PDB-5uzc: Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uzc

タイトル

Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from Clostridium perfringens Complexed with IMP and P221

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor /

TIM barrel (TIMバレル) / IMPDH / CSGID /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases /

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity /

IMPデヒドロゲナーゼ / GMP biosynthetic process /

nucleotide binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Maltseva, N. / Kim, Y. / Mulligan, R. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D.R. / Hedstrom, L. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from Clostridium perfringens Complexed with IMP and P221
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Mulligan, R. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D.R. / Hedstrom, L. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2017年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uzc.cif.gz	536.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uzc.ent.gz	442.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uzc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/5uzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/5uzc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4q32S 4q33 5uwx 5uxe 5uze 5vsv S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4x3z-2 4q33-2 5uzs-d 5uxe-d 5uze-d 5uuw-1 5uuw-2 5vsv-d 4fo4-2 4fo4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP04376

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

158 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
316 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	128.017, 119.305, 97.199
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.83, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-718- HOH
2	1	A-722- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH 分子量: 38441.266 Da / 分子数: 4 変異: CBS domain (residues 89-215 is replaced with SGG residues) 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium perfringens (strain ATCC 13124 / DSM 756 / JCM 1290 / NCIMB 6125 / NCTC 8237 / Type A) (ウェルシュ菌) 株: ATCC 13124 / DSM 756 / JCM 1290 / NCIMB 6125 / NCTC 8237 / Type A 遺伝子: guaB, CPF_2558 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: A0A0H2YRZ7, IMPデヒドロゲナーゼ

#1: タンパク質

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH

分子量: 38441.266 Da / 分子数: 4
変異: CBS domain (residues 89-215 is replaced with SGG residues)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium perfringens (strain ATCC 13124 / DSM 756 / JCM 1290 / NCIMB 6125 / NCTC 8237 / Type A) (ウェルシュ菌)
株: ATCC 13124 / DSM 756 / JCM 1290 / NCIMB 6125 / NCTC 8237 / Type A
遺伝子: guaB, CPF_2558 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: A0A0H2YRZ7,

IMPデヒドロゲナーゼ

-
非ポリマー , 7種, 426分子

#2: 化合物	ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP / イノシン酸分子量: 348.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₄O₈P
#3: 化合物	ChemComp-8N1 / N-{2-chloro-5-[({2-[3-(prop-1-en-2-yl)phenyl]propan-2-yl}carbamoyl)amino]phenyl}-beta-D-xylofuranosylamine 分子量: 475.965 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₀ClN₃O₅
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol 分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸 / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#6: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#7: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol 分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.36 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.1M Tris pH 8.5, 45% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月25日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 120850 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 34.84 Å² / R_sym value: 0.107 / Net I/σ(I): 15.05
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 5984 / CC_1/2: 0.67 / R_sym value: 0.797 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Q32

4q32

解像度: 1.85→44.513 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.08

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2007	5934	4.91 %
R_work	0.1708	-	-
obs	0.1723	120807	99.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→44.513 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10143	0	274	409	10826

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	10805
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.208	14643
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.217	4022
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	1689
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1866

