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- PDB-4x3z: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase from Vibrio cholerae, dele... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x3z
タイトルInosine 5'-monophosphate dehydrogenase from Vibrio cholerae, deletion mutant, in complex with XMP and NAD
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / INOSINE 5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE / IMPDH / XMP / xanthosine monophosphate / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain ...Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / XANTHOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Osipiuk, J. / MALTSEVA, N. / KIM, Y. / Mulligan, R. / MAKOWSKA-GRZYSKA, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase from Vibrio cholerae, deletion mutant, in complex with XMP and NAD
著者: Osipiuk, J. / MALTSEVA, N. / KIM, Y. / Mulligan, R. / MAKOWSKA-GRZYSKA, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2014年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,81810
ポリマ－76,4952
非ポリマー2,3238
水10,142563
1
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,63020
ポリマ－152,9914
非ポリマー4,63916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_445y-1/2,-x-1/2,z1
Buried area27270 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area43450 Å2
手法PISA
2
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,64220
ポリマ－152,9914
非ポリマー4,65116
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area28150 Å2
ΔGint-178 kcal/mol
Surface area44410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.262, 91.262, 171.214
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
詳細biological unit is the same as asymmetric unit.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH


分子量: 38247.703 Da / 分子数: 2
変異: 91-219 residues were deleted and replaced with SGG linker
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
遺伝子: guaB, VC_0767 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KTW3, IMP dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 571分子

#2: 化合物 ChemComp-XMP / XANTHOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / 5-MONOPHOSPHATE-9-BETA-D-RIBOFURANOSYL XANTHINE


分子量: 365.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.03 M sodium/phosphate buffer, 0.15 M malate, 3% PEG-300
PH範囲: 5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月11日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→50 Å / Num. all: 92477 / Num. obs: 92477 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 29.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 1.008 / Net I/av σ(I): 27.585 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 754711
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.62-1.657.80.7432.8445510.8390.2830.7960.875100
1.65-1.688.20.66745640.8780.2480.7120.893100
1.68-1.718.20.55945350.9050.2080.5970.915100
1.71-1.758.20.4845680.9290.1780.5120.939100
1.75-1.788.20.37645520.9540.1390.4010.977100
1.78-1.828.20.3145770.9650.1150.3310.989100
1.82-1.878.20.25845610.9760.0950.2751.027100
1.87-1.928.20.20245610.9850.0750.2161.051100
1.92-1.988.20.16745750.9880.0620.1781.06100
1.98-2.048.30.13745980.9920.0510.1461.088100
2.04-2.118.30.11145880.9940.0410.1181.09100
2.11-2.28.30.09345790.9950.0340.0991.057100
2.2-2.38.30.0846260.9970.030.0861.015100
2.3-2.428.30.0746170.9970.0260.0750.966100
2.42-2.578.30.06446210.9970.0230.0680.982100
2.57-2.778.20.06146700.9970.0220.0651.06100
2.77-3.058.20.06446560.9970.0230.0681.278100
3.05-3.498.10.05847000.9970.0220.0621.247100
3.49-4.47.90.04347660.9980.0160.0460.847100
4.4-507.70.03550120.9950.0140.0380.78399.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
SBC-Collectデータ収集
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QNE

4qne


解像度: 1.62→44.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.796 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18157 4552 4.9 %RANDOM
Rwork0.152 ---
obs0.15345 87862 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.896 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→44.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5029 0 149 563 5741
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0195474
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025395
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9192.0047485
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.863312436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0625756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.19823.819199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.55315935
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0881539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2887
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026207
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021172
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6041.912828
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6041.912827
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3692.8563546
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3692.8573547
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4912.3072646
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4792.3052643
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8253.3323898
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.01117.2416534
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.71216.5326257
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.662 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 323 -
Rwork0.214 6422 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.39550.0788-0.04750.084-0.06040.06750.00270.03510.03870.0181-0.004-0.0072-0.0192-0.0070.00130.0111-0.00140.00010.01030.00740.0092-36.963326.09922.8887
20.21090.1486-0.05240.2208-0.00280.15790.0045-0.023-0.02130.0226-0.00470.00560.0451-0.00560.00020.0237-0.0115-0.00080.01570.00640.0068-17.960425.323462.5551
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 377
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 377

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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