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- PDB-5uzs: Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uzs
タイトルCrystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from Clostridium perfringens Complexed with IMP and P200
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードoxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / TIM barrel (TIMバレル) / IMPDH / CSGID / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase activity / IMPデヒドロゲナーゼ / GMP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBSドメイン / CBSドメイン ...IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBSドメイン / CBSドメイン / CBS domain profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8L4 / イノシン酸 / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.367 Å
データ登録者Maltseva, N. / Kim, Y. / Mulligan, R. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D.R. / Hedstrom, L. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from Clostridium perfringens Complexed with IMP and P200
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Mulligan, R. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D.R. / Hedstrom, L. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2017年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,51829
ポリマ-153,9294
非ポリマー4,58925
2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26970 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area47170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.124, 144.396, 87.527
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-505-

MG

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH


分子量: 38482.297 Da / 分子数: 4
変異: CBS domain (residues 89-215) is replaced by residues SGG
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (strain ATCC 13124 / DSM 756 / JCM 1290 / NCIMB 6125 / NCTC 8237 / Type A) (ウェルシュ菌)
: ATCC 13124 / DSM 756 / JCM 1290 / NCIMB 6125 / NCTC 8237 / Type A
遺伝子: guaB, CPF_2558 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: A0A0H2YRZ7, IMPデヒドロゲナーゼ

-
非ポリマー , 9種, 172分子

#2: 化合物
ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP / イノシン酸


分子量: 348.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C10H13N4O8P
#3: 化合物
ChemComp-8L4 / 3-(2-{[(4-chlorophenyl)carbamoyl]amino}propan-2-yl)-N-hydroxybenzene-1-carboximidamide


分子量: 346.811 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C17H19ClN4O2
#4: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C6H14O4
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#8: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : K
#9: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.75 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: 0.05M acetate pH 5.2, 45% PEG 200

