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- PDB-4mz8: Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase, ... -
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Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4mz8 | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase, with an Internal Deletion of CBS Domain from Campylobacter jejuni complexed with inhibitor compound C91 | ||||||
![]() | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM barrel / alpha-beta structure / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gorla, S.K. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase, with a Internal Deletion of CBS Domain from Campylobacter jejuni complexed with inhibitor compound C91 Authors: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 556.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 463.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.6 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 2.7 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 55.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 76.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4fo4S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 43524.820 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: IMPDH-delta-S-CBS / Mutation: CBS domain (residues 92-195) is replaced with G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: NCTC 11168 / Gene: guaB, Cj1058c / Plasmid: pMCSG7 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 10 types, 325 molecules ![](data/chem/img/IMP.gif)
![](data/chem/img/C91.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/2F2.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/C91.gif)
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![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/2F2.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-IMP / #3: Chemical | ChemComp-C91 / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-CL / #10: Chemical | ChemComp-2F2 / | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.95 Å3/Da / Density % sol: 58.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 10 % dioxane, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 20, 2012 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. all: 68101 / Num. obs: 68101 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 46.46 Å2 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 10.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.54 Å / Redundancy: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.699 / % possible all: 99 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4FO4 Resolution: 2.5004→39.231 Å / SU ML: 0.28 / Isotropic thermal model: mixed / σ(F): 1.33 / Phase error: 23.01 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 65.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5004→39.231 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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