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Yorodumi- PDB-7mtu: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophos... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7mtu | |||||||||
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| Title | Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Bacillus anthracis in the complex with IMP and the inhibitor P221 | |||||||||
Components | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / IMPDH / TIM barrel / delta CBS / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationIMP dehydrogenase / IMP dehydrogenase activity / GMP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.34 Å | |||||||||
Authors | Kim, Y. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Bacillus anthracis in the complex with IMP and the inhibitor P221 Authors: Kim, Y. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7mtu.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7mtu.ent.gz | 868.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7mtu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/7mtu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/7mtu | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4mjmS S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
| #1: Protein | Mass: 40709.574 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: guaB, BA_0008, A9486_01210, ABW01_29210, BVG01_30935, COL95_27530 Plasmid: pMCSG7 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 569 molecules 










| #2: Chemical | ChemComp-IMP / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-ZO7 / #5: Chemical | ChemComp-K / #6: Chemical | ChemComp-EDO / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.46 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.2 Details: 10 % (W/V) PEG-3000, SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE PH 6.2 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 17, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.34→50 Å / Num. obs: 118528 / % possible obs: 95.6 % / Redundancy: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 32.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.95 |
| Reflection shell | Resolution: 2.34→2.39 Å / Redundancy: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.757 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 5009 / % possible all: 80.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDBID 4MJM Resolution: 2.34→41.68 Å / SU ML: 0.3243 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 31.9298 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 41.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.34→41.68 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Controller
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X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation






















PDBj

