PDB-4q32: Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q32

タイトル

Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from Clostridium perfringens Complexed with IMP and C91

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / structural genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM barrel / dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.788 Å

データ登録者

Maltseva, N. / Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Mulligan, R. / Gu, M. / Zhang, M. / Mandapati, K. / Gollapalli, D.R. / Gorla, S.K. / Hedstrom, L. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from Clostridium perfringens Complexed with IMP and C91
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Mulligan, R. / Gu, M. / Zhang, M. / Mandapati, K. / Gollapalli, D.R. / Gorla, S.K. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2014年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月26日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q32.cif.gz	515.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q32.ent.gz	428.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q32.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4q32_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4q32_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	4q32_validation.xml.gz	48.8 KB	表示
CIF形式データ	4q32_validation.cif.gz	64.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/4q32 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/4q32	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3tsdS 4q33 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5vsv-d 5uze-d 4q33-1 4q33-2 6d4s-1 4mz8-2 5ou3-1 5uzs-d 5upu-1 5uqf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP04376

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

157 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.611, 77.611, 222.726
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH 分子量: 38441.266 Da / 分子数: 4 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) 株: ATCC 13124 / NCTC 8237 / Type A / 遺伝子: CPF_2558, guaB / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic 参照: UniProt: Q0TN42, UniProt: A0A0H2YRZ7*PLUS, IMP dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP 分子量: 348.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₄O₈P
#3: 化合物	ChemComp-C91 / N-(naphthalen-2-yl)-2-[2-(pyridin-2-yl)-1H-benzimidazol-1-yl]acetamide 分子量: 378.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₁₈N₄O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CBS DOMAIN (UNP RESIDUES 89-215 HAS BEEN REPLACED WITH A SER-GLY-GLY LINKER.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.61 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1% ammmonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 17% PEG10000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月20日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.788→50 Å / Num. all: 32619 / Num. obs: 32619 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 64.8 Å² / R_sym value: 0.104 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.788→2.85 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1635 / R_sym value: 0.704 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1593)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TSD

3tsd

解像度: 2.788→34.709 Å / SU ML: 0.37 / Isotropic thermal model: MIXED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.223	1652	5.08 %	RANDOM
R_work	0.173	-	-	-
all	0.176	32537	-	-
obs	0.176	32537	99.43 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.788→34.709 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9985	0	208	81	10274

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	10404
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.686	14072
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.675	3873
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.024	1622
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1799

