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- PDB-7mtu: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophos... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mtu

タイトル

Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Bacillus anthracis in the complex with IMP and the inhibitor P221

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / IMPDH / TIM barrel / delta CBS / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase / IMP dehydrogenase activity / GMP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.34 Å

データ登録者

Kim, Y. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Bacillus anthracis in the complex with IMP and the inhibitor P221
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2021年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2021年6月9日	ID: 5UUW
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mtu.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mtu.ent.gz	868.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mtu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7mtu_validation.pdf.gz	5.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mtu_full_validation.pdf.gz	5.6 MB	表示
XML形式データ	7mtu_validation.xml.gz	103.3 KB	表示
CIF形式データ	7mtu_validation.cif.gz	137.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/7mtu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/7mtu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4mjmS 3tsb 3tsd 3usb 4my9 4mya 4qm1 5urs 5uuv 5uuz 7mtx S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4myx-1 4my1-2 7mtx-1 5urs-1 6mgu-2 7mtu-2 5urs-2 5uzs-d 7mtx-2 4fo4-2 6mgu-1 4zqr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP01178

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

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集合体

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

E: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

F: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

G: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

H: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

333 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
167 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

E: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

F: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

G: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

H: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
167 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.270, 89.334, 104.334
Angle α, β, γ (deg.)	98.891, 90.402, 96.011
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH 分子量: 40709.574 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) 遺伝子: guaB, BA_0008, A9486_01210, ABW01_29210, BVG01_30935, COL95_27530 プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): gold / 参照: UniProt: A0A6H3A7R4, IMP dehydrogenase

#1: タンパク質

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH

分子量: 40709.574 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus anthracis (炭疽菌)
遺伝子: guaB, BA_0008, A9486_01210, ABW01_29210, BVG01_30935, COL95_27530
プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): gold / 参照: UniProt: A0A6H3A7R4, IMP dehydrogenase

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非ポリマー , 6種, 569分子

#2: 化合物	ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP 分子量: 348.206 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₄O₈P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ZO7 / N-{2-chloro-5-[({2-[3-(prop-1-en-2-yl)phenyl]propan-2-yl}carbamoyl)amino]phenyl}-beta-D-arabinopyranosylamine 分子量: 475.965 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₀ClN₃O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.46 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 10 % (W/V) PEG-3000, SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE PH 6.2

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.34→50 Å / Num. obs: 118528 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 32.72 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.95
反射シェル	解像度: 2.34→2.39 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.757 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 5009 / % possible all: 80.9

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDBID 4MJM

4mjm

解像度: 2.34→41.68 Å / SU ML: 0.3243 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.9298
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2745	4635	4.92 %
R_work	0.2312	89643	-
obs	0.2333	94278	75.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.34→41.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20488	0	497	537	21522

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0016	21332
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5037	28892
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0414	3374
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0032	3687
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4838	7803

