-4y3j: Endothiapepsin in complex with fragment B30

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y3j

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment B30

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / aspartic protease inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.31 Å

データ登録者

Huschmann, F.U. / Linnik, J. / Weiss, M.S. / Mueller, U.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Structures of endothiapepsin-fragment complexes from crystallographic fragment screening using a novel, diverse and affordable 96-compound fragment library.
著者: Huschmann, F.U. / Linnik, J. / Sparta, K. / Uhlein, M. / Wang, X. / Metz, A. / Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G. / Weiss, M.S. / Mueller, U.

履歴

登録	2015年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月4日	Group: Database references
改定 1.2	2016年5月11日	Group: Database references
改定 1.3	2025年4月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y3j.cif.gz	198.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y3j.ent.gz	160.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y3j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y3j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y3j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y38C 4y3yC 4y48C 4y4dC 4y4gC 4y4jC 4ze6C 4zeaC 3pgi 4y35 4y36 4y37 4y39 4y3a 4y3d 4y3f 4y3h 4y3l 4y3m 4y3n 4y3p 4y3q 4y3r 4y3s 4y3t 4y3w 4y3x 4y3z 4y41 4y43 4y44 4y45 4y47 4y4a 4y4b 4y4e 4y4t 4y4u 4y4w 4y4x 4y4z 4y50 4y51 4y53 4y54 4y56 4y57 4y58 4y5a 4y5b 4y5c 4y5e 4y5g 4y5k 4y5l 4y5m 4y5n 4y5p 4yck 4yct 4ycy 4yd3 4yd4 4yd5 4yd6 4yd7 5j25 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5p40-d 5rdu-d 5p41-d 4ze6-d 5p8a-d 5p8u-d 5p0p-d 5p7b-d 5p1n-d 5p7g-d 5p7j-d 5p52-d 5rdl-d 5rcz-d 5lwt-d 5r3y-d 5p44-d 5p0f-d 4ycy-d 5p0o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

35.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.216, 73.272, 52.787
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 90-419 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 5種, 229分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-HIC / 4-METHYL-HISTIDINE / 1-メチルヒスチジンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 169.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₁N₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.58 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000, crystals obtained by streak seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.31→42.73 Å / Num. obs: 77955 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.72 % / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 9.99
反射シェル	解像度: 1.31→1.39 Å / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Coot	coot 0.6.2	モデル構築
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.31→39.443 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1583	3898	5 %	Random selection
R_work	0.1275	-	-	-
obs	0.129	77953	99.47 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.31→39.443 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2371	0	78	214	2663

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2595
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.181	3559
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.296	856
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	417
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	464

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.308-1.324	0.2549	128	0.2213	2449	X-RAY DIFFRACTION	92
1.324-1.3407	0.2594	139	0.2156	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3407-1.3584	0.2378	139	0.2038	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3584-1.377	0.2426	138	0.1932	2624	X-RAY DIFFRACTION	99
1.377-1.3967	0.1931	139	0.1815	2629	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3967-1.4175	0.2115	139	0.1746	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4175-1.4397	0.2087	138	0.1615	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4397-1.4633	0.1947	142	0.1575	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4633-1.4885	0.228	136	0.1446	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4885-1.5156	0.1939	141	0.1372	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5156-1.5447	0.1806	139	0.1281	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5447-1.5763	0.1682	139	0.1221	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5763-1.6105	0.1601	139	0.1135	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6105-1.648	0.1294	140	0.1067	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.648-1.6892	0.1313	138	0.1054	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6892-1.7349	0.1426	140	0.1014	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7349-1.7859	0.1626	139	0.1013	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7859-1.8436	0.1208	139	0.0929	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8436-1.9095	0.1064	141	0.0881	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9095-1.9859	0.1283	139	0.0878	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9859-2.0763	0.1102	139	0.086	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0763-2.1858	0.1067	140	0.0887	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1858-2.3227	0.1442	141	0.0972	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3227-2.502	0.1205	140	0.1042	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.502-2.7537	0.1144	140	0.1082	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7537-3.152	0.1431	141	0.1153	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.152-3.9707	0.1626	141	0.1343	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9707-39.4611	0.219	144	0.1919	2726	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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