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.788-2.8697	0.3298	140	0.2549	2498	2638	96
2.8697-2.9623	0.341	137	0.2449	2577	2714	100
2.9623-3.0681	0.3349	137	0.2345	2578	2715	100
3.0681-3.1908	0.2944	131	0.2151	2585	2716	100
3.1908-3.336	0.2599	142	0.2068	2563	2705	100
3.336-3.5117	0.2819	125	0.1922	2619	2744	100
3.5117-3.7315	0.2367	139	0.1836	2564	2703	100
3.7315-4.0192	0.208	133	0.1679	2590	2723	100
4.0192-4.4229	0.202	150	0.1492	2578	2728	100
4.4229-5.0612	0.1965	123	0.1358	2579	2702	100
5.0612-6.3702	0.2002	166	0.1652	2585	2751	100
6.3702-34.7114	0.172	129	0.155	2569	2698	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6512	-0.2322	-0.6256	0.6629	0.8747	4.3542	0.0584	-0.1695	0.1349	0.2905	0.0091	-0.1791	-0.1213	0.2353	-0.077	0.4917	-0.0164	-0.091	0.3764	-0.0175	0.606	43.196	23.4906	22.2723
2	3.1148	-0.6033	0.7754	1.1333	-1.2285	5.1182	-0.0701	-0.3355	0.6218	0.305	-0.0467	-0.2851	-0.643	0.3874	0.2503	0.6073	-0.0984	-0.1896	0.4407	-0.1003	0.7305	40.579	40.5851	29.2735
3	3.6003	0.1429	-0.6212	1.0981	-0.5436	2.2364	-0.0468	-0.0919	-0.0428	0.048	-0.0467	-0.0696	0.0589	0.0773	0.0728	0.4471	0.0214	-0.0955	0.3376	-0.0251	0.5053	32.1846	25.6547	21.113
4	1.1713	0.1993	-0.4816	1.9494	-0.1923	6.0808	-0.1485	0.0317	-0.1237	-0.2488	-0.1087	-0.1828	0.2768	0.0807	0.1863	0.4487	0.1194	0.0258	0.3835	0.0134	0.5673	40.4382	12.1669	12.7063
5	3.7929	3.6732	3.2136	8.7342	6.6203	5.2433	0.4222	-0.1173	0.0137	0.0562	0.0806	-0.6324	-0.0997	0.3529	-0.1212	0.4336	0.0758	0.0433	0.4374	0.0695	0.3668	31.7646	7.4715	-13.5555
6	2.6668	0.1227	0.9739	3.4919	-0.2175	4.5661	0.1377	-0.1305	-0.3587	0.2557	0.1769	-0.1696	0.6115	0.0744	-0.2268	0.7373	0.2102	-0.005	0.5273	-0.0402	0.6282	43.4893	-15.371	-1.2844
7	1.3903	-1.6691	-0.4635	4.3675	-2.3768	3.8741	-0.0198	-0.3197	0.0358	-0.1249	0.1771	-0.9689	0.6459	0.7465	-0.1199	0.6131	0.3274	-0.0867	0.8583	-0.0038	0.6489	54.2589	-10.7943	4.4957
8	4.0008	-1.7561	-1.1489	2.4662	1.1589	3.6433	0.0083	0.1892	0.1049	0.0106	0.0549	-0.3839	-0.1417	0.4804	-0.0286	0.3808	0.0212	-0.0015	0.454	0.0031	0.4921	50.7806	2.5865	-1.8195
9	4.8693	2.1953	-2.0039	3.3796	-1.0539	6.7425	0.1811	-0.2543	-0.4558	0.3701	-0.2885	-0.3789	-0.2546	0.3536	0.1391	0.5166	0.0684	-0.082	0.4158	0.06	0.3766	37.6586	-1.4728	-6.8868
10	3.7907	1.457	0.6452	5.4131	2.0046	3.5475	0.1712	-0.4291	-0.6306	0.821	-0.5293	0.0333	1.1468	-0.1661	0.2378	1.0411	0.0263	0.1082	0.7174	0.1283	0.5796	31.5247	-10.6121	12.1989
11	3.3884	0.0613	0.6357	1.7292	-0.0253	1.6893	0.0333	0.3314	-0.0594	-0.061	-0.0761	0.141	0.1572	0.0705	0.067	0.5474	0.107	0.0808	0.4082	-0.037	0.4217	30.3015	-2.5849	-7.3394
12	5.2206	-0.211	0.5072	6.7615	-0.4225	1.5561	0.2812	-0.6543	0.265	0.7294	0.2753	0.3986	-0.3213	0.2757	-0.4407	0.8899	0.0288	0.046	0.7028	-0.0143	0.4876	13.9883	-2.5812	-2.9581
13	4.0121	-1.072	0.093	1.315	0.0282	1.9055	-0.2664	0.0796	0.4567	0.1569	-0.0097	0.0335	-0.2465	-0.0768	0.2422	0.5399	-0.0452	-0.0779	0.3129	-0.0304	0.5411	11.0044	42.6152	6.7226
14	2.7562	-1.121	-0.3843	2.6323	0.763	1.0965	-0.0764	-0.0432	0.3439	-0.2537	-0.0893	0.2567	-0.2571	-0.1862	0.1739	0.4828	0.0224	-0.1148	0.3546	-0.0197	0.5176	-1.4297	43.1897	-4.9244
15	2.2172	0.2813	0.6683	2.6291	0.1839	1.6848	-0.0525	-0.1875	-0.0316	0.2823	-0.0037	-0.0374	-0.0768	-0.0724	0.0737	0.5088	0.01	-0.018	0.4234	-0.0126	0.4548	9.2153	32.5975	9.817
16	0.7456	1.6592	0.4003	3.955	0.5182	1.0621	0.1049	0.0984	-0.1501	0.0116	-0.1665	0.0376	0.1008	0.0421	0.0576	0.3593	0.0565	-0.02	0.4235	-0.0131	0.3528	3.6163	10.7893	-21.3201
17	6.5857	1.1124	1.1521	4.8439	-0.4935	4.2459	-0.0696	0.1051	-0.7774	-0.3583	0.2091	0.5507	0.2624	-0.2397	-0.1879	0.647	-0.0166	-0.1175	0.5335	-0.16	0.6148	-1.1411	-7.4005	-28.5348
18	6.2881	1.4989	-2.3355	3.6025	-1.0177	0.9508	-0.1031	0.317	-0.4607	-0.2923	-0.0721	-0.0036	0.1682	0.1924	0.2537	0.5047	0.0566	0.0128	0.5569	0.0055	0.3447	8.1239	-5.5572	-31.5753
19	3.3345	0.8314	0.9134	1.2134	1.1105	4.5126	-0.1579	0.4177	0.016	-0.4378	-0.0535	0.0565	0.042	0.2394	0.2074	0.4775	0.0896	0.0569	0.4901	0.0182	0.4283	17.073	4.7395	-27.8048
20	4.0023	1.716	-2.4743	4.4163	-2.2755	3.4018	-0.2125	0.0995	0.0479	0.4395	0.0649	-0.0323	0.0876	-0.1822	0.1563	0.3983	-0.0053	-0.0713	0.3815	-0.0195	0.4002	3.3443	5.9096	-12.4416
21	3.4143	-0.2839	0.2387	6.5301	-0.766	1.6733	0.1259	-0.0389	-0.2058	0.0364	-0.2467	0.4696	0.1907	-0.0072	0.0976	0.3655	-0.0478	-0.0166	0.3823	-0.0588	0.2184	2.4559	5.7318	-11.8755
22	2.9714	-0.5693	-0.1953	1.6727	1.8994	2.5467	-0.0239	-0.2393	0.0477	0.3159	-0.0604	0.0853	0.1621	0.2645	0.0987	0.5925	-0.0132	-0.0546	0.3197	0.0457	0.648	7.4425	22.568	-8.8679

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 75 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 76 through 164 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 165 through 298 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 299 through 357 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4 through 24 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 25 through 88 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 128 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 129 through 205 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 206 through 234 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 235 through 270 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 271 through 342 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 343 through 357 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 4 through 63 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 64 through 205 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 206 through 357 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 4 through 75 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 76 through 103 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 104 through 128 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 129 through 205 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 206 through 260 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 261 through 316 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 317 through 357 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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