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- PDB-4zqr: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophos... -
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Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zqr | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
![]() | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / IMPDH / delta CBS / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | ![]() XMP biosynthetic process / IMP catabolic process / IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / nucleotide binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Kavitha, M. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Mycobacterium tuberculosis IMPDH in Complexes with Substrates, Products and Antitubercular Compounds. Authors: Makowska-Grzyska, M. / Kim, Y. / Gorla, S.K. / Wei, Y. / Mandapati, K. / Zhang, M. / Maltseva, N. / Modi, G. / Boshoff, H.I. / Gu, M. / Aldrich, C. / Cuny, G.D. / Hedstrom, L. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 560.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 463.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 508.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 527.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 60.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 87.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4zqmC ![]() 4zqnC ![]() 4zqoC ![]() 4zqpC C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 41642.621 Da / Num. of mol.: 4 Fragment: UNP residues 1-125 and 253-529 linked by linker (GLY GLY) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: guaB, guaB2, Rv3411c, MTCY78.17 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 827 molecules ![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/PGO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PGO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Chemical | ChemComp-PGO / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-K / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.2 Details: 0.1 M Na/K phosphate pH 6.2, 25 %(v/v) 1,2 propandiol, 10 %(v/v) glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Oct 10, 2012 |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.692→35.726 Å / Num. obs: 129346 / % possible obs: 91.4 % / Redundancy: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 21.38 Å2 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 17.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.73 Å / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 51.5 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.692→35.726 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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