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- PDB-4q33: Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4q33 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from Clostridium perfringens Complexed with IMP and A110 | ||||||
![]() | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / structural genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM barrel / dehydrogenase | ||||||
Function / homology | ![]() IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Maltseva, N. / Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Mulligan, R. / Gu, M. / Zhang, M. / Mandapati, K. / Gollapalli, D.R. / Gorla, S.K. / Hedstrom, L. ...Maltseva, N. / Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Mulligan, R. / Gu, M. / Zhang, M. / Mandapati, K. / Gollapalli, D.R. / Gorla, S.K. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from Clostridium perfringens Complexed with IMP and A110 Authors: Maltseva, N. / Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Mulligan, R. / Gu, M. / Zhang, M. / Mandapati, K. / Gollapalli, D.R. / Gorla, S.K. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 4.7 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 4.8 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 98 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 127.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4q32S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 38441.266 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: SEE REMARK 999 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q0TN42, UniProt: A0A0H2YRZ7*PLUS, IMP dehydrogenase |
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-Non-polymers , 7 types, 164 molecules ![](data/chem/img/IMP.gif)
![](data/chem/img/2YA.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
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![](data/chem/img/2YA.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-IMP / #3: Chemical | ChemComp-2YA / #4: Chemical | ChemComp-ACY / | #5: Chemical | ChemComp-FMT / #6: Chemical | ChemComp-SO4 / | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | THE CBS DOMAIN (UNP RESIDUES 89-215 HAS BEEN REPLACED WITH A SER-GLY-GLY LINKER. |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 45.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1 M HEPES, pH 7.0, 5% Tacsimate, pH 7.0, 10% PEG5000 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 23, 2012 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97921 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.885→50 Å / Num. all: 59658 / Num. obs: 59658 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 52.6 Å2 / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 7.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.885→2.95 Å / Redundancy: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 2981 / Rsym value: 0.749 / % possible all: 98.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4Q32 Resolution: 2.885→37.213 Å / SU ML: 0.42 / Isotropic thermal model: MIXED / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Phase error: 27.78 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.885→37.213 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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