PDB-4mya: Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mya

タイトル

Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase with an Internal Deletion of the CBS Domain from Bacillus anthracis str. Ames complexed with inhibitor A110

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM barrel / alpha-beta structure / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8997 Å

データ登録者

Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gorla, S.K. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase with an Internal Deletion of the CBS Domain from Bacillus anthracis str. Ames complexed with inhibitor A110
著者: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月17日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mya.cif.gz	288.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mya.ent.gz	231.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mya.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mya_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mya_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	4mya_validation.xml.gz	32.8 KB	表示
CIF形式データ	4mya_validation.cif.gz	47.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4mya ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4mya	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tsdS 3stb 3std 3sub 4mjm 4my1 4my8 4my9 4qm1 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5urs-2 4myx-2 5urr-2 5uuz-1 4my1-2 5uuv-d 5uuw-2 4qm1-d 5uuz-2 6mgu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP01178

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

83.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
166 kDa, 4 ポリマー
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2

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
166 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	110.852, 110.852, 56.258
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	75
Space group name H-M	P4

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH 分子量: 40709.574 Da / 分子数: 2 / 断片: IMPDH-delt-L-CBS / 変異: replaced residues 92-220 with GG / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: guaB, BA_0008, BAS0011, GBAA_0008 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic 参照: UniProt: Q81W29, UniProt: A0A6L8P2U9*PLUS, IMP dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP 分子量: 348.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₄O₈P
#3: 化合物	ChemComp-2EY / 4-{(1R)-1-[1-(4-chlorophenyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl]ethoxy}quinolin-2(1H)-one 分子量: 366.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₅ClN₄O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.05 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 0.1 M Ches pH 9.5, 10% w/v PEG3000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月16日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8997→50 Å / Num. all: 53268 / Num. obs: 53268 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 16.82 Å² / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 1.8997→1.93 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 2224 / R_sym value: 0.463 / % possible all: 81.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1161)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDBID ENTRY 3TSD

3tsd

解像度: 1.8997→49.575 Å / SU ML: 0.15 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.184	2697	5.07 %	random
R_work	0.147	-	-	-
all	0.149	53247	-	-
obs	0.149	53247	98.25 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8997→49.575 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5119	0	116	491	5726

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5463
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.216	7411
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.081	2010
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	851
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	955

