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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sub
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of Plasmodium falciparum ARF GTPase activating protein
要素ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein
キーワードHYDROLASE ACTIVATOR / GTPase-activating protein / protein trafficking
機能・相同性
機能・相同性情報


COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI coating of Golgi vesicle / GTPase activator activity / Golgi membrane / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Arf GTPase activating protein / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Cook, W.J. / Chattopadhyay, D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structure of the catalytic domain of Plasmodium falciparum ARF GTPase-activating protein (ARFGAP).
著者: Cook, W.J. / Senkovich, O. / Chattopadhyay, D.
履歴
登録2011年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein
B: ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5596
ポリマ－37,2362
非ポリマー3234
水2,216123
1
A: ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8754
ポリマ－18,6181
非ポリマー2583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6832
ポリマ－18,6181
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.900, 95.900, 92.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein


分子量: 18617.896 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-160 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PFL2140c / プラスミド: PCR2.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I4Y5
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 4 mM zinc chloride, 1.4 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.26966, 1.2828, 1.2834
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.269661
21.28281
31.28341
反射解像度: 2.4→25 Å / Num. obs: 19650 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rsym value: 0.23 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→24.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 12.654 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22696 947 4.8 %RANDOM
Rwork0.20857 ---
all0.2095 ---
obs0.2095 18635 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.423 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.46 Å20.73 Å20 Å2
2--1.46 Å20 Å2
3----2.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→24.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2134 0 12 123 2269
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222223
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.91.9533011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4975278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.78224.206107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.31415393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2351514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211690
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2131.51358
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.42622204
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6843865
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2354.5802
LS精密化 シェル解像度: 2.402→2.463 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 58 -
Rwork0.248 1320 -
obs-1320 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1139-0.47070.06720.69750.05642.65080.0123-0.0618-0.08930.06670.1101-0.02960.0546-0.0388-0.12240.09470.02820.00740.0266-0.00260.06222.289259.05335.3822
24.7464-2.114-0.25912.47640.51244.38320.13450.19330.3951-0.1937-0.006-0.3337-0.18370.3956-0.12850.07480.0230.03650.0889-0.01980.099328.443352.099922.0383
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 136
2X-RAY DIFFRACTION1A161 - 163
3X-RAY DIFFRACTION1A215 - 333
4X-RAY DIFFRACTION2B5 - 135
5X-RAY DIFFRACTION2B161
6X-RAY DIFFRACTION2B201 - 331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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