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- PDB-4zqm: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zqm
タイトルCrystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis in the complex with XMP and NAD
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / IMPDH / delta-CBS / Mycobacterium tuberculosis / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


XMP biosynthetic process / IMP catabolic process / IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / nucleotide binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain ...Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / XANTHOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.602 Å
データ登録者Kim, Y. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Kavitha, M. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Mycobacterium tuberculosis IMPDH in Complexes with Substrates, Products and Antitubercular Compounds.
著者: Makowska-Grzyska, M. / Kim, Y. / Gorla, S.K. / Wei, Y. / Mandapati, K. / Zhang, M. / Maltseva, N. / Modi, G. / Boshoff, H.I. / Gu, M. / Aldrich, C. / Cuny, G.D. / Hedstrom, L. / Joachimiak, A.
履歴
登録2015年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22017年2月8日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6713
ポリマ－41,6431
非ポリマー1,0292
水2,900161
1
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,68512
ポリマ－166,5704
非ポリマー4,1158
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area21350 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area42850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.154, 88.154, 85.512
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: D4 (2回x4回 2面回転対称))

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要素

#1: タンパク質 Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH


分子量: 41642.621 Da / 分子数: 1
断片: UNP residues 1-125 and 253-529 linked by linker (GLY GLY)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: guaB, guaB2, Rv3411c, MTCY78.17 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Gold / 参照: UniProt: P9WKI7, IMP dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-XMP / XANTHOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / 5-MONOPHOSPHATE-9-BETA-D-RIBOFURANOSYL XANTHINE


分子量: 365.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.34 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.4 M Magnesium formate dyhydrate, 0.1 M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月24日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 42708 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 22.64 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 29
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.805 / Mean I/σ(I) obs: 1.81 / % possible all: 93.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
HKL-3000データスケーリング
PHENIXdev_1839精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.602→35.802 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1907 2185 5.13 %
Rwork0.1604 --
obs0.1619 42579 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.602→35.802 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2346 0 68 161 2575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092495
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3253409
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.294906
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051413
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006437
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.602-1.63650.28621030.23132343X-RAY DIFFRACTION91
1.6365-1.67460.26281440.20892508X-RAY DIFFRACTION99
1.6746-1.71650.23021240.18782536X-RAY DIFFRACTION100
1.7165-1.76290.20841320.17552538X-RAY DIFFRACTION100
1.7629-1.81470.18791500.16992492X-RAY DIFFRACTION100
1.8147-1.87330.20231110.17832568X-RAY DIFFRACTION100
1.8733-1.94030.2621250.22672568X-RAY DIFFRACTION99
1.9403-2.01790.20081150.17392525X-RAY DIFFRACTION100
2.0179-2.10980.2031330.16152583X-RAY DIFFRACTION100
2.1098-2.2210.19391370.16492508X-RAY DIFFRACTION100
2.221-2.36010.21091960.17842474X-RAY DIFFRACTION99
2.3601-2.54230.19131630.16242506X-RAY DIFFRACTION100
2.5423-2.7980.19491530.16042547X-RAY DIFFRACTION100
2.798-3.20270.21851260.16182553X-RAY DIFFRACTION100
3.2027-4.03420.16911360.14712535X-RAY DIFFRACTION99
4.0342-35.81090.15151370.13572610X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.83831.39290.38356.19150.91140.39370.01410.0627-0.015-0.341-0.007-0.13560.0043-0.0009-0.04060.21270.01640.01230.23010.00860.1515-8.00855.9805-12.193
23.77311.2805-0.20282.36930.15581.0933-0.06480.12550.4079-0.17890.02150.2702-0.19310.00790.05270.19980.0158-0.01580.18370.00340.2495-22.294927.7942-4.1236
33.41251.6592-0.09732.3357-0.10751.72370.1342-0.4190.43890.3046-0.18930.4424-0.1671-0.25720.07950.22090.0040.05990.2786-0.06950.2637-33.377521.02719.3916
43.81231.30580.53223.83780.48342.6853-0.00080.01210.2805-0.0188-0.0960.7055-0.0878-0.49990.0830.1560.0250.02660.2706-0.04450.3413-41.530416.6511.6652
52.2968-2.1132-1.1584.61770.89141.8519-0.04030.06880.0332-0.00830.04620.36550.0391-0.26080.02420.1603-0.0116-0.02140.24630.00330.2843-37.43311.4839-6.3935
61.19140.6335-0.98213.14691.05653.20350.02170.13920.0932-0.0862-0.09910.1793-0.0672-0.09920.08090.1374-0.0248-0.01510.17340.00610.1805-28.627811.9147-7.5016
71.8980.5968-0.18560.91850.54340.6424-0.05030.0140.0228-0.13930.0035-0.1666-0.0434-0.05940.11390.1612-0.0049-0.0030.1806-0.02990.1678-18.87337.1887-8.1762
82.53071.1174-0.26212.06121.05241.1640.0537-0.33-0.04380.1337-0.0075-0.09580.15350.0025-0.04310.1658-0.00020.00330.18860.010.1832-17.168917.3939-2.9063
91.86330.76550.72723.8022-0.0744.2080.006-0.98650.02090.98050.1379-0.27280.40840.2694-0.0890.47350.0232-0.04320.5058-0.05190.1999-19.979515.221419.2573
102.88650.73710.53269.10473.51124.26380.0763-0.0521-0.53060.32180.14420.0920.737-0.216-0.25290.4332-0.01330.01750.33130.00950.2418-23.83866.737513.3812
112.08390.5144-0.7942.6383-0.36372.23890.0688-0.11690.10480.1235-0.05110.0078-0.12960.0045-0.0340.1154-0.012-0.01450.14930.00450.1677-9.289822.9962-3.0409
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 28 through 60 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 61 through 82 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 83 through 125 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 126 through 274 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 275 through 303 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 304 through 342 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 343 through 367 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 368 through 396 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 397 through 422 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 423 through 469 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 470 through 509 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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