PDB-5uzs: Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uzs

タイトル

Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from Clostridium perfringens Complexed with IMP and P200

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / TIM barrel / IMPDH / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / OXIDOREDUCTASE / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase / IMP dehydrogenase activity / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.367 Å

データ登録者

Maltseva, N. / Kim, Y. / Mulligan, R. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D.R. / Hedstrom, L. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from Clostridium perfringens Complexed with IMP and P200
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Mulligan, R. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D.R. / Hedstrom, L. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2017年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uzs.cif.gz	540.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uzs.ent.gz	443.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uzs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5uzs_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uzs_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	5uzs_validation.xml.gz	59.6 KB	表示
CIF形式データ	5uzs_validation.cif.gz	76.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/5uzs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/5uzs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4q32 4q33 5uwx 5uxe 5uzc 5uze 5vsv
類似構造データ	5uuw-1 5uzc-d 4myx-1 5urr-1 4fo4-2 5uze-d 4q33-2 4x3z-2 5uuw-2 5urs-1 4mya-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP04376

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.124, 144.396, 87.527
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-505- MG

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH 分子量: 38482.297 Da / 分子数: 4 変異: CBS domain (residues 89-215) is replaced by residues SGG 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium perfringens (strain ATCC 13124 / DSM 756 / JCM 1290 / NCIMB 6125 / NCTC 8237 / Type A) (ウェルシュ菌) 株: ATCC 13124 / DSM 756 / JCM 1290 / NCIMB 6125 / NCTC 8237 / Type A 遺伝子: guaB, CPF_2558 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: A0A0H2YRZ7, IMP dehydrogenase

#1: タンパク質

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH

分子量: 38482.297 Da / 分子数: 4
変異: CBS domain (residues 89-215) is replaced by residues SGG
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium perfringens (strain ATCC 13124 / DSM 756 / JCM 1290 / NCIMB 6125 / NCTC 8237 / Type A) (ウェルシュ菌)
株: ATCC 13124 / DSM 756 / JCM 1290 / NCIMB 6125 / NCTC 8237 / Type A
遺伝子: guaB, CPF_2558 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: A0A0H2YRZ7, IMP dehydrogenase

-
非ポリマー , 9種, 172分子

#2: 化合物	ChemComp-IMP / INOSINIC ACID 分子量: 348.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₄O₈P
#3: 化合物	ChemComp-8L4 / 3-(2-{[(4-chlorophenyl)carbamoyl]amino}propan-2-yl)-N-hydroxybenzene-1-carboximidamide 分子量: 346.811 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₉ClN₄O₂
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#9: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.75 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: 0.05M acetate pH 5.2, 45% PEG 200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97919 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月14日 / 詳細: mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 59812 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.03 % / B_iso Wilson estimate: 32.97 Å² / R_sym value: 0.125 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 2.95 % / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Num. unique obs: 2954 / CC_1/2: 0.861 / R_sym value: 0.699 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.367→31.087 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.78

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2377	2838	4.96 %
R_work	0.17	-	-
obs	0.1734	57229	98.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.367→31.087 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10214	0	304	147	10665

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10836
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.02	14613
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.5	4079
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1673
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1867