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.846-1.8669	0.3458	200	0.3206	3609	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8669-1.8889	0.3151	185	0.3042	3749	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8889-1.9119	0.3323	199	0.2802	3833	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9119-1.9361	0.2997	194	0.2786	3831	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9361-1.9616	0.2726	181	0.2537	3844	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9616-1.9885	0.259	185	0.2427	3845	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9885-2.0169	0.2585	218	0.2351	3772	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0169-2.047	0.2593	191	0.2283	3767	X-RAY DIFFRACTION	98
2.047-2.079	0.2571	205	0.2129	3868	X-RAY DIFFRACTION	99
2.079-2.1131	0.2506	205	0.2057	3818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1131-2.1495	0.2328	183	0.2026	3822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1495-2.1886	0.2145	197	0.1913	3885	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1886-2.2307	0.2283	195	0.1888	3801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2307-2.2762	0.2235	192	0.1767	3861	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2762-2.3257	0.213	201	0.1818	3835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3257-2.3798	0.1926	194	0.178	3866	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3798-2.4393	0.2091	215	0.1763	3819	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4393-2.5053	0.2022	212	0.1719	3762	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5053-2.579	0.2128	189	0.1708	3859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.579-2.6622	0.2049	217	0.1695	3841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6622-2.7574	0.1855	194	0.1782	3830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7574-2.8677	0.2116	203	0.1773	3832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8677-2.9982	0.2172	202	0.1809	3900	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9982-3.1563	0.1893	204	0.1737	3808	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1563-3.354	0.2168	189	0.1712	3850	X-RAY DIFFRACTION	99
3.354-3.6128	0.185	230	0.1594	3823	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6128-3.9762	0.1688	199	0.148	3868	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9762-4.551	0.166	160	0.1361	3897	X-RAY DIFFRACTION	99
4.551-5.7319	0.1862	198	0.1498	3862	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7319-44.5256	0.1778	197	0.1527	3916	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4606	0.2291	0.2488	1.5228	-0.1413	1.3554	0.0351	0.1335	0.1406	-0.0969	0.0731	0.1097	-0.2953	-0.0733	-0.1093	0.3769	0.0781	0.0264	0.2638	0.0556	0.311	-16.312	29.1177	20.0885
2	1.2551	0.2535	-0.4366	0.8726	-0.7696	2.5851	-0.0377	0.3789	0.1228	-0.2125	0.0649	0.0633	-0.2978	0.0118	-0.0418	0.4758	0.1147	0.0201	0.3197	0.0371	0.3768	-16.6539	29.1765	12.5303
3	3.2875	-0.3524	0.6684	3.3527	-0.1764	5.5934	0.0738	0.3362	0.2461	-0.2025	-0.0409	0.1067	-0.2295	-0.0217	-0.0668	0.1993	0.0128	-0.0088	0.2368	0.066	0.2713	-25.1106	14.5352	18.9674
4	1.4006	-0.482	0.4686	7.5564	-0.6992	0.8911	-0.082	-0.0584	-0.1452	0.1892	0.007	0.2273	-0.0759	-0.1026	0.0767	0.2011	0.0171	-0.0099	0.304	0.0062	0.2732	-21.7884	-2.5778	31.2378
5	2.0954	-0.6073	0.3702	1.6902	-1.1074	2.364	0.1896	0.545	-0.3822	-0.3426	-0.1126	0.2768	0.1499	-0.2034	-0.0817	0.3613	0.0215	-0.1229	0.5509	-0.1577	0.4123	-39.1725	-9.743	9.1552
6	3.0077	0.4711	0.3827	1.6312	0.3773	1.2877	0.0652	0.1543	-0.0194	-0.1314	-0.1233	0.395	-0.0161	-0.3962	0.0603	0.2391	0.0664	-0.0402	0.4557	-0.0366	0.3763	-42.2626	1.7525	19.1882
7	1.227	-0.9396	-0.0598	2.5467	-0.871	1.9666	0.1979	0.5424	-0.1189	-0.5669	-0.2679	0.0179	-0.0254	-0.1123	0.0517	0.3331	0.0561	-0.0576	0.4648	-0.0685	0.2731	-26.0819	-5.0044	8.9756
8	3.1679	0.4753	-0.517	3.1662	0.4209	2.6894	0.05	0.1585	-0.1605	-0.1951	-0.0217	-0.0541	-0.1039	-0.01	-0.0358	0.2182	0.0386	-0.059	0.2553	0.0117	0.3018	-14.4569	-9.4997	21.7287
9	5.1497	0.6436	1.2269	3.7699	0.2085	3.4014	0.1391	-0.33	-0.4406	0.0721	-0.1382	-0.0564	-0.0175	-0.1608	0.0293	0.2021	-0.0397	0.0174	0.2109	0.0487	0.2281	-0.3605	-2.4415	37.2974
10	1.695	0.1913	-0.0533	1.4223	-0.0396	0.9653	-0.0315	0.0479	-0.4252	-0.0709	-0.0055	-0.2988	0.1677	0.0987	0.039	0.2228	0.0152	0.0049	0.2444	-0.01	0.4531	1.4586	-23.6791	27.3636
11	3.6281	0.012	0.0935	2.1567	1.8929	4.1483	0.0945	0.5353	-0.5062	-0.1414	0.0296	-0.4006	0.121	0.1925	-0.196	0.2884	0.0149	0.0445	0.1918	0.0671	0.4241	5.0078	-15.2606	19.0381
12	3.226	-0.0461	-0.9373	3.3282	-0.7475	2.3766	0.0553	0.1677	-0.0843	-0.0328	-0.033	-0.2213	-0.225	0.002	-0.0019	0.1876	-0.0622	-0.0459	0.2373	-0.026	0.3004	7.5868	0.6936	29.7048
13	3.3699	0.6517	-1.607	0.2317	-0.6297	2.8552	-0.1756	-0.2636	-0.4689	0.1371	-0.0054	0.0963	0.0562	-0.1329	0.1533	0.281	-0.0032	0.0296	0.3153	0.0394	0.2579	-5.5487	15.6381	38.4632
14	1.2617	0.0785	-0.2276	1.1745	-0.0633	0.84	0.0917	-0.0753	-0.0256	0.0738	-0.0655	-0.2272	-0.1177	0.1725	-0.0251	0.2849	-0.0822	-0.0053	0.3001	0.0049	0.3503	19.6723	17.9026	32.9524
15	3.3465	1.1462	0.32	2.8365	-0.0001	1.6838	0.0285	0.0231	0.1305	-0.094	-0.095	-0.0744	-0.1641	-0.1396	0.0571	0.2817	0.0431	0.048	0.171	0.0131	0.2678	-1.9983	24.3816	26.5503
16	0.8869	0.8599	-0.7204	3.2311	-0.901	1.5	0.1194	0.2351	0.4692	-0.1614	0.0431	0.2612	-0.5476	-0.2155	-0.1772	0.5254	0.1361	0.0435	0.3524	0.0813	0.3998	-22.5282	36.5644	19.0906
17	4.1188	-2.5126	2.662	3.1252	-2.8342	3.3625	0.1417	0.1972	0.8749	-0.0595	-0.295	-0.1206	-0.4711	-0.0363	0.1738	0.7058	0.1102	0.1299	0.2793	0.0391	0.508	-15.5195	48.4724	24.7292
18	3.9009	-2.4636	0.6714	9.2022	-0.9617	1.8016	0.0522	-0.2717	0.3302	0.3468	0.1316	0.2182	-0.71	-0.192	-0.1721	0.6054	0.0734	0.1201	0.2897	-0.0187	0.3301	-16.9024	44.1337	34.2871

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 289 through 384 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 385 through 441 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 442 through 481 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid -1 through 24 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 25 through 88 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 89 through 329 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 330 through 440 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 441 through 482 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 2 through 24 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 25 through 384 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 385 through 440 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 441 through 482 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid -2 through 24 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 25 through 441 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 442 through 482 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 2 through 227 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 228 through 252 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 253 through 288 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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