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- PDB-5uze: Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uze
タイトルCrystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from Clostridium perfringens Complexed with IMP and P182
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードoxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / TIM barrel / IMPDH / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / OXIDOREDUCTASE / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain ...Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8L1 / INOSINIC ACID / : / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Maltseva, N. / Kim, Y. / Mulligan, R. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D.R. / Hedstrom, L. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from Clostridium perfringens Complexed with IMP and P182
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Mulligan, R. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D.R. / Hedstrom, L. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2017年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,31615
ポリマ-153,7654
非ポリマー3,55111
2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21770 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area46470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.777, 77.662, 80.321
Angle α, β, γ (deg.)110.03, 103.99, 105.46
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH


分子量: 38441.266 Da / 分子数: 4
変異: CBS domain (residues 89-215) is replaced with SGG residues
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (strain ATCC 13124 / DSM 756 / JCM 1290 / NCIMB 6125 / NCTC 8237 / Type A) (ウェルシュ菌)
: ATCC 13124 / DSM 756 / JCM 1290 / NCIMB 6125 / NCTC 8237 / Type A
遺伝子: guaB, CPF_2558 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL(DE3)magic / 参照: UniProt: A0A0H2YRZ7, IMP dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 167分子

#2: 化合物
ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP


分子量: 348.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C10H13N4O8P
#3: 化合物
ChemComp-8L1 / N-{4-chloro-3-[4-(trifluoromethyl)-1,3-thiazol-2-yl]phenyl}-N'-(2-{3-[(1E)-N-hydroxyethanimidoyl]phenyl}propan-2-yl)urea


