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- PDB-5upx: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5upx
タイトルCrystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Listeria Monocytogenes in the presence of Xanthosine Monophosphate
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha-beta structure / TIM barrel / IMPDH / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain ...Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
XANTHOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes serovar 1/2a (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.855 Å
データ登録者Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Osipiuk, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Listeria Monocytogenes in the presence of Xanthosine Monophosphate
著者: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Osipiuk, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2017年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4423
ポリマ－40,9851
非ポリマー4572
水2,612145
1
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,76812
ポリマ－163,9394
非ポリマー1,8298
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-y,x-1,z1
crystal symmetry operation4_655y+1,-x,z1
Buried area24260 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area54450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.148, 93.148, 95.265
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH


分子量: 40984.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e) (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: guaB / プラスミド: pMCSG50 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: Q926Y9, IMP dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-XMP / XANTHOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / 5-MONOPHOSPHATE-9-BETA-D-RIBOFURANOSYL XANTHINE


分子量: 365.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.21 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5 12% (w/v) PEG 20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 34028 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.8 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1648 / CC1/2: 0.74 / Rsym value: 0.768

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2411: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MJM

4mjm


解像度: 1.855→38.597 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.87
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2019 1711 5.03 %random
Rwork0.1642 ---
obs0.166 34022 98.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.855→38.597 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2827 0 30 145 3002
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072942
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8493977
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6831769
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005516
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8548-1.90940.2971230.24442394X-RAY DIFFRACTION87
1.9094-1.9710.27011420.21562693X-RAY DIFFRACTION100
1.971-2.04150.23851200.19522736X-RAY DIFFRACTION100
2.0415-2.12320.21511450.1822730X-RAY DIFFRACTION100
2.1232-2.21980.23031610.16912687X-RAY DIFFRACTION100
2.2198-2.33680.2091520.16872720X-RAY DIFFRACTION100
2.3368-2.48320.22451430.18022678X-RAY DIFFRACTION100
2.4832-2.67490.20371440.17192746X-RAY DIFFRACTION100
2.6749-2.9440.21421610.17152697X-RAY DIFFRACTION100
2.944-3.36980.18991420.17242747X-RAY DIFFRACTION100
3.3698-4.24470.18261610.14632714X-RAY DIFFRACTION100
4.2447-38.60550.17931170.14362769X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.11720.14460.00291.9502-0.32920.7026-0.0233-0.21140.05340.06160.03140.22330.0503-0.0477-0.01740.23440.0150.03910.2417-0.02430.171427.3849-34.0916.0171
23.30470.8892-0.65664.4863-0.58462.60580.07720.30360.3841-0.2607-0.01770.7814-0.1396-0.26070.01180.2590.0466-0.06720.26130.0540.48713.5886-18.48-7.3208
31.95890.16480.46162.2791-0.29810.6104-0.03810.09360.1885-0.09360.06270.0666-0.06410.0417-0.02260.21290.00270.01810.2151-0.00140.194927.9937-25.17231.4136
43.4639-0.3176-0.19174.63790.09311.6883-0.02970.03571.0025-0.490.3082-0.8778-0.72490.58540.11420.6515-0.0611-0.00450.43770.00570.556233.4793-18.334-13.0775
51.30450.06830.10414.8181-1.88072.883-0.00540.0991-0.0486-0.53880.00950.56610.129-0.0627-0.04130.23340.0016-0.04150.2186-0.01210.30517.0069-41.9694-4.2603
63.4689-0.92060.36933.2519-0.22982.25830.11070.52720.0008-0.472-0.077-0.06040.28340.1157-0.0060.3567-0.00620.04660.27190.03880.294327.9856-47.32540.0599
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 56 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 57 through 242 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 243 through 389 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 390 through 427 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 428 through 445 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 446 through 486 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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