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Yorodumi- PDB-5uzc: Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5uzc | ||||||
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Title | Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from Clostridium perfringens Complexed with IMP and P221 | ||||||
Components | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | ||||||
Keywords | oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / TIM barrel / IMPDH / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / OXIDOREDUCTASE / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Clostridium perfringens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Maltseva, N. / Kim, Y. / Mulligan, R. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D.R. / Hedstrom, L. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from Clostridium perfringens Complexed with IMP and P221 Authors: Maltseva, N. / Kim, Y. / Mulligan, R. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D.R. / Hedstrom, L. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5uzc.cif.gz | 536.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5uzc.ent.gz | 442.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5uzc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/5uzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/5uzc | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4q32S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 38441.266 Da / Num. of mol.: 4 Mutation: CBS domain (residues 89-215 is replaced with SGG residues) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium perfringens (strain ATCC 13124 / DSM 756 / JCM 1290 / NCIMB 6125 / NCTC 8237 / Type A) (bacteria) Strain: ATCC 13124 / DSM 756 / JCM 1290 / NCIMB 6125 / NCTC 8237 / Type A Gene: guaB, CPF_2558 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)magic / References: UniProt: A0A0H2YRZ7, IMP dehydrogenase |
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-Non-polymers , 7 types, 426 molecules
#2: Chemical | ChemComp-IMP / #3: Chemical | ChemComp-8N1 / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-MRD / ( | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: 0.2M ammonium acetate, 0.1M Tris pH 8.5, 45% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 25, 2016 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. obs: 120850 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 34.84 Å2 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 15.05 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Redundancy: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 5984 / CC1/2: 0.67 / Rsym value: 0.797 / % possible all: 98.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4Q32 Resolution: 1.85→44.513 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.08
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→44.513 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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