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3668-2.4076	0.2937	95	0.2185	2005	X-RAY DIFFRACTION	74
2.4076-2.4513	0.3061	150	0.2092	2663	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4513-2.4985	0.2902	148	0.1972	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4985-2.5494	0.2684	156	0.1896	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5494-2.6048	0.2518	134	0.1835	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6048-2.6654	0.2685	146	0.1876	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6654-2.732	0.264	142	0.1916	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.732-2.8058	0.2577	164	0.193	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8058-2.8884	0.2969	142	0.1953	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8884-2.9815	0.2991	125	0.2098	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9815-3.088	0.3069	144	0.2147	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
3.088-3.2115	0.2979	127	0.2102	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2115-3.3575	0.2987	149	0.2003	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3575-3.5343	0.2375	155	0.1831	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5343-3.7554	0.2084	128	0.1614	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7554-4.0447	0.2105	141	0.1431	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0447-4.4507	0.1719	121	0.1363	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4507-5.0923	0.1833	145	0.1246	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0923-6.4066	0.2205	162	0.156	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4066-31.0898	0.188	164	0.1446	2931	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4763	0.1901	0.4236	1.0251	0.4631	0.7086	0.3079	-0.5426	0.1134	0.4091	-0.2749	0.1058	0.1135	-0.2302	-0.0529	0.5213	-0.2175	0.0899	0.5611	-0.0787	0.3043	-9.802	20.1497	44.0486
2	1.3864	-0.7475	0.7602	1.7903	-0.4491	0.4166	-0.1194	-0.164	0.474	0.177	-0.2139	0.686	0.134	-0.8254	0.2582	0.7008	-0.3221	0.169	0.7493	-0.2754	0.3924	-6.7397	38.4745	54.1435
3	2.3211	-2.1502	-3.9668	2.1445	3.3265	9.0686	0.2152	-0.225	0.0694	0.4914	-0.4209	-0.3525	-0.2047	-0.2106	0.2062	0.4742	-0.2208	-0.0083	0.463	-0.0692	0.2997	0.9832	35.3709	48.8055
4	0.7887	0.3992	-0.0572	1.0258	0.204	1.8563	0.2063	-0.2754	0.213	0.2749	-0.1972	0.0631	0.0436	-0.131	-0.0071	0.3719	-0.1665	0.0439	0.3968	-0.1	0.2757	-6.6937	26.0493	40.2911
5	1.3548	-0.1785	-0.5751	3.3279	-1.0746	3.3102	0.1377	-0.3905	0.3026	0.3632	-0.1036	0.27	-0.0097	-0.6513	-0.0374	0.4134	-0.2221	0.0722	0.5887	-0.1787	0.3444	-19.4797	25.4018	41.8056
6	3.3013	0.5313	0.0172	1.5158	-0.7507	2.3914	0.168	-0.3998	0.3561	0.2488	-0.1026	0.1303	0.0631	-0.2148	-0.037	0.4652	-0.1741	0.0784	0.3334	-0.0881	0.2402	-20.6166	9.2332	35.8672
7	6.9126	2.9309	4.6794	2.31	3.2387	4.1867	0.41	-0.482	-0.1497	0.3131	-0.1588	-0.2284	0.3832	-0.1798	-0.2422	0.3414	-0.0525	0.0302	0.2133	0.0538	0.1757	-16.3327	-3.555	21.921
8	1.6522	-0.1082	-0.9617	1.2612	-0.443	3.6933	0.0694	-0.2267	-0.0565	0.4757	-0.1086	0.3088	-0.092	-0.2009	0.0462	0.3265	-0.1208	0.0957	0.3231	-0.0047	0.3244	-41.7949	-10.8386	35.3086
9	2.752	0.3481	1.3531	1.2031	0.9506	1.2528	-0.049	-0.5165	-0.0071	0.3351	-0.2222	0.2625	-0.0684	0.1955	0.2483	0.6314	-0.2126	0.123	0.515	0.0384	0.3438	-35.2347	-11.2256	46.706
10	1.2918	0.1131	-0.3364	0.9786	0.3574	0.7865	0.1598	-0.223	-0.007	0.2798	-0.178	-0.1079	-0.0644	0.163	0.0131	0.3426	-0.1221	0.0339	0.335	0.028	0.244	-25.9292	-7.9498	35.0627
11	7.9607	1.8943	3.2254	6.3857	-1.055	6.4354	-0.6028	0.4219	0.9535	-0.059	0.3749	0.5868	-1.1949	-0.2952	0.2332	0.4886	0.0277	0.0894	0.3329	0.0177	0.5891	-47.8612	9.23	29.7411
12	1.5221	0.1697	0.1958	1.9614	1.1123	4.0995	0.1435	-0.3438	0.1275	0.1269	-0.1404	0.146	-0.6384	-0.0464	0.0266	0.3162	-0.0575	0.1065	0.2863	-0.0262	0.2796	-38.1205	0.968	27.7125
13	4.4453	-0.2156	0.0576	6.8327	-1.4312	2.5076	0.0857	0.0674	0.3769	-0.1683	0.0096	0.1866	-0.1782	-0.0891	-0.0761	0.2279	-0.0372	0.0604	0.2252	-0.0338	0.0908	-28.083	-0.561	13.2025
