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Yorodumi- PDB-5uuz: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophos... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5uuz | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Bacillus anthracis in the complex with IMP and the inhibitor P200 | ||||||
Components | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / IMPDH / TIM barrel / delta CBS / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationIMP dehydrogenase / IMP dehydrogenase activity / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.496 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Maltseva, N. / Mulligan, R. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Acs Infect Dis. / Year: 2021Title: The Enzymatic Activity of Inosine 5'-Monophosphate Dehydrogenase May Not Be a Vulnerable Target for Staphylococcus aureus Infections. Authors: Modi, G. / Marqus, G.M. / Vippila, M.R. / Gollapalli, D.R. / Kim, Y. / Manna, A.C. / Chacko, S. / Maltseva, N. / Wang, X. / Cullinane, R.T. / Zhang, Y. / Kotler, J.L.M. / Kuzmic, P. / Zhang, ...Authors: Modi, G. / Marqus, G.M. / Vippila, M.R. / Gollapalli, D.R. / Kim, Y. / Manna, A.C. / Chacko, S. / Maltseva, N. / Wang, X. / Cullinane, R.T. / Zhang, Y. / Kotler, J.L.M. / Kuzmic, P. / Zhang, M. / Lawson, A.P. / Joachimiak, A. / Cheung, A. / Snider, B.B. / Rothstein, D.M. / Cuny, G.D. / Hedstrom, L. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5uuz.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5uuz.ent.gz | 869.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5uuz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/5uuz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/5uuz | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5ursC ![]() 5uuvC ![]() 7mtuC ![]() 7mtxC ![]() 4mjmS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 40709.574 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: internal deletion, residues 92-220 are replaced with GLY-GLY Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q81W29, UniProt: A0A6L8P2U9*PLUS, IMP dehydrogenase #2: Chemical | ChemComp-IMP / #3: Chemical | ChemComp-8L4 / #4: Chemical | ChemComp-K / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.58 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 0.1 M Magnesium formate, 15 % (w/v) PEG3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 1.008 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 31, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.008 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 100703 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 2.1 % / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 10.2 |
| Reflection shell | Resolution: 2.5→2.54 Å / Redundancy: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4916 / CC1/2: 0.773 / Rsym value: 0.836 / % possible all: 97.7 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4MJM Resolution: 2.496→40.754 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / Phase error: 28.59 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.496→40.754 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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