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Yorodumi- PDB-5uqh: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophos... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5uqh | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Campylobacter jejuni in the complex with inhibitor p182 | ||||||
Components | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / IMPDH / TIM barrel / delta CBS / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / purine nucleotide biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Campylobacter jejuni subsp. jejuni (Campylobacter) Campylobacter jejuni subsp. jejuni CG8486 (Campylobacter) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.201 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis in the presence of TBK6 Authors: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Maltseva, N. / Gu, M. / Sacchettini, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5uqh.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5uqh.ent.gz | 904.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5uqh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5uqh_validation.pdf.gz | 5.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5uqh_full_validation.pdf.gz | 5.4 MB | Display | |
Data in XML | 5uqh_validation.xml.gz | 103.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5uqh_validation.cif.gz | 140.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/5uqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/5uqh | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5upuC 4r7jS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 43524.820 Da / Num. of mol.: 8 Mutation: CBS domain (residues 92-195) is replaced with a glycine Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (Campylobacter), (gene. exp.) Campylobacter jejuni subsp. jejuni CG8486 (Campylobacter) Gene: guaB, CJ14980A_1064, guaB, Cj8486_1016 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) magic References: UniProt: A0A1B3XFT6, UniProt: A5KFK9, IMP dehydrogenase |
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-Non-polymers , 6 types, 623 molecules
#2: Chemical | ChemComp-IMP / #3: Chemical | ChemComp-K / #4: Chemical | ChemComp-8L1 / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | ChemComp-IPA / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 48.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: 10 % (v/v) 2-propanol, 0.1 M Tris pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97932 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 6, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97932 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 163771 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 4 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 13.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / Num. unique obs: 7421 / CC1/2: 0.704 / Rsym value: 0.538 / % possible all: 89.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4R7J Resolution: 2.201→46.721 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 23
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.201→46.721 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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