分子量: 496.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C22H20ClF3N4O2S
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : K
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.41 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 20% PEG600, 50mM ADA pH 6.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月27日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→50 Å / Num. obs: 60049 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 36.18 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.27→2.31 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 2992 / CC1/2: 0.784 / Rsym value: 0.502 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.27→31.387 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2553 2855 4.8 %
Rwork0.1939 --
obs0.197 59418 95.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→31.387 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10075 0 232 156 10463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910451
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22414134
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.7233866
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641635
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061797
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2512-2.290.37681060.27742178X-RAY DIFFRACTION72
2.29-2.33170.33621570.27892816X-RAY DIFFRACTION96
2.3317-2.37650.36251390.26582851X-RAY DIFFRACTION96
2.3765-2.4250.34771460.2562888X-RAY DIFFRACTION96
2.425-2.47770.33481340.2462829X-RAY DIFFRACTION96
2.4777-2.53530.32081390.22632870X-RAY DIFFRACTION96
2.5353-2.59870.29161560.23542876X-RAY DIFFRACTION96
2.5987-2.66890.30581240.22692883X-RAY DIFFRACTION96
2.6689-2.74740.33041390.24712861X-RAY DIFFRACTION96
2.7474-2.8360.34251180.23772868X-RAY DIFFRACTION96
2.836-2.93730.3241420.23452872X-RAY DIFFRACTION96
2.9373-3.05480.29721720.23562780X-RAY DIFFRACTION96
3.0548-3.19370.30691430.2252867X-RAY DIFFRACTION96
3.1937-3.36190.28161230.22612937X-RAY DIFFRACTION97
3.3619-3.57230.32811230.19242873X-RAY DIFFRACTION97
3.5723-3.84760.24351670.18572851X-RAY DIFFRACTION97
3.8476-4.2340.18541580.1522872X-RAY DIFFRACTION97
4.234-4.84470.20581750.14122846X-RAY DIFFRACTION97
4.8447-6.09650.18941370.16092937X-RAY DIFFRACTION98
6.0965-31.38980.19731570.14852808X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.87491.5042-0.87412.0689-0.51021.4155-0.02160.2238-0.1201-0.43980.190.13380.4064-0.3882-0.20070.5175-0.09270.04740.2468-0.04050.2743-9.8883-4.8129-22.8975
22.9198-0.09250.31764.09450.48662.8085-0.23570.2679-0.1649-0.41110.24780.76140.2161-0.4511-0.01590.397-0.1562-0.06560.37240.05310.4988-30.3998-19.6633-16.7836
33.3326-1.87450.61671.7501-1.14841.4279-0.012-0.1336-0.6777-0.61810.1586-0.11820.5554-0.3163-0.16070.52-0.15480.02710.301-0.05450.5021-24.1404-29.5265-17.0584
42.36711.790.90943.01981.442.1485-0.3380.4222-0.5275-0.37730.4076-0.23530.29470.1622-0.08960.3643-0.02960.08640.2305-0.06980.4352-11.2575-23.8439-16.7822
52.29710.4898-0.7011.3343-0.48622.3781-0.19180.1544-0.087-0.16270.26430.31420.1892-0.3234-0.08740.2921-0.0706-0.03940.23220.05940.3756-22.5518-8.3247-9.6317
64.77920.05690.9653.1790.95051.9835-0.2767-0.0020.1516-0.2480.29980.0948-0.038-0.1808-0.00830.3567-0.061-0.01510.16470.11540.217-10.87423.693-14.6562
78.95975.89774.44646.82714.28956.46020.01810.14920.0945-0.0335-0.0098-0.1850.28040.0843-0.07060.16920.02580.00660.22130.01120.20379.763612.1341-8.8327
83.1586-0.39870.74131.3364-0.98081.6367-0.32740.16550.7257-0.02970.25590.4429-0.3849-0.07210.09980.4617-0.0047-0.03480.22340.08340.6966-5.100131.7453-15.7033
91.3344-0.11240.34064.5169-1.2232.115-0.27670.43960.6052-0.28250.32730.5609-0.1212-0.2701-0.06480.4337-0.1117-0.14380.43580.2260.5758-10.369126.8418-29.0594
102.17741.24270.17971.0214-0.39070.7756-0.22340.23760.2753-0.1730.19460.1835-0.1169-0.05180.01860.29230.0016-0.04560.17080.0430.3277-1.153816.9282-16.2063
113.3270.09660.27922.0906-0.08991.69110.0029-0.35930.51650.03240.18760.6467-0.1609-0.5038-0.14860.33080.07370.03670.29480.06730.5469-13.647523.8654-5.4528
123.60460.5747-0.85183.0943-1.02565.77570.0218-0.30790.39860.01220.0030.1387-0.24520.0594-0.05360.2128-0.0156-0.05740.1545-0.06230.3126.412417.5655-0.1902
131.60531.76241.12164.58121.14052.771-0.1601-0.1284-0.3391-0.1419-0.08520.01580.20330.3170.15040.2840.0948-0.00440.17960.04560.48564.148-17.1234-2.1508
141.906-0.37390.07582.0683-0.22061.88640.029-0.9728-0.8420.3553-0.171-0.22350.49720.06870.07570.5895-0.0357-0.06810.63570.40570.8351.6597-29.991824.3513
150.5671-0.95990.75211.6424-1.27642.0880.1523-0.5344-0.46420.21670.0176-0.260.2640.29350.64280.45320.1407-0.2730.69840.71340.993216.4173-27.693925.7522
161.1241-0.41490.75661.9005-0.32551.57630.1654-0.4308-0.7019-0.0837-0.18-0.47130.20840.20740.0040.39290.0627-0.03340.35640.16450.600910.4286-19.507410.7908
171.27770.935-0.46762.0563-0.14323.8560.1529-0.4199-0.40740.3973-0.09240.07850.178-0.0418-0.07730.31820.0114-0.03760.40530.18610.4606-6.7169-17.917520.0576
181.54750.0523-0.11124.6113-0.39232.817-0.0312-0.1616-0.5048-0.0430.0864-0.1480.1874-0.1072-0.07420.338-0.0063-0.02340.22870.0720.3993-6.6822-17.18860.3881
195.1456-2.62394.39924.843-1.97836.42060.27950.1234-0.47-0.2589-0.4968-0.60910.16880.7280.16770.17590.02840.04530.26210.10170.449716.528-2.10176.3923
202.1436-0.353-0.56062.37150.34090.85320.221-1.1018-0.05410.6537-0.3331-0.4046-0.22890.2936-0.00170.6027-0.1708-0.15130.8917-0.08980.312121.149915.554124.2077
211.6232-1.0246-0.36583.06151.16963.52890.1036-1.10570.86460.9822-0.0845-0.3668-0.60370.10280.13010.709-0.1536-0.16350.8504-0.32810.660522.384229.27125.6605
220.0153-0.1032-0.01520.64870.66076.7177-0.0718-0.64090.75710.291-0.4209-0.2391-0.30280.04680.40580.4764-0.1208-0.12910.5618-0.2410.588425.244828.930816.0666
239.35784.92184.35934.8043.02838.9902-0.0785-0.2960.45940.0232-0.0157-0.3882-0.32610.40370.07610.2519-0.00010.00850.3544-0.0350.414329.634424.14677.658
242.5093-0.05630.05362.373-0.94040.50780.2395-0.447-0.14060.0605-0.2038-0.15180.02910.1296-0.04220.2375-0.0233-0.02180.268-0.02190.187518.386211.5258.2909
252.6953-0.4450.10743.9129-0.5473.0620.0736-1.06590.28010.5744-0.04560.1018-0.3549-0.1709-0.00540.3738-0.12760.00160.64-0.09890.31947.584114.956721.915
265.98231.3455-1.05442.3159-0.21283.5543-0.0803-0.5161-0.2830.3011-0.044-0.0712-0.111-0.04580.12350.36780.0209-0.05880.27320.11240.335110.2176-3.614914.9361
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 37 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 227 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 228 through 252 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 253 through 329 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 330 through 441 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 442 through 481 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 3 through 24 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 25 through 75 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 76 through 288 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 289 through 363 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 364 through 440 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 441 through 481 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 2 through 24 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 25 through 227 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 228 through 278 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 279 through 351 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 352 through 441 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 442 through 481 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 3 through 24 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 25 through 75 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 76 through 227 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 228 through 252 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 253 through 287 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 288 through 351 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 352 through 441 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 442 through 481 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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