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Yorodumi- PDB-4ix2: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase from Vibrio cholerae, dele... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ix2 | |||||||||
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Title | Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase from Vibrio cholerae, deletion mutant, complexed with IMP | |||||||||
Components | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / structural genomics / IMPDH / IMP / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | |||||||||
Function / homology | Function and homology information IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.146 Å | |||||||||
Authors | Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase from Vibrio cholerae, deletion mutant, complexed with IMP. Authors: Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ix2.cif.gz | 502.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ix2.ent.gz | 410.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ix2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/4ix2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/4ix2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4fezS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38247.703 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (bacteria) Strain: N16961 / Gene: guaB, VC0767, VC_0767 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9KTW3, IMP dehydrogenase #2: Chemical | ChemComp-IMP / #3: Chemical | ChemComp-K / #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | RESIDUES 91-219 ARE DELETED AND REPLACED WITH SGG LINKER | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.86 sodium/potassium buffer, 0.15 M MOPS buffer, 0.02 M sodium fluoride, 0.01 M IMP, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 24, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: -k,-h,-l / Fraction: 0.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→38.1 Å / Num. all: 71185 / Num. obs: 71185 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Χ2: 1.498 / Net I/σ(I): 5.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4FEZ Resolution: 2.146→38.1 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / FOM work R set: 0.7734 / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / Phase error: 28.72 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 123.45 Å2 / Biso mean: 27.3149 Å2 / Biso min: 0.88 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.146→38.1 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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