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Yorodumi- PDB-7mtx: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophos... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7mtx | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Bacillus anthracis in the complex with IMP and the inhibitor P176 | |||||||||
Components | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / IMPDH / TIM barrel / delta CBS / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationIMP dehydrogenase / IMP dehydrogenase activity / GMP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.44 Å | |||||||||
Authors | Kim, Y. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Bacillus anthracis in the complex with IMP and the inhibitor P176 Authors: Kim, Y. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7mtx.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7mtx.ent.gz | 871.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7mtx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/7mtx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/7mtx | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4mjmS S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 40709.574 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: guaB, BA_0008, A9486_01210, ABW01_29210, BVG01_30935, COL95_27530 Plasmid: pMCSG7 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-IMP / #3: Chemical | ChemComp-ZO4 / #4: Chemical | ChemComp-K / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.34 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.2 Details: 10 % (W/V) PEG8000, 0.1 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE PH 6.2, 0.2 M SODIUM CHLORIDE |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97926 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 29, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.44→50 Å / Num. obs: 111274 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 35.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 8.9 |
| Reflection shell | Resolution: 2.44→2.49 Å / Redundancy: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 5504 / % possible all: 97.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4MJM Resolution: 2.44→40.08 Å / SU ML: 0.2833 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 24.0567 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 42.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.44→40.08 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Controller
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X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation


























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