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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1.0E+35 | ||||||
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タイトル | PORCINE PANCREATIC ELASTASE COMPLEXED WITH (3S, 4S)N-PARA-TOLUENESULPHONYL -3-ETHYL-4-(CARBOXYLIC ACID)PYRROLIDIN-2-ONE SOAKED IN PH 9 BUFFER FOR TWO MINUTES | ||||||
要素 | ELASTASEエラスターゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE(SERINE PROTEASE) / SERINE PROTEASE (セリンプロテアーゼ) / HYDROLASE (加水分解酵素) / SERINE PROTEINASE (セリンプロテアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SUS SCROFA (ブタ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Wright, P.A. / Wilmouth, R.C. / Clifton, I.J. / Schofield, C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2000 タイトル: 'Ph-Jump' Crystallographic Analyses of Gamma-Lactam-Porcine Pancreatic Elastase Complexes 著者: Wright, P.A. / Wilmouth, R.C. / Clifton, I.J. / Schofield, C.J. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Mechanistic Insights Into the Inhibition of Serine Proteases by Monocyclic Lactams 著者: Wilmouth, R.C. / Kassamally, S. / Westwood, N.J. / Sheppard, R.J. / Claridge, T.D.W. / Aplin, R.T. / Wright, P.A. / Pritchard, G.J. / Schofield, C.J. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Inhibition of Elastase by N-Sulfonylaryl Beta-Lactams: Anatomy of a Stable Acyl-Enzyme Complex 著者: Wilmouth, R.C. / Westwood, N.J. / Anderson, K. / Brownlee, W. / Claridge, T.D.W. / Clifton, I.J. / Pritchard, G.J. / Aplin, R.T. / Schofield, C.J. #3: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Structure of a Specific Acyl-Enzyme Complex Formed between Beta-Casomorphin-7 and Porcine Pancreatic Elastase 著者: Wilmouth, R.C. / Clifton, I.J. / Robinson, C.V. / Roach, P.L. / Aplin, R.T. / Westwood, N.J. / Hajdu, J. / Schofield, C.J. #4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1988 タイトル: Structure of Native Porcine Pancreatic Elastase at 1.65 A Resolution 著者: Meyer, E. / Cole, G. / Radhakrishnan, R. / Epp, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e35.cif.gz | 65.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e35.ent.gz | 46.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e35.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/1e35 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/1e35 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25928.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-TPX / ( |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE SEQUENCE USED FOR THIS STRUCTURE IS THE SAME AS THAT OF NATIVE PORCINE PANCREATIC |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 9 詳細: 25MM SODIUM SULPHATE, 25MM SODIUM ACETATE, PH 5.0; THEN SOAKED IN 25 MM SODIUM SULPHATE, 50MM SODIUM ACETATE, 20 MG/ML GAMMA-LACTAM, 10% (V/V) DMSO, PH 5.0 FOR 24 HOURS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月15日 / 詳細: YALE-TYPE MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NICKEL FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→18.3 Å / Num. obs: 110101 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 75.6 |
反射 | *PLUS Num. obs: 17858 / Num. measured all: 110101 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 75.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3EST 解像度: 1.9→18.3 Å / SU B: 3.48 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.152 詳細: SHELX ALSO USED, THE SIDE CHAIN OF RESIDUE ARG61 IS DISORDERED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→18.3 Å
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拘束条件 |
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