PDB-6ev1: Crystal structure of antibody against schizophyllan

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ev1

タイトル

Crystal structure of antibody against schizophyllan

要素

Heavy chain
Light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / Fab / Schizophyllan

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.043 Å

データ登録者

Sung, K.H. / Josewski, J. / Dubel, S. / Blankenfeldt, W. / Rau, U.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural insights into antigen recognition of an anti-beta-(1,6)-beta-(1,3)-D-glucan antibody.
著者: Sung, K.H. / Josewski, J. / Dubel, S. / Blankenfeldt, W. / Rau, U.

履歴

登録	2017年11月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ev1.cif.gz	953.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ev1.ent.gz	800.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ev1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/6ev1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/6ev1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ev2C 1mimS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cd3-3 1a6t-2 3eo0-2 6amj-1 4r7d-3 5cd3-1 3nfs-d 5ysl-1 4r7n-5 3fzu-2 4g5z-d 5tfs-d 1e6o-d 4lly-2 1rzi-3 6uga-1 7lka-2 5feh-2 6wla-1 4hij-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Heavy chain

B: Light chain

C: Heavy chain

D: Light chain

E: Heavy chain

F: Light chain

G: Heavy chain

H: Light chain

I: Heavy chain

J: Light chain

K: Heavy chain

L: Light chain

280 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Heavy chain

B: Light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Heavy chain

D: Light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Heavy chain

F: Light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Heavy chain

H: Light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Heavy chain

J: Light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Heavy chain

L: Light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	94.084, 112.832, 140.816
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.61, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Heavy chain 分子量: 23523.318 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Light chain 分子量: 23188.732 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Tris, lithium sulfate, PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.04→56.416 Å / Num. obs: 55718 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.13 / R_pim(I) all: 0.083 / R_rim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 3.043→3.096 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.647 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2768 / R_pim(I) all: 0.404 / R_rim(I) all: 0.764 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12rc1_2807: ???)	精密化
REFMAC		精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1MIM

1mim

解像度: 3.043→56.416 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.65

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2379	2690	4.83 %
R_work	0.1856	-	-
obs	0.1882	55674	99.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.043→56.416 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19269	0	0	9	19278

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	19779
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.003	26941
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.774	11763
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	3012
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3388

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0431-3.0984	0.3291	148	0.289	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0984-3.158	0.3077	120	0.2635	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
3.158-3.2225	0.2875	143	0.2591	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2225-3.2926	0.3085	122	0.2504	2764	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2926-3.3691	0.3232	119	0.2548	2808	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3691-3.4534	0.2836	146	0.2327	2764	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4534-3.5467	0.281	139	0.2145	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5467-3.6511	0.2455	145	0.2128	2784	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6511-3.7689	0.2654	156	0.2068	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7689-3.9036	0.2696	155	0.1877	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9036-4.0598	0.223	147	0.1781	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0598-4.2445	0.2097	133	0.1551	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2445-4.4682	0.2221	157	0.1428	2790	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4682-4.7481	0.1916	135	0.145	2815	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7481-5.1144	0.1733	139	0.1351	2784	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1144-5.6287	0.2322	170	0.1527	2792	X-RAY DIFFRACTION	99
5.6287-6.4422	0.2283	142	0.1694	2793	X-RAY DIFFRACTION	99
6.4422-8.1126	0.2341	136	0.1888	2800	X-RAY DIFFRACTION	99
8.1126-56.4257	0.2089	138	0.18	2829	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4581	-0.1176	0.0455	1.5464	0.4171	1.4067	0.0688	0.4193	-0.1668	-0.2385	-0.0549	0.2573	0.1616	0.0325	-0.0044	0.2566	0.0065	-0.0029	0.2175	0.0284	0.2137	6.6256	-8.2508	44.1363
2	1.4144	0.399	-0.1884	0.9642	-1.1525	1.4132	0.1517	-0.0379	0.1915	0.1623	-0.0363	0.0847	-0.1972	0.23	0.0301	0.2297	0.0015	0.0386	0.1206	-0.0266	0.1752	38.7408	25.3463	58.2476
3	1.3578	0.898	0.8084	0.6277	0.3579	1.4078	0.1016	-0.6101	-0.0072	0.2891	-0.0424	-0.1661	0.1566	-0.0938	0.0002	0.4	0.0795	0.0352	0.5275	0.0377	0.3712	27.906	-2.3997	9.0816
4	1.3843	-0.0471	0.2791	1.6599	-1.3461	1.1302	-0.0474	-0.3418	-0.0104	0.198	0.0853	0.1011	-0.0592	-0.0708	0.028	0.2127	0.1008	0.0335	0.3611	0.0176	0.1456	34.5323	55.4758	31.8547
5	1.7036	-0.7265	1.1375	1.72	-1.071	2.541	-0.4156	-0.1277	0.6991	0.1665	-0.3212	-0.5014	-0.4231	0.259	-1.206	0.4534	0.1032	-0.2118	0.4236	-0.2458	0.5062	-2.7537	30.2919	-8.1702
6	1.6043	0.2542	0.3768	1.0874	-0.0509	1.9823	0.0227	-0.1056	-0.2949	0.1102	0.1519	-0.0384	0.1349	-0.2172	0.0007	0.3045	0.0258	0.0038	0.2256	0.1133	0.3548	70.6671	-7.0423	82.7763
7	0.5093	0.588	-0.0995	1.7556	0.0473	0.6022	0.126	-0.0844	0.25	0.2835	-0.0842	0.0824	0.0371	-0.1961	-0.2802	0.2176	0.0512	0.0154	-0.2228	0.1108	0.3602	14.4709	4.4087	56.3369
8	0.5446	-0.0062	0.2588	1.066	-0.6953	1.4857	0.1178	-0.1336	-0.1664	-0.0591	-0.1628	0.0543	0.3166	0.4561	0.002	0.2552	0.0703	0.0043	0.2754	0.0732	0.2152	45.6644	8.7269	63.9606
9	0.6865	0.1488	-0.4081	1.2245	0.2826	1.8054	0.0854	-0.1986	0.0916	0.1496	0.0834	-0.0728	-0.3052	0.3464	0.0231	0.3254	-0.0227	0.026	0.3856	-0.0544	0.1895	35.0003	3.4072	-7.6751
10	0.7409	-0.8906	0.191	2.0344	-0.26	1.2817	0.0738	0.2119	0.0716	-0.3072	0.2402	0.2214	0.0038	0.0233	0.4242	0.226	0.0819	-0.1264	0.3162	0.131	0.2906	26.6434	65.845	17.8006
11	1.7038	-1.247	1.5703	2.148	-0.7411	1.569	-0.0474	-0.1729	0.1939	-0.1987	-0.3522	-0.2369	-0.0157	0.4133	-0.0914	0.303	0.1208	0.014	0.3836	0.0269	0.3028	4.4944	13.3586	-6.2178
12	0.7206	-0.5348	-0.5716	0.6976	-0.2049	1.8619	-0.0027	0.2734	-0.1751	-0.1203	0.1424	0.0442	-0.1802	-0.0136	-0.0002	0.2448	-0.0121	0.0371	0.2703	-0.0019	0.413	77.8935	-2.6813	66.2874

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 3:217)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain C and resseq 3:220)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain E and resseq 3:218)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain G and resseq 3:218)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain I and resseq 4:218)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain K and resseq 3:218)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resseq 3:210)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resseq 3:210)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain F and resseq 3:212)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain H and resseq 3:211)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain J and resseq 3:212)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain L and resseq 3:211)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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