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月14日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 59812 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.03 % / Biso Wilson estimate: 32.97 Å2 / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 2.95 % / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Num. unique obs: 2954 / CC1/2: 0.861 / Rsym value: 0.699 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.367→31.087 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2377 2838 4.96 %
Rwork0.17 --
obs0.1734 57229 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.367→31.087 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10214 0 304 147 10665
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810836
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0214613
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.54079
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581673
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051867
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3668-2.40760.2937950.21852005X-RAY DIFFRACTION74
2.4076-2.45130.30611500.20922663X-RAY DIFFRACTION99
2.4513-2.49850.29021480.19722742X-RAY DIFFRACTION100
2.4985-2.54940.26841560.18962675X-RAY DIFFRACTION100
2.5494-2.60480.25181340.18352740X-RAY DIFFRACTION100
2.6048-2.66540.26851460.18762730X-RAY DIFFRACTION100
2.6654-2.7320.2641420.19162732X-RAY DIFFRACTION100
2.732-2.80580.25771640.1932704X-RAY DIFFRACTION100
2.8058-2.88840.29691420.19532740X-RAY DIFFRACTION100
2.8884-2.98150.29911250.20982735X-RAY DIFFRACTION100
2.9815-3.0880.30691440.21472750X-RAY DIFFRACTION100
3.088-3.21150.29791270.21022761X-RAY DIFFRACTION100
3.2115-3.35750.29871490.20032758X-RAY DIFFRACTION100
3.3575-3.53430.23751550.18312734X-RAY DIFFRACTION100
3.5343-3.75540.20841280.16142769X-RAY DIFFRACTION100
3.7554-4.04470.21051410.14312795X-RAY DIFFRACTION100
4.0447-4.45070.17191210.13632810X-RAY DIFFRACTION100
4.4507-5.09230.18331450.12462801X-RAY DIFFRACTION100
5.0923-6.40660.22051620.1562816X-RAY DIFFRACTION100
6.4066-31.08980.1881640.14462931X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.47630.19010.42361.02510.46310.70860.3079-0.54260.11340.4091-0.27490.10580.1135-0.2302-0.05290.5213-0.21750.08990.5611-0.07870.3043-9.80220.149744.0486
21.3864-0.74750.76021.7903-0.44910.4166-0.1194-0.1640.4740.177-0.21390.6860.134-0.82540.25820.7008-0.32210.1690.7493-0.27540.3924-6.739738.474554.1435
32.3211-2.1502-3.96682.14453.32659.06860.2152-0.2250.06940.4914-0.4209-0.3525-0.2047-0.21060.20620.4742-0.2208-0.00830.463-0.06920.29970.983235.370948.8055
40.78870.3992-0.05721.02580.2041.85630.2063-0.27540.2130.2749-0.19720.06310.0436-0.131-0.00710.3719-0.16650.04390.3968-0.10.2757-6.693726.049340.2911
51.3548-0.1785-0.57513.3279-1.07463.31020.1377-0.39050.30260.3632-0.10360.27-0.0097-0.6513-0.03740.4134-0.22210.07220.5887-0.17870.3444-19.479725.401841.8056
63.30130.53130.01721.5158-0.75072.39140.168-0.39980.35610.2488-0.10260.13030.0631-0.2148-0.0370.4652-0.17410.07840.3334-0.08810.2402-20.61669.233235.8672
76.91262.93094.67942.313.23874.18670.41-0.482-0.14970.3131-0.1588-0.22840.3832-0.1798-0.24220.3414-0.05250.03020.21330.05380.1757-16.3327-3.55521.921
81.6522-0.1082-0.96171.2612-0.4433.69330.0694-0.2267-0.05650.4757-0.10860.3088-0.092-0.20090.04620.3265-0.12080.09570.3231-0.00470.3244-41.7949-10.838635.3086
92.7520.34811.35311.20310.95061.2528-0.049-0.5165-0.00710.3351-0.22220.2625-0.06840.19550.24830.6314-0.21260.1230.5150.03840.3438-35.2347-11.225646.706
101.29180.1131-0.33640.97860.35740.78650.1598-0.223-0.0070.2798-0.178-0.1079-0.06440.1630.01310.3426-0.12210.03390.3350.0280.244-25.9292-7.949835.0627
117.96071.89433.22546.3857-1.0556.4354-0.60280.42190.9535-0.0590.37490.5868-1.1949-0.29520.23320.48860.02770.08940.33290.01770.5891-47.86129.2329.7411
121.52210.16970.19581.96141.11234.09950.1435-0.34380.12750.1269-0.14040.146-0.6384-0.04640.02660.3162-0.05750.10650.2863-0.02620.2796-38.12050.96827.7125
134.4453-0.21560.05766.8327-1.43122.50760.08570.06740.3769-0.16830.00960.1866-0.1782-0.0891-0.07610.2279-0.03720.06040.2252-0.03380.0908-28.083-0.56113.2025
140.68450.3046-0.09631.03790.00630.70580.0352-0.00820.2631-0.0391-0.0170.0663-0.15960.0693-0.01670.2196-0.01450.01790.2417-00.36290.022136.24754.2755
151.5179-1.48820.13764.13142.05112.010.0560.19540.319-0.2230.07270.1681-0.20970.1588-0.13570.2144-0.04640.05020.28890.10370.33042.675336.5952-9.9932
163.26921.2395-0.84682.3485-1.18242.9080.04530.14080.1079-0.0656-0.0189-0.10850.1280.1839-0.01940.1640.00850.00450.1416-0.00570.27663.38925.0963-2.0583
171.9804-1.64180.75092.1671-0.04591.03450.0351-0.09640.3249-0.0006-0.0010.1205-0.073-0.1851-0.03860.2355-0.0380.0530.2545-0.01150.4023-9.839436.67369.0156
181.4498-0.33980.31551.39820.24291.2986-0.0148-0.06240.3409-0.0287-0.11870.2663-0.1572-0.27970.15590.1788-0.05730.04520.22590.02510.379-10.626636.67488.1915
195.3925-0.2433-1.54994.71750.77942.33160.0812-0.2787-0.08020.0645-0.15780.41930.0346-0.28720.08410.291-0.0793-0.01460.2928-0.05480.1006-6.589327.564823.49
201.16810.6516-0.04320.81890.07710.7748-0.16550.17960.1695-0.18420.13420.0631-0.10160.08290.03930.231-0.02710.01670.24040.02190.2225-21.77144.7856-7.7582
217.61392.468-1.88487.09-3.40649.0339-0.29290.51810.3856-0.76090.25240.727-0.1801-0.69290.03490.3156-0.0327-0.0910.2982-0.04410.2732-38.6392-2.7929-17.4971
223.9198-0.75182.11133.1167-4.96728.2664-0.30440.10860.0508-0.28330.10370.09310.088-0.22230.24020.2307-0.0149-0.03780.173-0.04670.2837-33.9006-9.5606-12.192
231.35870.43690.3971.6094-0.22940.9868-0.11960.05120.0835-0.08350.10180.0421-0.09890.03970.00850.1501-0.0297-0.00880.17630.01760.205-25.5815-0.4918-4.1985
245.63551.7083-1.98851.845-1.78073.1323-0.18110.26580.2122-0.05960.2340.2728-0.0333-0.3722-0.08010.2475-0.0187-0.03820.1278-0.03160.284-30.941711.1696-3.7353
250.4182-0.52770.37155.11920.65092.39570.0308-0.0810.11610.0442-0.00730.3596-0.1017-0.2103-0.02190.1779-0.06020.03480.29520.00730.3099-14.303217.60430.7181
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 75 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 76 through 227 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 228 through 252 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 253 through 393 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 394 through 440 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 441 through 480 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid -2 through 24 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 25 through 227 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 228 through 252 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 253 through 363 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 364 through 384 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 385 through 441 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 442 through 480 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid -2 through 227 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 228 through 252 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 253 through 329 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 330 through 384 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 385 through 441 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 442 through 481 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid -2 through 75 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 76 through 227 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 228 through 252 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 253 through 384 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 385 through 441 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 442 through 481 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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