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.8997-1.9343	0.2253	132	0.2084	2202	2334	82
1.9343-1.9715	0.234	117	0.2019	2443	2560	90
1.9715-2.0117	0.2154	141	0.1972	2595	2736	96
2.0117-2.0555	0.2449	143	0.1809	2661	2804	100
2.0555-2.1033	0.2255	122	0.1621	2723	2845	100
2.1033-2.1559	0.1963	131	0.1537	2671	2802	100
2.1559-2.2142	0.191	146	0.1452	2702	2848	100
2.2142-2.2793	0.1905	128	0.1419	2678	2806	100
2.2793-2.3529	0.19	171	0.1436	2708	2879	100
2.3529-2.437	0.1924	176	0.14	2655	2831	100
2.437-2.5345	0.1879	135	0.1447	2715	2850	100
2.5345-2.6499	0.1912	155	0.1414	2665	2820	100
2.6499-2.7896	0.1992	137	0.1477	2706	2843	100
2.7896-2.9643	0.2103	133	0.1402	2732	2865	100
2.9643-3.1932	0.1886	143	0.1457	2696	2839	100
3.1932-3.5144	0.1617	140	0.1409	2732	2872	100
3.5144-4.0228	0.1451	145	0.1306	2733	2878	100
4.0228-5.0675	0.1589	159	0.1244	2731	2890	100
5.0675-49.5914	0.1676	143	0.1556	2802	2945	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7645	-1.1779	0.0294	6.328	-0.9932	0.7363	-0.0337	-0.0744	0.0607	0.4052	-0.043	-0.2166	0.0047	-0.0045	0.0765	0.0645	-0.0196	-0.024	0.1138	-0.0037	0.0682	10.9466	5.8786	11.6975
2	2.0366	-0.3409	-1.0044	2.5446	0.9102	2.3282	0.0285	0.0954	0.075	-0.1023	-0.0381	-0.2315	0.0058	0.1046	0.0198	0.0678	-0.0163	0.0084	0.0782	0.0315	0.113	30.8679	18.0697	-3.1051
3	1.3051	0.475	-0.1516	1.5703	-0.2581	0.707	-0.011	-0.0568	-0.1073	-0.0001	-0.0767	-0.3631	0.0261	0.1634	0.0494	0.0665	0.0075	-0.0153	0.1072	0.0266	0.1388	32.0682	7.5834	4.2302
4	1.116	-0.2075	-0.2854	2.9957	-1.2873	2.1461	-0.1117	0.3901	-0.0987	-0.9945	0.0883	-0.0493	0.188	0.0122	0.0093	0.41	-0.0364	-0.0042	0.2171	0.0073	0.1055	25.0366	7.2413	-17.5093
5	0.4233	0.1047	-0.3475	2.4523	-0.1099	1.2291	0.037	0.1066	0.0494	-0.4634	-0.0095	-0.229	0.0142	0.062	-0.023	0.093	-0.0092	-0.0244	0.1326	0.0109	0.0966	21.1605	12.5285	-8.3486
6	0.8833	0.0547	-0.0239	1.5352	-0.0555	1.3815	0.0094	0.4928	-0.1269	-0.3272	0.0573	0.1948	-0.0224	-0.181	-0.0508	0.176	0.0035	-0.0479	0.2887	-0.0418	0.1548	7.4266	17.2524	0.5281
7	1.248	-1.8278	-0.0729	6.6437	0.4703	0.7843	-0.0267	-0.0732	-0.0958	0.227	-0.018	0.1593	0.0032	0.0277	0.0259	0.0423	-0.0311	0.0015	0.0966	0.0131	0.0705	45.1952	47.8342	-15.987
8	1.4599	0.5081	0.2825	1.4733	0.6084	1.4915	-0.0379	-0.0153	0.0855	-0.1535	-0.2235	0.4832	-0.1111	-0.3135	0.1477	0.0752	0.0139	-0.0189	0.1247	-0.0526	0.1923	19.7621	40.9393	-26.9819
9	1.0128	-0.3561	0.3567	2.5991	0.34	0.2251	-0.0008	-0.0663	-0.0116	0.003	-0.0572	-0.0326	-0.0029	-0.0493	0.0498	0.052	-0.0081	0.0053	0.0793	-0.0087	0.0518	34.6649	45.59	-21.971
10	4.4613	-0.212	-1.3537	1.8113	-0.321	3.1531	0.1069	1.0805	0.2844	-1.2169	0.2525	-0.4572	-0.5385	0.0816	-0.1919	0.6583	-0.0595	0.1526	0.2884	-0.0226	0.1737	33.4075	42.07	-47.2423
11	0.5528	0.5242	0.1772	1.3247	0.7094	1.6412	0.0132	0.165	-0.0726	-0.5926	-0.0195	0.2116	-0.1839	-0.1458	0.0451	0.2073	-0.0206	0.0223	0.1591	-0.0222	0.1004	33.8243	43.4483	-38.1098
12	0.6969	-0.1208	0.1207	1.3562	0.3946	1.3251	-0.0981	0.4995	0.1526	-0.3405	0.094	-0.2378	-0.0244	0.2209	-0.0031	0.1738	-0.0257	0.0602	0.3297	0.0915	0.2032	49.5466	37.5778	-27.0966

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 77 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 78 through 363 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 364 through 398 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 399 through 446 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 447 through 485 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid -1 through 26 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 27 through 293 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 294 through 363 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 364 through 383 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 384 through 446 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 447 through 485 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)