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Yorodumi- PDB-6mgr: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophos... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mgr | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Campylobacter jejuni in the complex with inhibitor Oxanosine monophosphate | ||||||
Components | Inosine monophosphate dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / IMPDH / TIM barrel / delta CBS / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Campylobacter jejuni (Campylobacter) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.97 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Maltseva, N. / Yu, R. / Hedstrom, L. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Campylobacter jejuni in the complex with inhibitor Oxanosine Monophosphate Authors: Kim, Y. / Maltseva, N. / Yu, R. / Hedstrom, L. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mgr.cif.gz | 571.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mgr.ent.gz | 471.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mgr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6mgr_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6mgr_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | 6mgr_validation.xml.gz | 55.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6mgr_validation.cif.gz | 77.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/6mgr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/6mgr | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5urqS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 41053.176 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Campylobacter jejuni (Campylobacter) / Gene: C9J79_08320 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A2R4D3F6, IMP dehydrogenase |
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-Non-polymers , 6 types, 467 molecules
#2: Chemical | ChemComp-JQS / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-K / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.01 Å3/Da / Density % sol: 59.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M MES:NaOH pH 6, 35% (v/v) MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97924 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 29, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97924 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.97→50 Å / Num. obs: 135052 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 17 |
Reflection shell | Resolution: 1.97→2 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.876 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 5909 / CC1/2: 0.591 / % possible all: 86.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDBID 5URQ Resolution: 1.97→45.284 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 23.88
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.97→45.284 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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