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- PDB-4qm1: Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qm1
タイトルCrystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase with an Internal Deletion of the CBS Domain from Bacillus anthracis str. Ames complexed with inhibitor D67
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードoxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM barrel / alpha-beta structure / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain ...Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-39H / INOSINIC ACID / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7964 Å
データ登録者Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Mandapati, K. / Gollapalli, D. / Gorla, S.K. / Zhang, M. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. ...Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Mandapati, K. / Gollapalli, D. / Gorla, S.K. / Zhang, M. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase with an Internal Deletion of the CBS Domain from Bacillus anthracis str. Ames complexed with inhibitor D67
著者: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Mandapati, K. / Gollapalli, D. / Gorla, S.K. / Zhang, M. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID
履歴
登録2014年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年7月23日ID: 4MXS
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Structure summary
改定 1.22017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,78112
ポリマ－162,8384
非ポリマー2,9438
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20710 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area49070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.130, 101.331, 87.267
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH


分子量: 40709.574 Da / 分子数: 4 / 断片: IMPDH-delta-L-CBS / 変異: CBS domain (residues 92-220) is replaced with GG / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: guaB, BA_0008, BAS0011, GBAA_0008 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 gold
参照: UniProt: Q81W29, UniProt: A0A6L8P2U9*PLUS, IMP dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP


分子量: 348.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#3: 化合物
ChemComp-39H / 2-(3-methyl-4-oxo-3,4-dihydrophthalazin-1-yl)-N-(6,7,8,9-tetrahydrodibenzo[b,d]furan-2-yl)acetamide / D67


分子量: 387.431 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H21N3O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.17 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02 M magnessium chloride hexahydrate 0.1 M HEPES pH 7.5, 22% w/v Polyacrylic acid, sodium salt 5100, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7964→50 Å / Num. all: 33129 / Num. obs: 33129 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 63.91 Å2 / Rsym value: 0.154 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.7964→2.85 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.749 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 3TSD

3tsd


解像度: 2.7964→40.946 Å / SU ML: 0.41 / Isotropic thermal model: mixed / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2479 1681 5.09 %
Rwork0.192 --
obs0.1949 33022 97.55 %
all-33022 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7964→40.946 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9854 0 208 17 10079
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0110206
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24213815
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1663712
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451615
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051753
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7964-2.87870.35041150.2962293X-RAY DIFFRACTION86
2.8787-2.97150.3471670.29842566X-RAY DIFFRACTION97
2.9715-3.07770.36191430.27632622X-RAY DIFFRACTION99
3.0777-3.20090.33951200.27482670X-RAY DIFFRACTION99
3.2009-3.34650.32381510.25062607X-RAY DIFFRACTION99
3.3465-3.52290.33031330.22122656X-RAY DIFFRACTION99
3.5229-3.74340.22591400.20182657X-RAY DIFFRACTION99
3.7434-4.03220.26841440.18232644X-RAY DIFFRACTION99
4.0322-4.43760.22931220.15912683X-RAY DIFFRACTION99
4.4376-5.07870.19991700.15112634X-RAY DIFFRACTION99
5.0787-6.39470.22341350.17952693X-RAY DIFFRACTION99
6.3947-40.95060.19041410.15392616X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.17050.55554.24762.05910.60955.46590.40920.2404-0.5998-0.2217-0.1135-0.30510.53820.6282-0.29470.569-0.02020.05820.47-0.05550.609925.7834-14.497521.3111
23.66250.3689-2.63564.3462.96734.0296-0.21150.3424-0.2151-0.2814-0.1260.23590.1381-0.59540.35640.5605-0.0053-0.05340.51040.05760.4056-5.4642-14.40914.6931
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47.3136-0.032-2.42012.8649-0.29042.1282-0.242-0.3209-0.27740.24640.0217-0.12310.3633-0.24950.22230.5869-0.0451-0.02660.59860.01630.4543-2.413-16.631327.3271
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66.0529-0.12363.68263.10690.32195.9693-0.2174-0.13680.1717-0.10860.1576-0.0942-0.7258-0.50750.0130.75240.0353-0.04440.55250.0350.6263-6.44918.645713.6731
73.6828-2.05770.29092.99811.26923.4664-0.08760.1099-0.1825-0.21980.14970.03710.1788-0.1347-0.05840.5915-0.10170.05360.5866-0.00310.43410.9521-12.2556-2.308
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95.50840.68160.68691.22850.51392.07770.00840.69850.0056-0.204-0.03340.2180.115-0.2570.06770.676-0.03380.04230.68250.02050.47857.3676-7.1755-34.5528
101.56050.1162-0.07241.19530.27681.6303-0.03740.1494-0.14810.1990.03030.28810.2685-0.09110.04080.5333-0.10390.01910.5176-0.0540.52368.5197-16.7236-22.127
115.0904-0.7814-1.78211.8769-0.19261.9150.2340.11030.4578-0.02680.02020.1279-0.3289-0.214-0.25130.7891-0.0040.05890.5854-0.00070.59228.38223.3387-23.3905
121.64540.1304-0.31062.6409-0.28931.7750.05450.1327-0.10470.0123-0.114-0.38950.0737-0.40760.02880.52820.01790.05610.71110.00780.48225.74611.1558-17.8267
130.3777-0.5701-0.4311.34410.15060.77870.08770.0456-0.0086-0.0964-0.0605-0.15920.0452-0.0681-0.03180.6731-0.0281-0.04940.57990.00690.550727.57980.543725.2103
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161.38870.5467-0.85890.60430.37363.06870.10180.0583-0.01310.01650.0192-0.0240.0570.072-0.11460.51280.0093-0.0060.47690.01570.532633.95243.582724.7465
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246.7919-0.73260.44983.9481-6.05499.3935-0.1973-0.34210.82280.66840.0031-1.1658-0.95550.26730.02580.4722-0.0257-0.06690.4452-0.03250.505245.964816.65824.5589
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17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 369 through 427 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 428 through 478 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid -1 through 56 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 57 through 90 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 91 through 257 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 258 through 355 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 356 through 427 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 428 through 445 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 446 through 479 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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