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Yorodumi- PDB-5urs: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophos... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5urs | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Bacillus anthracis in the complex with IMP and the inhibitor P178 | ||||||
Components | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / IMPDH / TIM barrel / delta CBS / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationIMP dehydrogenase / IMP dehydrogenase activity / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.388 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Acs Infect Dis. / Year: 2021Title: The Enzymatic Activity of Inosine 5'-Monophosphate Dehydrogenase May Not Be a Vulnerable Target for Staphylococcus aureus Infections. Authors: Modi, G. / Marqus, G.M. / Vippila, M.R. / Gollapalli, D.R. / Kim, Y. / Manna, A.C. / Chacko, S. / Maltseva, N. / Wang, X. / Cullinane, R.T. / Zhang, Y. / Kotler, J.L.M. / Kuzmic, P. / Zhang, ...Authors: Modi, G. / Marqus, G.M. / Vippila, M.R. / Gollapalli, D.R. / Kim, Y. / Manna, A.C. / Chacko, S. / Maltseva, N. / Wang, X. / Cullinane, R.T. / Zhang, Y. / Kotler, J.L.M. / Kuzmic, P. / Zhang, M. / Lawson, A.P. / Joachimiak, A. / Cheung, A. / Snider, B.B. / Rothstein, D.M. / Cuny, G.D. / Hedstrom, L. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5urs.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5urs.ent.gz | 867.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5urs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/5urs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/5urs | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5uuvC ![]() 5uuzC ![]() 7mtuC ![]() 7mtxC ![]() 4mjmS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
| ||||||||
| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
| #1: Protein | Mass: 40709.574 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q81W29, UniProt: A0A6L8P2U9*PLUS, IMP dehydrogenase |
|---|
-Non-polymers , 8 types, 357 molecules 














| #2: Chemical | ChemComp-IMP / #3: Chemical | ChemComp-8LA / #4: Chemical | ChemComp-K / #5: Chemical | ChemComp-EDO / | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-GOL / | #8: Chemical | ChemComp-PEG / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | N |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.75 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.2 Details: 10 % (w/v) PEG8000, 0.1 M sodium/potassium phosphate pH 6.2, 0.2 M sodium chloride |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97919 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 14, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97919 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.39→50 Å / Num. obs: 117410 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 2 % / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 10.5 |
| Reflection shell | Resolution: 2.39→2.43 Å / Redundancy: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4523 / CC1/2: 0.62 / Rsym value: 0.55 / % possible all: 74.8 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4MJM Resolution: 2.388→42.858 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 31.94 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.388→42.858 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation























PDBj