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.34-2.37	0.2757	42	0.2904	658	X-RAY DIFFRACTION	16.95
2.37-2.4	0.4255	35	0.2935	921	X-RAY DIFFRACTION	23.4
2.4-2.43	0.3956	59	0.2836	1123	X-RAY DIFFRACTION	28.2
2.43-2.46	0.3407	62	0.2809	1233	X-RAY DIFFRACTION	31.2
2.46-2.49	0.2975	75	0.2926	1408	X-RAY DIFFRACTION	35.82
2.49-2.52	0.3343	73	0.2983	1550	X-RAY DIFFRACTION	39.11
2.52-2.56	0.3104	91	0.2882	1802	X-RAY DIFFRACTION	45.92
2.56-2.6	0.3418	114	0.2816	1985	X-RAY DIFFRACTION	50.71
2.6-2.64	0.306	120	0.2864	2293	X-RAY DIFFRACTION	58.48
2.64-2.68	0.312	142	0.2881	2597	X-RAY DIFFRACTION	65.56
2.68-2.73	0.3557	131	0.2915	2933	X-RAY DIFFRACTION	74.68
2.73-2.78	0.3433	157	0.2846	3271	X-RAY DIFFRACTION	82.32
2.78-2.83	0.3054	181	0.2845	3532	X-RAY DIFFRACTION	90.34
2.83-2.89	0.3293	186	0.2733	3783	X-RAY DIFFRACTION	94.61
2.89-2.95	0.3204	211	0.2723	3735	X-RAY DIFFRACTION	96.31
2.95-3.02	0.3118	223	0.2668	3796	X-RAY DIFFRACTION	96.98
3.02-3.09	0.3418	193	0.2671	3864	X-RAY DIFFRACTION	97.24
3.1-3.18	0.3022	206	0.2661	3824	X-RAY DIFFRACTION	97.39
3.18-3.27	0.3112	165	0.2561	3859	X-RAY DIFFRACTION	97.76
3.27-3.38	0.3184	199	0.2528	3830	X-RAY DIFFRACTION	97.58
3.38-3.5	0.2889	193	0.2379	3862	X-RAY DIFFRACTION	97.31
3.5-3.64	0.2681	216	0.2304	3791	X-RAY DIFFRACTION	96.95
3.64-3.8	0.2799	198	0.2138	3836	X-RAY DIFFRACTION	97.39
3.8-4	0.2379	192	0.2001	3832	X-RAY DIFFRACTION	96.61
4-4.25	0.2181	195	0.1864	3766	X-RAY DIFFRACTION	96.33
4.25-4.58	0.2095	204	0.1838	3784	X-RAY DIFFRACTION	95.8
4.58-5.04	0.2209	189	0.1817	3746	X-RAY DIFFRACTION	95.58
5.04-5.77	0.2655	204	0.2051	3771	X-RAY DIFFRACTION	95.6
5.77-7.26	0.2526	190	0.2182	3730	X-RAY DIFFRACTION	95.15
7.27-41.68	0.2368	189	0.2099	3528	X-RAY DIFFRACTION	89.48

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.08799634535	-0.615100407699	0.102631089215	1.3431557592	-0.0821350656774	0.844389709123	-0.131504912623	0.181940300639	-0.0689164391966	-0.213471360541	-0.0229286319103	-0.048850951874	-0.212489063234	-0.0348954019697	-0.00887560558906	0.166391559591	-0.037660502076	0.0157367616373	0.224229657381	0.0272447537077	0.150340330732	-6.18691407313	-2.89355535888	-15.5365685836
2	0.609204483559	-0.391992238856	-0.0550929916887	0.886475664414	0.100383713417	0.735116278343	-0.14517370491	0.0273147797529	-0.121328942904	-0.0692018906681	-0.00416486505109	0.481080648651	0.101888191353	-0.45501304464	0.0114004081224	0.173559712319	-0.0926045547683	-0.122624572677	0.459031431264	-0.0351925027868	0.307433997578	-35.3725954909	-14.8408771212	-10.7685583975
3	1.09598589603	0.198723469653	0.102593863849	0.618672364999	-0.179835784073	0.0791793376244	0.100416515663	0.187256535654	-0.379238731669	-0.248761071135	-0.139744451877	0.0196478410035	0.338591097485	-0.248207221769	0.107669262345	0.247062519224	-0.0899125172083	-0.0361282275634	0.307429227382	-0.0430520966032	0.265386766759	-23.7492803994	-21.6044096933	-20.5182699045
4	0.50099854845	-0.186866653869	0.00789020769998	0.419096663187	-0.210668862713	0.190925988709	-0.109379683324	-0.055010564514	-0.0514304155636	-0.0594826359214	-0.0867651949927	0.0587754554883	0.0369336719957	-0.199053266486	0.0783213564308	0.18526232395	-0.0324376646798	-0.0562955785392	0.208330531	-0.00212182007054	0.129777557742	-17.9516239249	-8.85776233827	-12.5748511142
5	2.01567438367	-0.958018780012	-0.648037703923	1.81755113238	0.135488238852	0.962683852841	-0.253822462715	-0.23571254944	-0.112846077944	0.371601414335	-0.119353242465	-0.0603824542888	0.234851420993	-0.306990220703	0.221123401094	0.245445093414	-0.00323452764538	-0.0152872569166	0.377465366891	-0.0246411004685	0.247240827427	-25.5149520971	-14.9193242546	7.37368091661
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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57	57	chain 'H' and (resid 446 through 486 )	H	H	446 - 486	309 - 349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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