14	0.6845	0.3046	-0.0963	1.0379	0.0063	0.7058	0.0352	-0.0082	0.2631	-0.0391	-0.017	0.0663	-0.1596	0.0693	-0.0167	0.2196	-0.0145	0.0179	0.2417	-0	0.3629	0.0221	36.2475	4.2755
15	1.5179	-1.4882	0.1376	4.1314	2.0511	2.01	0.056	0.1954	0.319	-0.223	0.0727	0.1681	-0.2097	0.1588	-0.1357	0.2144	-0.0464	0.0502	0.2889	0.1037	0.3304	2.6753	36.5952	-9.9932
16	3.2692	1.2395	-0.8468	2.3485	-1.1824	2.908	0.0453	0.1408	0.1079	-0.0656	-0.0189	-0.1085	0.128	0.1839	-0.0194	0.164	0.0085	0.0045	0.1416	-0.0057	0.2766	3.389	25.0963	-2.0583
17	1.9804	-1.6418	0.7509	2.1671	-0.0459	1.0345	0.0351	-0.0964	0.3249	-0.0006	-0.001	0.1205	-0.073	-0.1851	-0.0386	0.2355	-0.038	0.053	0.2545	-0.0115	0.4023	-9.8394	36.6736	9.0156
18	1.4498	-0.3398	0.3155	1.3982	0.2429	1.2986	-0.0148	-0.0624	0.3409	-0.0287	-0.1187	0.2663	-0.1572	-0.2797	0.1559	0.1788	-0.0573	0.0452	0.2259	0.0251	0.379	-10.6266	36.6748	8.1915
19	5.3925	-0.2433	-1.5499	4.7175	0.7794	2.3316	0.0812	-0.2787	-0.0802	0.0645	-0.1578	0.4193	0.0346	-0.2872	0.0841	0.291	-0.0793	-0.0146	0.2928	-0.0548	0.1006	-6.5893	27.5648	23.49
20	1.1681	0.6516	-0.0432	0.8189	0.0771	0.7748	-0.1655	0.1796	0.1695	-0.1842	0.1342	0.0631	-0.1016	0.0829	0.0393	0.231	-0.0271	0.0167	0.2404	0.0219	0.2225	-21.7714	4.7856	-7.7582
21	7.6139	2.468	-1.8848	7.09	-3.4064	9.0339	-0.2929	0.5181	0.3856	-0.7609	0.2524	0.727	-0.1801	-0.6929	0.0349	0.3156	-0.0327	-0.091	0.2982	-0.0441	0.2732	-38.6392	-2.7929	-17.4971
22	3.9198	-0.7518	2.1113	3.1167	-4.9672	8.2664	-0.3044	0.1086	0.0508	-0.2833	0.1037	0.0931	0.088	-0.2223	0.2402	0.2307	-0.0149	-0.0378	0.173	-0.0467	0.2837	-33.9006	-9.5606	-12.192
23	1.3587	0.4369	0.397	1.6094	-0.2294	0.9868	-0.1196	0.0512	0.0835	-0.0835	0.1018	0.0421	-0.0989	0.0397	0.0085	0.1501	-0.0297	-0.0088	0.1763	0.0176	0.205	-25.5815	-0.4918	-4.1985
24	5.6355	1.7083	-1.9885	1.845	-1.7807	3.1323	-0.1811	0.2658	0.2122	-0.0596	0.234	0.2728	-0.0333	-0.3722	-0.0801	0.2475	-0.0187	-0.0382	0.1278	-0.0316	0.284	-30.9417	11.1696	-3.7353
25	0.4182	-0.5277	0.3715	5.1192	0.6509	2.3957	0.0308	-0.081	0.1161	0.0442	-0.0073	0.3596	-0.1017	-0.2103	-0.0219	0.1779	-0.0602	0.0348	0.2952	0.0073	0.3099	-14.3032	17.6043	0.7181

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 75 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 76 through 227 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 228 through 252 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 253 through 393 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 394 through 440 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 441 through 480 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid -2 through 24 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 25 through 227 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 228 through 252 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 253 through 363 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 364 through 384 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 385 through 441 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 442 through 480 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid -2 through 227 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 228 through 252 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 253 through 329 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 330 through 384 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 385 through 441 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 442 through 481 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid -2 through 75 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 76 through 227 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 228 through 252 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 253 through 384 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 385 through 441 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 442 through 481 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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