[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4x3z: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase from Vibrio cholerae, dele... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4x3z | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase from Vibrio cholerae, deletion mutant, in complex with XMP and NAD | ||||||
Components | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / INOSINE 5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE / IMPDH / XMP / xanthosine monophosphate / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.62 Å | ||||||
Authors | Osipiuk, J. / MALTSEVA, N. / KIM, Y. / Mulligan, R. / MAKOWSKA-GRZYSKA, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase from Vibrio cholerae, deletion mutant, in complex with XMP and NAD Authors: Osipiuk, J. / MALTSEVA, N. / KIM, Y. / Mulligan, R. / MAKOWSKA-GRZYSKA, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4x3z.cif.gz | 283.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4x3z.ent.gz | 226.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4x3z.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4x3z_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4x3z_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | |
Data in XML | 4x3z_validation.xml.gz | 33.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4x3z_validation.cif.gz | 50.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/4x3z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/4x3z | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4qneS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Details | biological unit is the same as asymmetric unit. |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 38247.703 Da / Num. of mol.: 2 Mutation: 91-219 residues were deleted and replaced with SGG linker Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (bacteria) Gene: guaB, VC_0767 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9KTW3, IMP dehydrogenase |
---|
-Non-polymers , 6 types, 571 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-GOL / | #6: Chemical | ChemComp-PO4 / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.21 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 1.03 M sodium/phosphate buffer, 0.15 M malate, 3% PEG-300 PH range: 5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 11, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.62→50 Å / Num. all: 92477 / Num. obs: 92477 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 29.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 1.008 / Net I/av σ(I): 27.585 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 754711 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4QNE Resolution: 1.62→44.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.796 / SU ML: 0.048 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.078 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.896 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.62→44.2 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|