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- PDB-3tsd: Crystal Structure of Inosine-5'-monophosphate Dehydrogenase from ... -
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Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3tsd | ||||||
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Title | Crystal Structure of Inosine-5'-monophosphate Dehydrogenase from Bacillus anthracis str. Ames complexed with XMP | ||||||
![]() | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / TIM barrel / CBS domain / cytosol / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | ![]() IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Bacillus anthracis inosine 5'-monophosphate dehydrogenase in action: the first bacterial series of structures of phosphate ion-, substrate-, and product-bound complexes. Authors: Makowska-Grzyska, M. / Kim, Y. / Wu, R. / Wilton, R. / Gollapalli, D.R. / Wang, X.K. / Zhang, R. / Jedrzejczak, R. / Mack, J.C. / Maltseva, N. / Mulligan, R. / Binkowski, T.A. / Gornicki, P. ...Authors: Makowska-Grzyska, M. / Kim, Y. / Wu, R. / Wilton, R. / Gollapalli, D.R. / Wang, X.K. / Zhang, R. / Jedrzejczak, R. / Mack, J.C. / Maltseva, N. / Mulligan, R. / Binkowski, T.A. / Gornicki, P. / Kuhn, M.L. / Anderson, W.F. / Hedstrom, L. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 348.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 282.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 34 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 46.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3tsbC ![]() 3usbC ![]() 1zfjS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Details | tetramer is formed from either chain A or chain B by applying x,y,z; -y,x,z; y,-x,z; -x,-y,z |
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Components
#1: Protein | Mass: 55183.172 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: IMPDH / Mutation: full-length Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q81W29, UniProt: A0A6L8P2U9*PLUS, IMP dehydrogenase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-TAR / | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.8 M sodium/potassium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Tris pH8.5, 0.5 % PEGMME 5000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 26, 2011 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.65→50 Å / Num. all: 30553 / Num. obs: 30553 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 56.56 Å2 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 10.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.65→2.7 Å / Redundancy: 9.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1502 / Rsym value: 0.735 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ID 1ZFJ monomer Resolution: 2.653→38.975 Å / SU ML: 0.6 / Isotropic thermal model: mixed / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 25.81 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.99 Å2 / ksol: 0.307 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 82.7 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.653→38.975 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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