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Yorodumi- PDB-3tsb: Crystal Structure of Inosine-5'-monophosphate Dehydrogenase from ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3tsb | ||||||
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Title | Crystal Structure of Inosine-5'-monophosphate Dehydrogenase from Bacillus anthracis str. Ames | ||||||
Components | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM-barrel / CBS-domain / cytosol | ||||||
Function / homology | Function and homology information IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus anthracis (anthrax bacterium) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.595 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2012 Title: Bacillus anthracis inosine 5'-monophosphate dehydrogenase in action: the first bacterial series of structures of phosphate ion-, substrate-, and product-bound complexes. Authors: Makowska-Grzyska, M. / Kim, Y. / Wu, R. / Wilton, R. / Gollapalli, D.R. / Wang, X.K. / Zhang, R. / Jedrzejczak, R. / Mack, J.C. / Maltseva, N. / Mulligan, R. / Binkowski, T.A. / Gornicki, P. ...Authors: Makowska-Grzyska, M. / Kim, Y. / Wu, R. / Wilton, R. / Gollapalli, D.R. / Wang, X.K. / Zhang, R. / Jedrzejczak, R. / Mack, J.C. / Maltseva, N. / Mulligan, R. / Binkowski, T.A. / Gornicki, P. / Kuhn, M.L. / Anderson, W.F. / Hedstrom, L. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3tsb.cif.gz | 361.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3tsb.ent.gz | 295.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3tsb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3tsb_validation.pdf.gz | 452 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3tsb_full_validation.pdf.gz | 467.4 KB | Display | |
Data in XML | 3tsb_validation.xml.gz | 33.9 KB | Display | |
Data in CIF | 3tsb_validation.cif.gz | 47.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/3tsb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/3tsb | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3tsdC 3usbC 1zfjS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | tetramer is formed from either chain A or chain B by applying x,y,z; -y,x,z; y,-x,z; -x,-y,z |
-Components
#1: Protein | Mass: 55183.172 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: IMPDH / Mutation: full-length Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis (anthrax bacterium) / Strain: Ames / Gene: guaB, BAS0011, BA_0008, GBAA_0008 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 magic References: UniProt: Q81W29, UniProt: A0A6L8P2U9*PLUS, IMP dehydrogenase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 49.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.2 Details: 1.0 M NaH2PO4/K2HPO4 pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 27, 2010 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.595→50 Å / Num. all: 31165 / Num. obs: 31165 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 49.54 Å2 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 10.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.64 Å / Redundancy: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1554 / Rsym value: 0.725 / % possible all: 98.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ID 1ZFJ monomer Resolution: 2.595→36.997 Å / SU ML: 0.57 / Isotropic thermal model: mixed / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 23.75 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.356 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 61.4 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.595→36.997 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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