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Yorodumi- PDB-4my1: Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase, ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4my1 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase, with a Internal Deletion of CBS Domain from Bacillus anthracis str. Ames complexed with P68 | ||||||
Components | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM-barrel / alpha-beta structure / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationIMP dehydrogenase / IMP dehydrogenase activity / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5997 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gorla, S.K. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be PublishedTitle: Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase, with a Internal Deletion of CBS Domain from Bacillus anthracis str. Ames complexed with P68 Authors: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4my1.cif.gz | 1023.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4my1.ent.gz | 858.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4my1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4my1_validation.pdf.gz | 4.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4my1_full_validation.pdf.gz | 4.5 MB | Display | |
| Data in XML | 4my1_validation.xml.gz | 97.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 4my1_validation.cif.gz | 131.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4my1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4my1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3tsdS S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 40709.574 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: IMPDH-delta-L-CBS / Mutation: CBS domain (residues 92-220) is replaced with GG Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q81W29, UniProt: A0A6L8P2U9*PLUS, IMP dehydrogenase #2: Chemical | ChemComp-IMP / #3: Chemical | ChemComp-P68 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.25 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1 M succinic acid pH 7.0, 15% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97926 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 18, 2012 / Details: mirrors |
| Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.5997→50 Å / Num. all: 88256 / Num. obs: 88256 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 45.76 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 8.4 |
| Reflection shell | Resolution: 2.5997→2.64 Å / Redundancy: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 4394 / Rsym value: 0.426 / % possible all: 97.8 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDBID ENTRY 3TSD Resolution: 2.5997→36.254 Å / SU ML: 0.36 / Isotropic thermal model: mixed / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 28 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 60.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5997→36.254 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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